Właściwości BioFizyczne
Właściwości BioFizyczne
Polipeptydu
Polipeptydu
Analiza Struktury
Analiza Struktury
Pierwszorzędowej
Pierwszorzędowej
Właściwości BioFizyczne
Właściwości BioFizyczne
Polipeptydu
Polipeptydu
Analiza Struktury
Analiza Struktury
Pierwszorzędowej
Pierwszorzędowej
Sekwencja Aminokwasowa
Sekwencja Aminokwasowa
MSTESALSYA ALILADSEIE ISSEKLLTLT NAANVPVENI
WADIFAKALD GQNLKDLLVN FSAGAAAPAG VAGGVAGGEA
GEAEAEKEEE EAKEESDDDM GFGLFD
Met Ser Thr Glu Ser Ala Lys Ser Tyr Ala ...
ExPASy Molecular Biology Server
ExPASy Molecular Biology Server
(
(
E
E
x
x
pert
pert
P
P
rotein
rotein
A
A
nalysis
nalysis
S
S
y
y
stem)
stem)
http://www.expasy.ch/
http://www.expasy.org/
ExPASy Molecular Biology
ExPASy Molecular Biology
Server
Server
ExPASy Molecular Biology Server
ExPASy Molecular Biology Server
ExPASy Molecular Biology Server
ExPASy Molecular Biology Server
Analiza Właściwości
Analiza Właściwości
BioFizycznych
BioFizycznych
Analiza Właściwości
Analiza Właściwości
BioFizycznych
BioFizycznych
Analiza Właściwości
Analiza Właściwości
BioFizycznych
BioFizycznych
(ProtParam)
(ProtParam)
Number of amino acids: 106
Molecular weight: 10907.9
Theoretical pI: 3.82
Amino acid composition:
Ala (A) 20 18.9%
Arg (R) 0 0.0%
Asn (N) 5 4.7%
Asp (D) 8 7.5%
Cys (C) 0 0.0%
Gln (Q) 1 0.9%
Glu (E) 15 14.2%
Gly (G) 10 9.4%
His (H) 0 0.0%
Ile (I) 5 4.7%
Leu (L) 11 10.4%
Lys (K) 5 4.7%
Met (M) 2 1.9%
Phe (F) 4 3.8%
Pro (P) 2 1.9%
Ser (S) 8 7.5%
Thr (T) 3 2.8%
Trp (W) 1 0.9%
Tyr (Y) 1 0.9%
Val (V) 5 4.7%
Atomic composition: Carbon C 475
Hydrogen H 744
Nitrogen N 118
Oxygen O 171
Sulfur S 2
Formula: C
475
H
744
N
118
O
171
S
2
Total number of atoms: 1510
Extinction coefficients:
Conditions: 6.0 M guanidium hydrochloride
0.02 M phosphate buffer pH 6.5
Extinction coefficients are in units of M
-1
cm
-1
276 278 279 280 282
nm nm nm nm nm
Ext. coefficient
6850 7000 7005 6970 6800
Abs 0.1% (=1 g/l) 0.628 0.642 0.642 0.639 0.623
Analiza Właściwości BioFizycznych
Analiza Właściwości BioFizycznych
(PeptideCutter)
(PeptideCutter)
Analiza Właściwości
Analiza Właściwości
BioFizycznych
BioFizycznych
(ProtScale)
(ProtScale)
Analiza Właściwości
Analiza Właściwości
BioFizycznych
BioFizycznych
(ProtScale)
(ProtScale)
Analiza Właściwości
Analiza Właściwości
BioFizycznych
BioFizycznych
(ProtScale)
(ProtScale)
Analiza Właściwości BioFizycznych
Analiza Właściwości BioFizycznych
(Protein Colourer)
(Protein Colourer)
Colour Key:
AGILPV
FYW
DENQRHST
K
CM
Colour Key:
AGILPV
FYW
DENQRHST
K
CM
MSTESALSYA ALILADSEIE ISSEKLLTLT
NAANVPVENI
WADIFAKALD GQNLKDLLVN FSAGAAAPAG
VAGGVAGGEA
GEAEAEKEEE EAKEESDDDM GFGLFD
M
STES
AL
S
Y
A
ALILA
DSE
I
E
I
SSEK
LL
T
L
T
N
AA
N
VPV
EN
I
W
A
D
I
F
A
K
AL
D
G
QN
L
KD
LLV
N
F
S
AGAAAPAG
VAGGVAGG
E
A
G
E
A
E
A
EKEEE
E
A
KEESDDD
M
G
F
GL
F
D
Poszukiwanie funkcjonalnych
Poszukiwanie funkcjonalnych
fragmentów
fragmentów
aminokwasowych
aminokwasowych
PROSITE - is a database of protein families and domains.
It consists of biologically significant sites, patterns and
profiles
that help to reliably identify to which known protein
family (if any)
a new sequence belongs.
PROSITE - is a database of protein families and domains.
It consists of biologically significant sites, patterns and
profiles
that help to reliably identify to which known protein
family (if any)
a new sequence belongs.
Poszukiwanie funkcjonalnych fragmentów
Poszukiwanie funkcjonalnych fragmentów
aminokwasowych
aminokwasowych
Pfam - is a large collection of multiple sequence
alignments and hidden Markov models covering many
common protein domains.
Pfam - is a large collection of multiple sequence
alignments and hidden Markov models covering many
common protein domains.
Protein domain database .
Protein domain database .
Simple Modular Architecture Research Tool.
Simple Modular Architecture Research Tool.
PRINTS - is a compendium of protein fingerprints.
PRINTS - is a compendium of protein fingerprints.
PROSITE
-baza danych, biologicznie czynnych
sekwencji AA (ScanProsite)
Prosite
Prosi
te
Prosi
te
Modyfikacje post-
Modyfikacje post-
translacyjne
translacyjne
Psort
Psort
-lokalizacja
-lokalizacja
komórkowa białek
komórkowa białek
Psort
Psort
-lokalizacja
-lokalizacja
komórkowa białek
komórkowa białek
60.9 %: cytoplasmic
13.0 %: nuclear
8.7 %: mitochondrial
4.3 %: cytoskeletal
4.3 %: vacuolar
4.3 %: Golgi
4.3 %: vesicles of secretory
system
60.9 %: cytoplasmic
13.0 %: nuclear
8.7 %: mitochondrial
4.3 %: cytoskeletal
4.3 %: vacuolar
4.3 %: Golgi
4.3 %: vesicles of secretory
system
NetPhos 2.0 Prediction Server
(Analiza miejsc fosforylacji)
NetPhos 2.0 Prediction Server
(Analiza miejsc fosforylacji)
MSTESALSYAALILADSEIEISSEKLLTLTNAANVPVENIWADIFAKALDGQNLKDLLVNFSAGAAAPAGVAGGVAGGEAGEAEAEKEEEEAKEESDDDMGFGLFD
.......S........S....S.........................................................................S..........