Właściwości BioFizyczne

Właściwości BioFizyczne

Polipeptydu

Polipeptydu

Analiza Struktury

Analiza Struktury

Pierwszorzędowej

Pierwszorzędowej

Sekwencja Aminokwasowa

Sekwencja Aminokwasowa

MSTESALSYA ALILADSEIE ISSEKLLTLT NAANVPVENI
WADIFAKALD GQNLKDLLVN FSAGAAAPAG VAGGVAGGEA
GEAEAEKEEE EAKEESDDDM GFGLFD

Met Ser Thr Glu Ser Ala Lys Ser Tyr Ala ...

ExPASy Molecular Biology Server

ExPASy Molecular Biology Server

(

(

E

E

x

x

pert

pert

P

P

rotein

rotein

A

A

nalysis

nalysis

S

S

y

y

stem)

stem)

http://www.expasy.ch/

http://www.expasy.org/

ExPASy Molecular Biology

ExPASy Molecular Biology

Server

Server

ExPASy Molecular Biology Server

ExPASy Molecular Biology Server

ExPASy Molecular Biology Server

ExPASy Molecular Biology Server

Analiza Właściwości

Analiza Właściwości

BioFizycznych

BioFizycznych

Analiza Właściwości

Analiza Właściwości

BioFizycznych

BioFizycznych

Analiza Właściwości

Analiza Właściwości

BioFizycznych

BioFizycznych

(ProtParam)

(ProtParam)

Number of amino acids: 106
Molecular weight: 10907.9
Theoretical pI: 3.82
Amino acid composition:
Ala (A) 20 18.9%
Arg (R) 0 0.0%
Asn (N) 5 4.7%
Asp (D) 8 7.5%
Cys (C) 0 0.0%
Gln (Q) 1 0.9%
Glu (E) 15 14.2%
Gly (G) 10 9.4%
His (H) 0 0.0%
Ile (I) 5 4.7%
Leu (L) 11 10.4%
Lys (K) 5 4.7%
Met (M) 2 1.9%
Phe (F) 4 3.8%
Pro (P) 2 1.9%
Ser (S) 8 7.5%
Thr (T) 3 2.8%
Trp (W) 1 0.9%
Tyr (Y) 1 0.9%
Val (V) 5 4.7%

Atomic composition: Carbon C 475
Hydrogen H 744
Nitrogen N 118
Oxygen O 171
Sulfur S 2
Formula: C

475

H

744

N

118

O

171

S

2

Total number of atoms: 1510

Extinction coefficients:
Conditions: 6.0 M guanidium hydrochloride
0.02 M phosphate buffer pH 6.5
Extinction coefficients are in units of M

-1

cm

-1

276 278 279 280 282
nm nm nm nm nm

Ext. coefficient

6850 7000 7005 6970 6800

Abs 0.1% (=1 g/l) 0.628 0.642 0.642 0.639 0.623

Analiza Właściwości BioFizycznych

Analiza Właściwości BioFizycznych

(PeptideCutter)

(PeptideCutter)

Analiza Właściwości

Analiza Właściwości

BioFizycznych

BioFizycznych

(ProtScale)

(ProtScale)

Analiza Właściwości

Analiza Właściwości

BioFizycznych

BioFizycznych

(ProtScale)

(ProtScale)

Analiza Właściwości

Analiza Właściwości

BioFizycznych

BioFizycznych

(ProtScale)

(ProtScale)

Analiza Właściwości BioFizycznych

Analiza Właściwości BioFizycznych

(Protein Colourer)

(Protein Colourer)

Colour Key:

AGILPV
FYW
DENQRHST
K
CM

Colour Key:

AGILPV

FYW

DENQRHST
K

CM

MSTESALSYA ALILADSEIE ISSEKLLTLT
NAANVPVENI
WADIFAKALD GQNLKDLLVN FSAGAAAPAG
VAGGVAGGEA
GEAEAEKEEE EAKEESDDDM GFGLFD

M

STES

AL

S

Y

A

ALILA

DSE

I

E

I

SSEK

LL

T

L

T

N

AA

N

VPV

EN

I

W

A

D

I

F

A

K

AL

D

G

QN

L

KD

LLV

N

F

S

AGAAAPAG

VAGGVAGG

E

A

G

E

A

E

A

EKEEE

E

A

KEESDDD

M

G

F

GL

F

D

Poszukiwanie funkcjonalnych

Poszukiwanie funkcjonalnych

fragmentów

fragmentów

aminokwasowych

aminokwasowych

PROSITE - is a database of protein families and domains.
It consists of biologically significant sites, patterns and
profiles
that help to reliably identify to which known protein
family (if any)
a new sequence belongs.

PROSITE - is a database of protein families and domains.
It consists of biologically significant sites, patterns and
profiles
that help to reliably identify to which known protein
family (if any)
a new sequence belongs.

Poszukiwanie funkcjonalnych fragmentów

Poszukiwanie funkcjonalnych fragmentów

aminokwasowych

aminokwasowych

Pfam - is a large collection of multiple sequence
alignments and hidden Markov models covering many
common protein domains.

Pfam - is a large collection of multiple sequence
alignments and hidden Markov models covering many
common protein domains.

Protein domain database .

Protein domain database .

Simple Modular Architecture Research Tool.

Simple Modular Architecture Research Tool.

PRINTS - is a compendium of protein fingerprints.

PRINTS - is a compendium of protein fingerprints.

PROSITE

-baza danych, biologicznie czynnych

sekwencji AA (ScanProsite)

Prosite

Prosi

te

Prosi

te

Modyfikacje post-

Modyfikacje post-

translacyjne

translacyjne

Psort

Psort

-lokalizacja

-lokalizacja

komórkowa białek

komórkowa białek

Psort

Psort

-lokalizacja

-lokalizacja

komórkowa białek

komórkowa białek

60.9 %: cytoplasmic
13.0 %: nuclear
8.7 %: mitochondrial
4.3 %: cytoskeletal
4.3 %: vacuolar
4.3 %: Golgi
4.3 %: vesicles of secretory
system

60.9 %: cytoplasmic
13.0 %: nuclear
8.7 %: mitochondrial
4.3 %: cytoskeletal
4.3 %: vacuolar
4.3 %: Golgi
4.3 %: vesicles of secretory
system

NetPhos 2.0 Prediction Server

(Analiza miejsc fosforylacji)

NetPhos 2.0 Prediction Server

(Analiza miejsc fosforylacji)

MSTESALSYAALILADSEIEISSEKLLTLTNAANVPVENIWADIFAKALDGQNLKDLLVNFSAGAAAPAGVAGGVAGGEAGEAEAEKEEEEAKEESDDDMGFGLFD
.......S........S....S.........................................................................S..........