Laboratorium Bioinformatyki
Temat:
Bioinformatyczne zasoby internetowe
Prowadzący: Aleksandra Gruca
Email:
aleksandra.gruca@polsl.pl
Pokój:
412
Plan laboratorium:
1.
Zapoznanie się z serwisem Library (
- Załóż konto.
2.
Zapoznanie się z bazą NCBI (
a.
Pubmed (
-
Wyszukaj publikacje dotyczące „krwawienia z nosa” (ang. nosebleed).
Wyszukiwania rozszerz o medyczny termin tej dolegliwości (baza MeSH).
-
W jednym zapytaniu znajdź publikacje opublikowane w czasopiśmie
Chemotherapy z przynajmniej jednym współautorem o nazwisku Cancer.
b. Bazy genów i białek
- Podaj definicję formatu FASTA.
- Znajdź gen kodujący ludzką hemoglobinę, podaj sekwencje nukleotydów w
formacie FASTA.
- Znajdź sekwencje aminokwasów hemoglobiny, podaj sekwencje aminokwasów
w formacie FASTA.
c.
Zasoby dostępne przez FTP
- Znajdź kompletny genom bakterii Escherichia Coli (dowolny szczep). Podaj
link pozwalający ściągnąć cały genom.
d. BLAST
3. Zapoznanie się z bazą PDB (
http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do
- Znajdź rozwiązaną strukturę przestrzenną proteazy wirusa HIV-1.
- Podaj jej strukturę drugorzędową.
- Podaj publikację opisującą znalezioną strukturę.
- Zaprezentuj strukturę trzeciorzędową znalezionej proteazy, najlepiej za pomocą narzędzia
PyMol (
4. Zapoznanie się z bazą SwissProt (http://www.expasy.org/sprot/)
- Znajdź dowolne białko z eksperymentalnie zweryfikowanym polipeptydem sygnałowym
(ang. signal peptide).
Zaliczenie:
Na zaliczenie laboratorium wymagane jest opracowanie raportu podsumowującego wiedzę
zdobytą podczas laboratorium. Raport musi zawierać rozwiązania zadań podanych powyżej.
Raport musi zostać zamieszczony on-line w serwisie Library w formie draftu raportu.
Linki do raportów proszę przesyłać na adres:
mailem
zawierającym:
- w temacie: [Bioinfo_nazwisko1_nazwisko2]
- w treści: imię, nazwisko i grupę zaliczającego oraz link do raportu.
Termin: 02.11.2008