bioinformatyczneBD lab1

background image

Laboratorium Bioinformatyki

Temat:

Bioinformatyczne zasoby internetowe

Prowadzący: Aleksandra Gruca

Email:

aleksandra.gruca@polsl.pl

Pokój:

412

Plan laboratorium:

1.

Zapoznanie się z serwisem Library (

http://lib.bioinfo.pl

)

- Załóż konto.

2.

Zapoznanie się z bazą NCBI (

http://www.ncbi.nlm.nih.gov

)

a.

Pubmed (

http://www.pubmed.gov/

)

-

Wyszukaj publikacje dotyczące „krwawienia z nosa” (ang. nosebleed).
Wyszukiwania rozszerz o medyczny termin tej dolegliwości (baza MeSH).

-

W jednym zapytaniu znajdź publikacje opublikowane w czasopiśmie
Chemotherapy z przynajmniej jednym współautorem o nazwisku Cancer.

b. Bazy genów i białek

- Podaj definicję formatu FASTA.

- Znajdź gen kodujący ludzką hemoglobinę, podaj sekwencje nukleotydów w

formacie FASTA.

- Znajdź sekwencje aminokwasów hemoglobiny, podaj sekwencje aminokwasów

w formacie FASTA.

c.

Zasoby dostępne przez FTP

- Znajdź kompletny genom bakterii Escherichia Coli (dowolny szczep). Podaj

link pozwalający ściągnąć cały genom.

d. BLAST

3. Zapoznanie się z bazą PDB (

http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do

)

- Znajdź rozwiązaną strukturę przestrzenną proteazy wirusa HIV-1.

background image

- Podaj jej strukturę drugorzędową.

- Podaj publikację opisującą znalezioną strukturę.

- Zaprezentuj strukturę trzeciorzędową znalezionej proteazy, najlepiej za pomocą narzędzia
PyMol (

http://pymol.sourceforge.net

)

4. Zapoznanie się z bazą SwissProt (http://www.expasy.org/sprot/)

- Znajdź dowolne białko z eksperymentalnie zweryfikowanym polipeptydem sygnałowym
(ang. signal peptide).

Zaliczenie:

Na zaliczenie laboratorium wymagane jest opracowanie raportu podsumowującego wiedzę
zdobytą podczas laboratorium. Raport musi zawierać rozwiązania zadań podanych powyżej.
Raport musi zostać zamieszczony on-line w serwisie Library w formie draftu raportu.

Linki do raportów proszę przesyłać na adres:

aleksandra.gruca@polsl.pl

mailem

zawierającym:

- w temacie: [Bioinfo_nazwisko1_nazwisko2]

- w treści: imię, nazwisko i grupę zaliczającego oraz link do raportu.

Termin: 02.11.2008


Wyszukiwarka

Podobne podstrony:
Bioinformatyka6
lab1 12 id 258878 Nieznany
lab1 VHDL
Ćw lab1 Gleb wilg gleby OŚ
Architekrura Systemów Lab1
lab1
Lab1 szular
Bioinformatyka4
FCKU1 lab1(6na6) id 169034 Nieznany
dsp lab1 id 144058 Nieznany
sss teoria, Biotech, BIOTECHNOLOGIA, Semestr V, Spec. Bioinf, SSS, Egzamin
Spr 1, AGH IMIR Mechanika i budowa maszyn, III ROK, Elementy automatyki przemysłowej, EAP lab1
Lab1 12 odp
Lab1(1)
bioinformatyka w13 2008 9 web
Lab1 PA podstawy PSCAD v2
AKiSO lab1 id 53765 Nieznany

więcej podobnych podstron