Werter oznajmia Wilhelmowi, że wyjeżdża do małego miasteczka, aby załatwić w nim sprawy majątkowe swojej matki. Zachwycony pięknem przyrody postanawia zatrzymać się na jakiś czas, aby tutaj odpocząć i uspokoić nieco skołatane serce. Pisze:

"Jestem tak szczęśliwy, o najdroższy, tak zatopiony w poczuciu spokojnego istnienia, że sztuka moja cierpi wskutek tego. Nie mógłbym teraz narysować nic, ani kreski".

Werter spędza w miasteczku niezapomniane dni, czytając Homera ("potrzeba mi kołysanki, tę w pełni znalazłem w Homerze") i spacerując po tutejszej okolicy. Wydaje się jakby czas nagle stanął w miejscu. Któregoś dnia poznaje książęcego komisarza, który mieszka w leśniczówce wraz ze swoim licznym potomstwem (dziewięcioro dzieci) i tam też zaproszony Werter przenosi się na jakiś czas.

W miasteczku tymczasem zorganizowany zostaje bal, na którym zjawia się również główny bohater. Kobiety, z którymi jedzie oznajmiają, że po drodze wezmą jeszcze jedną osobę. Jest to piękna dziewczyna, którą Werter widzi w otoczeniu dzieci. Widok ten wywiera na nim ogromne wrażenie, którego wcale nie zamierza ukrywać. "Jakżem się wśród rozmowy upajał czarnymi oczyma! Jak te żywe wargi i świeże, hoże policzki pociągały mą duszę! Jakżem zatopiony we wspaniałą treść jej mowy nie słyszał nawet słów, które wypowiadała." - przyznaje się. Zwykły bal zamienia się w wyjątkowe spotkanie pokrewnych dusz. Lotta, bo tak ma na imię kobieta nie skrywa swojej sympatii względem nowego bywalca miasteczka. Młodzi zaprzyjaźniają się i zaczynają spędzać ze sobą coraz więcej czasu - czytają, spacerują, rozumieją się bez słów. Werter zaczyna zdawać sobie sprawę z tego, ze pokochał Lottę miłością idealną i bez niej nie jest w stanie normalnie funkcjonować. "Przeżywam chwile tak szczęśliwe, jakie Bóg chowa dla swych świętych" - pisze do Wilhelma.

Tymczasem po dłuższej nieobecności do miasteczka wraca Albert - narzeczony Lotty. Poznaje Wertera, którego darzy nie tylko szacunkiem, ale również sympatią.

Wkrótce Werter planuje wyjazd mający na celu pracę w poselstwie, ale zanim to nastąpi dochodzi do niewątpliwie ważnej rozmowy pomiędzy nim a Albertem dotyczącej kwestii samobójstwa. Albert twierdzi, ze jest to nic innego jak tylko głupota i zwykłe tchórzostwo ("łatwiej umrzeć niż znosić życie pełne udręki"). Przeciwnego zdania jest natomiast Werter, który uważa, że istnieją pewne granice znoszenia bólu i cierpienia moralnego, czy to fizycznego i w momencie, kiedy granice te zostaną przekroczone nie pozostaje nic innego jak samobójstwo.

Bohater coraz bardziej pogrąża się w nieszczęśliwej miłości mając nadzieje, że Lotta odwzajemnia uczucie. Pisze: "W wyobraźni mej nie zjawia się żadna inna postać prócz niej i wszystkie wkoło widzę w związku z nią. (...) Gdy tak przy niej posiedzę dwie, trzy godziny i upajam się jej postacią, jej obejściem, niebiańskim urokiem jej słów i stopniowo rozpalają się wszystkie me zmysły, w oczach robi mi się ciemno, ledwo co słyszę i coś mnie chwyta za gardło jak skrytobójca." Słowa te są wyrazem głębokich uczuć, jakie zatopione są w duszy i umyśle Wertera, nie ma nic, co by mogło oderwać jego myśli choć na chwilę od obiektu pożądania.

Z takimi rozmyślaniami Werter postanawia wyjechać i oderwać się chociaż na chwilę, od tego, co zawładnęło całym nim. Początkowo praca spełnia określoną funkcję - pozwala mu zapomnieć o Lottcie, ale nie na długo. Nadal pisze listy, już nie tylko do swego przyjaciela, ale także do Lotty. Zawiera tu wszystkie swoje spostrzeżenia na temat ludzi, których poznał i obyczajów, których czasami po prostu nie był w stanie zrozumieć.

Współpraca z posłem nie układa się najlepiej i w takich momentach Werter powraca myślami do ukochanej Lotty. Wspomnienia napawają go jednak nie tylko tęsknotą, ale żalem i rozgoryczeniem, zwłaszcza, że wkrótce do Wertera dociera wieść o małżeństwie Alberta i Lotty. Jest to dla niego ogromny cios ( "Nie pojmuję czasem, jak ktoś inny może ją kochać, śmie ją kochać, gdy ja kocham ją tak wyłącznie, tak gorąco, tak pełnym uczuciem"). Werter z dnia na dzień czuje się coraz gorzej. Jego przygnębienie dodatkowo potęguje incydent, który ma miejsce w domu hrabiego von C. Werter zostaje wyproszony na życzenie gości, jako, że nie pochodzi z tej samej warstwy społecznej, czyli arystokracji. Sytuacja ta doprowadza w końcu do ostatecznej dymisji. Werter wyjeżdża. Najpierw udaje się w swoje rodzinne strony, a nieco później powraca do domku zaprzyjaźnionego komisarza. Uświadamia sobie wtedy, że nadal kocha Lottę i nic jest w stanie tego zmienić. Jego uczucia są nadal tak samo gorące, jak w momencie, kiedy opuszczał miasteczko. Tymczasem wymarzona kobieta mieszka już ze swoim mężem. Werter często ją odwiedza i znowu prowadzą długie rozmowy. Uczucia narastają wraz z każdą wizytą, tak samo jak ból z powodu niespełnionej miłości. Werter zaczyna popadać w depresję, o czym może świadczyć fragment jednego z listów skierowanych do Wilhelma: "Widzisz, koniec ze mną, nie zniosę tego dłużej! Dziś siedziałem przy niej - siedziałem, ona grała na fortepianie różne melodie (...) Łzy stanęły mi w oczach, schyliłem się i wzrok mój padł na jej obrączkę - łzy moje płynęły.". Spotkania w domu Lotty pogrążają Wertera w poczuciu beznadziejności i braku nadziei na to, że można żyć bez ukochanej kobiety. Smutek i przygnębienie nabierają niezdrowego wyrazu. Werter staje się posępny i pogrążony we własnych myślach, które owładnęły nim już na dobre.

Kolejne dni nie przynoszą żadnych zmian, oprócz głębszego utwierdzania się w przekonaniu, że jedynym lekarstwem na złamane serce jest samobójstwo. Werter pisze do Wilhelma list, w którym informuje go o swoich planach i prosi, aby przekazał słowa podziękowania matce. Składa też wizytę Lottcie. Ta natomiast bardzo delikatnie daje mu zrozumienia, ze powinni zaniechać dalszych spotkań, które stają niezręczne i dla niej i dla Alberta. Radzi też zainteresować się inna kobietą, z którą będzie mógł stworzyć prawdziwą rodzinę. Słowa te ranią Wertera, ale zdaje sobie sprawę z tego, ze taka sytuacja musiała kiedyś nastąpić. Wychodząc zostawia na biurku list skierowany do ukochanej i wyjeżdża na kilka dni do komisarza. Niestety nie zastaje go w domu. Wraca i jeszcze raz wstępuje do Lotty, aby przeczytać jej swój przekład "Pieśni Osjana". Bierze ją w ramiona, ta jednak prosi, aby mężczyzna opuścił mieszkanie.

Werter jest już całkowicie gotowy do wykonania tego, co wcześniej zaplanował. Pożycza od Alberta dwa pistolety, a północy realizuje swoje zamiary. Zostaje znaleziony z samego rana w kałuży krwi i pochowany w miejscu, które wybrał jeszcze przed śmiercią.

"Cierpienia młodego Wertera" przynoszą doskonały obraz romantycznej miłości pojmowanej jako odwieczne złączenie dusz. Jest to miłość doskonała, ale niespełniona, która wywiera wpływ na całe życie Wertera, życie nie tylko osobiste, te również zawodowe. Początkowo znajomość z Lottą objawia się zwykłymi spotkaniami i długimi rozmowami, czasem jest to tylko milczenie, które jednak ma nieco głębszy wymiar - znaczy więcej niż słowa. Z czasem Lotta przestaje być już tylko zwykłą dziewczyną poznaną podczas wakacji, a staje się jedynym obiektem pożądania, wokół którego koncentrują się wszystkie myśli głównego bohatera. Świat, który otacza dziewczynę staje się tak samo cudowny jak ona. Wszystko to jednak niezwykłe jest tylko do pewnego momentu. Z dnia na dzień Werter zaczyna sobie uświadamiać, że kobieta staje się nieosiągalna. Pojawia się narzeczony Lotty - Albert, który niszczy wszystkie plany i jednocześnie buduje koncepcję romantycznej, nieszczęśliwej miłości, która nie może się spełnić. Albert jest przeszkodą niemożliwą do pokonania.

Zwróćmy uwagę na psychikę głównego bohatera i jego odbiór świata wraz ze zmieniającymi się uczuciami. Początek utworu przedstawia młodego mężczyznę, pełnego nadziei i podziwu dla wszystkiego, co istnieje wokół niego. Przyroda, która go otacza jest oazą westchnień nad pięknem natury. Lotta dopełnia tą koncepcją do czasu, kiedy okazuje się, że związek z nią jest niemożliwy. Świat staje się wtedy więzieniem, z którego nie ma wyjścia, a samobójstwo to jedyna droga osiągnięcia prawdziwej wolności i tą też Werter wybiera.

Młodzieniec jest typem romantycznego kochanka mającego skłonności do marzeń i pogrążonego we własnym wyidealizowanym świecie. Jego wrażliwość sprawia, ze nie jest on w stanie zaakceptować wyborów innych, w tym przypadku Lotty. Wybujała wyobraźnia maluje świat idealny, w którym żyje idealna para kochanków.

Powieść jest jednak nie tylko próbą odzwierciedlenia wewnętrznych rozterek Wertera. Jest to także ukazanie stosunków międzyludzkich istniejących w danym społeczeństwie. Jak pokazują losy Wertera wcale nie wyglądały one najlepiej, a zwłaszcza wtedy, kiedy zwykły mieszczanin próbuje znaleźć wspólny język z arystokracją. Jest to bariera wręcz nie do przeskoczenia - oczywiście z punktu widzenia klasy wyższej (mam na myśli sytuację, która miała miejsce w domu hrabiego von C. - Werter został wyproszony, ponieważ pochodził z niższej klasy). Takie bariery klasowe zamykają drogę młodym, uzdolnionym ludziom, pełnym zapału i energii. Tak tez stało się i z Wertepem. Niepowodzenia zawodowe odbijają się w pewien sposób na jego życiu osobistym. W chwilach, kiedy bohater czuje się całkowicie wyobcowany, przypomina sobie Lottę. Myśli te jednak nie wywołują tylko i wyłącznie pozytywnych wrażeń, ale stają się powodem szukania wyjścia, które mogłoby uwolnić go z zamkniętego kręgu niespełnionych pragnień i oczekiwań. Miłość jako najwyższy czyn ducha spełnia tu rolę podwójną: z jednaj strony daje poznać słodycz łez prawdziwego szczęścia, z drugiej natomiast odkrywa nienasyt tęsknoty i niespodziewanych bólów. Dla Wertera jest chyba pewnego rodzaju walką pomiędzy tym, co tkwi w jego wnętrzu, a tym do czego powinien przywyknąć, czyli życia w samotności. Realizacja tej drugiej opcji okazuje się jednak niewykonalna - Werter umiera, bo wie, że musi. Jest to jedyny sposób na wydostanie się z ziemskiego więzienia uwolnienie instynktów, które nie mają szans na spełnienie w ludzkim wymiarze możliwości.