Usuwanie fosforu ze ścieków metodą osadu czynnego polega na pobieraniu fosforanów z wody osadowej przez bakterie zdolne do kumulacji polifosforanów i ich gromadzeniu w biomasie, która następnie jest usuwana z układu jako osad nadmierny. Podczas gdy w konwencjonalnych z osadem czynnym stężenie fosforu nie przekracza zazwyczaj 2% jego suchej masy, to w oczyszczalniach ze strefą beztlenową może osiągnąć znacznie wyższe wartości od 3 do 6 %. Systematyczne odprowadzanie z oczyszczalni osadu nadmiernego bogatego w fosfor, zapewnia jego wysoki stopień eliminacji ze ścieków. Wewnątrz komórkowe wiązanie fosforu w osadzie czynnym zachodzi w osadzie pracującym w warunkach beztlenowo-tlenowych:
-w warunkach beztlenowych bakterie kumulujące polifosforany pobierają ze ścieków proste związki organiczne na przykład octan i syntetyzuja kwas poli-β-hydroksymasłowy (PHB). Niezbędną do tego celu energię usyskuja z hydrolizy wewnątrzkomórkowych polifosforanów. Powstające fosforany są uwalniane do ścieków.
-w warunkach tlenowych PHB stanowi endogenne źródło energii i węgla do wzrostu nowych komórek. Energia uzyskana w wyniku rozkładu PHB jest zatrzymywana w komórce dzięki wewnątrzkomórkowej kumulacji polifosforanów. Dzieki temu fosforany mogą być pobierane ze ścieków i gromadzone w osadzie jako PP.