W 1466 roku został podpisany w Toruniu pokój. W myśl postanowień traktatu Zakon zwracał Polsce Pomorze Gdańskie, ziemię chełmińską i michałowską oraz Powiśle z Żuławami, Malborkiem i Elblągiem, a także biskupstwo warmińskie. Terytorium te zwane było odtąd Prusami Królewskimi. Pozostała część Prus z Królewcem była lennem Polski. Każdorazowy wielki mistrz miał składać przysięgę wierności królowi polskiemu, a w razie potrzeby udzielać pomocy zbrojnej. Bez zezwolenia Polski nie wolno było Krzyżakom prowadzić wojen przeciwko katolikom. Mistrzowie Krzyżaccy dążyli do obalenia postanowień pokoju toruńskiego, to właśnie stało się przyczyną wybuchu wojny w 1519 roku. Bitwy pomiędzy Polską a Krzyżakami były prowadzone ze zmiennym szczęściem, dopiero sprowadzenie z Krakowa ciężkich dział pozwoliło na zdobycie szeregu twierdz. 30 Kwietnia 1520 roku Polacy pod dowództwem Mikołaja Firleja oblegli Królewiec i wezwali załogę do kapitulacji. W spór polsko- krzyżacki wdali się pośrednicy, legaci papiescy, książęta Rzeszy Niemieckiej oraz król węgierski i czeski. Zygmunt Stary zgodził się na rozejm. W czerwcu Albrecht, ówczesny mistrz krzyżacki, zjawił się na rozmowy w Toruniu i postępował tak jakby trzymał króla w niewoli, kiedy dowiedział się, że z Danii nadeszły posiłki, zerwał pertraktacje i wyjechał. Od zachodu w kierunku Wałcza i Gdańska ciągnęła silna armia najemników niemieckich. Mikołaj Firlej otrzymał rozkaz odejścia spod Królewca. Przeciwnicy doszli aż do Wisły, zdobywając Chojnice i Tczew, ale zagrożeni przez silny korpus jazdy Firleja Cofnęli się. W listopadzie Firlej odzyskał Chojnice. Wielki mistrz Albrecht Hohenzollern nie cofał się. Król Zygmunt poprosił cesarza Karola V o pośrednictwo pokojowe. 5 Kwietnia 1521 roku zawarto w Toruniu rozejm na cztery lata. Przed wygaśnięciem tego terminu cesarz i król węgierski mieli rozstrzygnąć czy mistrz krzyżacki jest zobowiązany składać hołd. Sejm piotrkowski uchwalił, iż należy usunąć Krzyżaków z ziemi. Zakończył obrady 24 lutego 1525 roku, a 10 kwietnia Albrecht Hohenzollern złożył w Krakowie na Rynku hołd Zygmuntowi Staremu jako świecki książę Prus.
Traktat krakowski przygotowano bardzo starannie, aby nie powodował później żadnych nieporozumień. Składał się on z 31 artykułów, które zostały jasno i wyraźnie sformułowane. Treść dokumentu dotyczyła likwidacji skutków wojny i zwrotu terytoriów, regulowała stosunek prawny nowego księstwa do korony oraz omawiała problemy gospodarcze i stosunki graniczne. Lennik miał obowiązek dostarczać pomoc wojskową i finansową dla króla polskiego, otrzymując w zamian miejsce w senacie. Traktat przewidywał również, że do dziedziczenia Księstwa Pruskiego będą mieli prawo wyłącznie potomkowie Albrechta i jego rodzonych braci, a w razie bezdzietności ich lenno miałoby wrócić do Królestwa Polskiego. W wypadku gdyby władca pruski chciał uchylić się od któregoś ze zobowiązań, groziła mu utrata lenna za popełnienie tzw. felonii. W akcie krakowskim król Polski posiadał za to rozległe uprawnienia i każdej chwili mógł je rozszerzyć o dalsze. Teraz w interesie książąt pruskich leżało złożenie przysięgi seniorowi w innym razie król mógł je nadać komu innemu. Na podstawie traktatu król Polski miał także możliwość ingerencji w wewnętrzne sprawy księstwa. Akt ograniczał Albrechtowi możliwość bicia monety i powołał trybunał królewski do rozstrzygania sporów między księciem a poddanymi. Przejście Hohenzollerna na luteranizm i sekularyzacja pozbawiała Prusy Książęce poparcia i pomocy katolickiego cesarstwa oraz papiestwa i stwarzała szansę trwałego uzależnienia jej od Polski.
Książę pruski sekularyzując tereny państwa zakonnego jedynego oparcia mógł poszukiwać jedynie w królu polskim. Z prośbą o pomoc zwrócił się bardzo szybko nie mogąc poradzić sobie z powstaniem chłopskim. Ludność wiejska buntowała się przeciw nadużyciom i pogarszającą sytuacją swojego stanu, a zamieszki obejmowały coraz większe tereny kraju. Posiłki wojskowe króla polskiego pozwoliły na szybkie zakończenie całej sprawy z pomyślnością dla pruskiego władcy.
W roku 1605 Zygmunt III Waza przyznał prawo do opieki nad jedynym męskim potomkiem Albrechta, szalonym księciem pruskim Albrechtem Fryderykiem, Joachimowi Fryderykowi. Nowego władcę brandenburskiego witano w Prusach raczej chłodno. Powstały tu wówczas dwa stronnictwa polityczne: filobrandenburskie i tzw. kwerulanci, będący za połączeniem w przyszłości Prus Książęcych z Rzeczypospolitą.
Niechęć do Hohenzollernów i marzenia o uzyskaniu swobód były powodem powstania projektu inkorporacji Prus, który w 1609 roku został przedstawiony w Warszawie. Jednak Zygmunt III nadał następnemu elektorowi Janowi Zygmuntowi opiekę nad Albrechtem Fryderykiem. Odmowa bardzo rozczarowała stany pruskie i w konsekwencji doprowadził do zerwania stosunków z dworem warszawskim. Odbudował on dopiero zaufanie kwerulantów, kiedy po przejściu Jana Zygmunta na kalwinizm, zabronił obsadzania urzędów przez tych wyznawców i dawał większe swobody katolikom. Śmierć Albrechta Fryderyka w 1618 roku, zawiązała brandenbursko- pruską unię personalną. Nowym władca został Jerzy Wilhelm. Mimo unii te dwa państwa nie miały ze sobą żadnego połączenia terytorialnego. Władza książęca w Prusach była ograniczona licznymi przywilejami stanowymi. Stany pruskie nieustannie odwoływały się w konfliktach z księciem do polskiego króla. Nie było w tym państwie stałych podatków, ani stałego wojska.
Wojny polsko- szwedzkie zapoczątkowane jeszcze w XVI wieku stanowiły poważny problem dla Rzeczypospolitej. Dla Jerzego Wilhelma była to okazja, aby starać się uniezależnić Prusy Książęce od uciążliwego zwierzchnika. Szwedzcy posłowie przy różnych okazjach podkreślali zgodność interesów prusko- szwedzkich, starając się zjednać sobie sojusznika. Kiedy Gustaw II Adolf rozpoczął działania wojenne przeciwko Rzeczypospolitej, elektor sprzyjając po cichu Szwedom, zachował neutralność, choć przecież jako lennik Korony powinien był stanąć po jej stronie. Oprócz tego armia szwedzka w ciągu zaledwie kilku godzin zdobyła Piławę, którą uczyniła ważnym punktem dowodzenia i zaopatrzenia dla swoich wojsk. Elektorowi Gustaw przesłał później podziękowanie za jego zdobycie, co było równoznaczne ze zdradą króla polskiego i złamaniem traktatu krakowskiego. Niemniej jednak Prusy Książęce zapłaciły za tą decyzję ogromnymi zniszczeniami wojennymi i zadłużeniem skarbu państwa. W wyniku śmierci Gustawa Adolfa i Zygmunta III w 1632 roku, książę pruski miał nadzieję, że nowy władca Polski Władysław IV, pragnący dla siebie szwedzkiej korony, za pomoc finansową, wyrazi zgodę na niektóre postulaty Jerzego Wilhelma. Doszło w ten sposób do podpisania 13 marca 1633 roku tzw. Responsum Cracoviense . Akt ten ograniczał stosunek lenny Prus Książęcych, m. in. przez złożenie hołdu per procura, czyli bez konieczności osobistego stawiennictwa się elektora. To duże ustępstwo ze strony monarchy, potrzebującego poparcia ze strony elektora, spotkało się ze oporem i negatywną opinią całego społeczeństwa polskiego.
Nastroje propolskie po raz kolejny dawały szanse na realną inkorporację Prus. Szlachta nie chciała podjąć nowego wysiłku wojennego i to uratowało władzę elektora w kraju.
Problemy finansowe Królestwa doprowadziły do tego, że w 1638 roku król zrezygnował z dotychczasowej aktywnej polityki pruskiej, za udział w zyskach z ceł pruskich. Przez uzyskanie niewielkiego dochodu rocznie pozbawiał się w ten sposób możliwości ingerowania w wewnętrzne sprawy swojego lenna. . W 1640 roku elektorem prusko- brandenburskim został Fryderyk Wilhelm I, zwany później Wielkim Elektorem, który postanowił zreformować państwo. Zanim jednak zaczął wprowadzać reformy, został 7 października 1641 roku zmuszony do złożenia hołdu lennego Władysławowi IV. Był to zarazem ostatni hołd złożony królowi polskiemu
Fryderyk Wilhelm skrzętnie wykorzystywał każdą nadarzającą się okazję do ograniczenia władzy Rzeczypospolitej i zwiększenia potęgi swojego państwa.
Na skutek planów Karola X co do ataku na Polskę doszło w maju 1655 roku do intensywnych rozmów pomiędzy Szwedami a Fryderykiem Wilhelmem, jednak zbyt wygórowane żądania księstwa pruskiego przerwały rozmowy. W tym czasie wojska szwedzkie wkroczyły do Rzeczypospolitej zrywając rozejm pod pozorem używania przez Jana Kazimierza Wazę tytułu króla szwedzkiego. Błyskawiczna kampania wojenna Karola Gustawa zakończyła się poddaniem Wielkopolski i Litwy oraz zdobyciem co ważniejszych miast. Nad państwem polskim zawisła groźba rozpadu. Fryderyk Wilhelm ogłosił się „protektorem” Prus Książęcych dla obrony ich przed Szwedami, jednak tak naprawdę zawiedziony odmową króla szwedzkiego na swe postulaty, nie opowiadał się po żadnej stronie. Dopiero w styczniu , widząc, że antyszwedzki opór w kraju słabnie podpisał umowę z Karolem Gustawem. W zamian za nabytki terytorialne ( Wielkopolskę ) książę pruski złożył hołd lenny nowemu panu i wsparł go kontyngentem wojskowym .
Kiedy w grudniu 1656 roku Jan Kazimierz wyzwalał Prusy Królewskie, zagrożony król szwedzki podpisał kolejny układ. Wraz z elektorem brandenburskim, księciem siedmiogrodzkim Jerzym Rakoczym i księciem Bogusławem Radziwiłłem porozumiewali się w Radnot nad podziałem Rzeczypospolitej. Wiosną wkroczyły do Polski wojska siedmiogrodzkie i kozackie, pogarszając i tak ciężkie położenie kraju. Dlatego we wrześniu tegoż samego roku Jan Kazimierz postanowił porozumieć się księciem pruskim. W zamian za pomoc militarną i odstąpienie od sojuszu ze Szwecją zrezygnował ze zwierzchnictwa Rzeczypospolitej nad Prusami Książęcymi. Nowy układ polsko- brandenburski podpisano w Welawie 16 września 1657 roku. Na jego podstawie ziemie księstwa pruskiego wiązało wieczne przymierze z Polską, a w razie wymarcia dynastii
Hohenzollernów miały one wejść w jej skład. Obie strony wyrażały zgodę na przemarsze wojsk, swobodną żeglugę, handel i nie nakładanie nowych ceł. Gwarantami tej umowy byli : król Czech i Węgier, król Danii i Republika Zjednoczonych Niderlandów. Traktat nie przekreślał więc nadziei za poprawę sytuacji w przyszłości i wiązał gospodarczo oba kraje. Aby dopełnić formalności spotkali się jeszcze dwaj władcy 6 listopada w Bydgoszczy.
Postacią niemal symboliczna stał się Ludwik Kalkstein, który dążył do przekreśleni traktatów welawsko- bydgoskich. Oskarżony prze Fryderyka o zdradę stanu, zbiegł do polski. Zorganizowanie porwania, a później także jego ścięcie uważane było przez szlachtę za pogwałcenie ich świętej wolności. Nieraz potem wspominano o tym incydencie gdy pojawiały się dyskusje na temat stosunków z Prusami. Tajne rozmowy w sprawie ataku na Prusy Książęce i pozbawienie elektora tych ziem toczył ze Szwedami Jan III Sobieski, jednak realizacja tego przedsięwzięcia się nie udała. Stany pruskie jeszcze raz podjęły próbę szukania pomocy u swojego sąsiada po śmierci elektora. Jednak Rzeczypospolita zajęta wojną z Turcją nie zareagowała skutecznie. Prusacy musieli wbrew swej woli złożyć przysięgę wierności swemu nowemu panu Fryderykowi III.