BLAST

Wprowadzenie do bioinformatyki

BLAST



ang. Basic Local Alignment Search Tool



Jest to narzędzie do porównywania białek i
sekwencji nukleotydów



Wprowadzona sekwencja jest porównywana z
bazą danych



W wyniku otrzymuje się listę sekwencji
nukleotydów, białek ze statystycznie obliczonym
stopniem podobieństwa do wprowadzonej
struktury



Istnieje możliwość porównywania dwóch lub
więcej sekwencji nukleotydów

21-11-13

2

Wprowadzenie do bioinformatyki - ćw. 2

BLAST



Został zaprojektowany w 1990 roku
przez:



Eugene Myers



Stephen Altschul



Warren Gish



David J. Lipman



Webb Miller



Dostępny jest pod adresem:

http://blast.ncbi.nlm.nih.gov

21-11-13

3

Wprowadzenie do bioinformatyki - ćw. 2

BLAST



Dopuszczalne formaty danych:



Genebank



FASTA

21-11-13

4

Wprowadzenie do bioinformatyki - ćw. 2

Format FASTA



Jest to format zapisu sekwencji kw.
nukleinowych i białek



Pierwsza linijka zawiera opis sekwencji



Kolejne linijki zawierają sekwencję

21-11-13

5

Wprowadzenie do bioinformatyki - ćw. 2

>Keratyna 5, egzon 2, Homo sapiens
GTGCGGTTCCTGGAGCAGCAGAACAAGGTTCTGGACACCAAGTGGACCCTGCTGCA
GGAG
CAGGGCACCAAGACTGTGAGGCAGAACCTGGAGCCGTTGTTCGAGCAGTACATCAA
CAAC
CTCAGGAGGCAGCTGGACAGCATCGTGGGGGAACGGGGCCGCCTGGACTCAGAGC
TGAGA
AACATGCAGGACCTGGTGGAAGACTTCAAGAACAA

BLAST



Rodzaje BLAST



nucleotide BLAST (blastn) – do
porównywania sekwencji DNA



protein BLAST (blastp) – do porównywania
białek



blastx – konwertuje sekwencję nukleotydów
na sekwencję białek, sekwencja białka jest
porównywana z dostępnymi białkami w
bazie

21-11-13

6

Wprowadzenie do bioinformatyki - ćw. 2

BLAST



Rodzaje BLAST



tblastn – konwertuje sekwencje białek na
sekwencję nukleotydów, sekwencja
nukleotydów jest porównywana z bazą



tblastx – konwertuje sekwencję
nukleotydów na sekwencję białek we
wszystkich ramkach odczytu i porównuje z
bazą nukleotydów przetłumaczoną na
sekwencje białek

21-11-13

7

Wprowadzenie do bioinformatyki - ćw. 2

blastn

21-11-13

8

Wprowadzenie do bioinformatyki - ćw. 2

blastp

21-11-13

9

Wprowadzenie do bioinformatyki - ćw. 2

blastx

21-11-13

10

Wprowadzenie do bioinformatyki - ćw. 2

tblastn

21-11-13

11

Wprowadzenie do bioinformatyki - ćw. 2

tblastx

21-11-13

12

Wprowadzenie do bioinformatyki - ćw. 2

Ćwiczenia

1.

W programie BLAST odszukać białko
CAA43114 – podać nazwę gatunku (polska i
łacińska zwierzęcia), do jakich dwóch białek
u innych zwierząt jest homologiczny w
największym stopniu, odnaleźć
podobieństwo do enzymu występującego u
człowieka – Mieloperoksydaza
(Myeloperoxidase).
Odnaleźć informację w bazie MeSH na temat
Myeloperoxidase

21-11-13

13

Wprowadzenie do bioinformatyki - ćw. 2

Ćwiczenia

2.

Odczytać rodzaj genu i nazwę organizmu
dla sekwencji nukleotydów znajdującej
się w pliku sekw_1.txt

3.

Odnaleźć sekwencję przeciwciała
aglutyniny (Agglutinin) u ślimaka
winniczka (baza białkowa), dokonać
analizy w BLAST i wygenerować drzewo.
Odnaleźć wizualizację przeciwciała
aglutynina bez ligandów (Agglutinin With
No Ligands)

21-11-13

14

Wprowadzenie do bioinformatyki - ćw. 2

Ćwiczenia

4.

Dokonać porównania dwóch sekwencji
nukleotydów (dostępnych w plikach
sekw_2.txt i sekw_3.txt) – podać stopień
podobieństwa.
Podać nazwę białka oraz nazwy
organizmów od których pochodzi.

21-11-13

15

Wprowadzenie do bioinformatyki - ćw. 2