Biochemia I  ćwiczenia
LISTA 3
do wykładu dr. hab. inż. P. Dobryszyckiego
Poznawanie białek (c.d.)
1. Które z poniższych stwierdzeń na temat metody degradacji Edmana są prawdziwe?
a. Fenyloizotiocyjanian reaguje z wolną końcową grupą aminową.
b. W środowisku lekko kwaśnym, zmodyfikowany peptyd rozpada się na cykliczną pochodną
końcowego aminokwasu i skrócony peptyd (minus pierwszy aminokwas).
c. Gdy pochodna PTH aminokwasu oddzieli się od oryginalnego peptydu, może rozpocząć się
kolejny cykl sekwencyjnej degradacji.
d. Jeżeli białko ma zablokowany koniec aminowy (np. występuje N-formylometionina), nie może
reagować z fenyloizotiocyjanianem.
2. Które z poniższych są wykorzystywane do identyfikacji końcowej reszty aminowej
w białku?
a. bromocyjan d. chlorek dabsylu
b. fluorodinitrobenzen e. fenyloizotiocyjanian
c. kwas nadmrówkowy
3. Jakie postępowanie zastosowałabyś/zastosowałbyś wobec poniższego fragmentu
hemoglobiny, żeby określić końcową resztę aminową oraz otrzymać dwa zestawy
peptydów, które nachodzą na siebie tak, aby możliwym było ustalenie kompletnej
sekwencji aminokwasowej? Podaj sekwencje uzyskanych peptydów.
Val-Leu-Ser-Pro-Ala-Lys-Thr-Asn-Val-Lys-Ala-Ala-Trp-Gly-Lys-Val-
Gly-Ala-His-Ala-Gly-Glu-Tyr-Gly-Ala-Glu-Ala-Thr-Glu
4. Które z poniższych technik są wykorzystywane do ustalenia pozycji mostków
dwusiarczkowych w białku?
a. Białko jest najpierw redukowane i karboksymetylowane.
b. Białko jest rozcinane przez kwaśną hydrolizę.
c. Białko jest specyficznie rozcinane w warunkach nieuszkadzających wiązań dwusiarczkowych.
d. Peptydy są rozdzielane przez elektroforezę w żelu poliakrylamidowym z SDS.
e. Peptydy są rozdzielane przez dwuwymiarowa elektroforezę, w trakcie której (pomiędzy
elektroforezami) zostają poddane działaniu kwasu nadmrówkowego.
5. Połącz hasła z lewej kolumny z właściwym opisem/opisami z prawej kolumny.
a. antygeny (1) immunoglobuliny
b. determinanty antygenowe (2) obce białka, polisacharydy lub kwasy nukleinowe
c. przeciwciała poliklonalne (3) przeciwciała produkowane przez komórki hybrydoma
d. przeciwciała monoklonalne (4) grupy rozpoznawana przez przeciwciała
(5) przeciwciała
(6) przeciwciała homogenne
(7) przeciwciała produkowane przez wstrzyknięcie zwierzęciu
obcej substancji
(8) epitopy
Lista 3 - Poznawanie białek (c.d.) - 1 z 2-
6. Metodami stosowanymi do lokalizowania specyficznych białek w nienaruszonej komórce
sÄ…:
a. Western blotting d. mikroskopia immunoelektronowa
b. test enzymatyczny w fazie stałej e. mikroskopia fluorescencyjna
c. test immunoenzymatyczny  ELISA
7. Wyjaśnij dlaczego testy immunologiczne są szczególnie użyteczne dla wykrywania
i oznaczania małych ilości substancji w złożonej mieszaninie.
8. Poniższe odczynniki są często stosowane w chemii:
a. CNBr
b. mocznik
c. ²-merkaptoetanol
d. trypsyna
e. dicykloheksylokarbodiimid
f. chlorek dabsylu
g. 6 N HCl
h. fluoreskamina
i. fenyloizotiocyjanian
j. chymotrypsyna
k. rozcieńczony F CCOOH
3
Które z tych reagentów są odpowiednie do poniższych zadań?
1. określenie sekwencji aminokwasowej małego peptydu
-7
2. identyfikacja reszty na końcu aminowym peptydu (którego masz mniej niż 10 grama)
3. odwracalna denaturacja białka pozbawionego mostków dwusiarczkowych
4. hydroliza wiązań peptydowych po karboksylowej stronie reszt aromatycznych
5. trawienie wiązań peptydowych po karboksylowej stronie reszt metionylowych
6. hydroliza wiązań peptydowych po karboksylowej stronie reszt lizylowych i arginylowych
7. odwracalna denaturacja białka zawierającego mostki dwusiarczkowe (potrzebne są dwa
reagenty)
8. aktywacja grup karboksylowych podczas syntezy peptydów
9. określenie składu aminokwasowego małego peptydu
10. usunięcie grupy ochronnej t-Boc w trakcie syntezy peptydu
9. Peptyd złożony z 12 aminokwasów nie reaguje z chlorkiem dabsylu ani
z fenyloizotiocyjanianem. Trawienie bromocyjanem daje peptyd z resztÄ… laktonu
homoseryny na końcu karboksylowym, która łatwo ulega hydrolizie, dając peptyd, którego
sekwencja ustalona procedurą Edmana jest następująca:
E-H-F-W-D-D-G-G-A-V-L
Z drugiej strony, trawienie proteazÄ… ze Staphylococcus (zapoznaj siÄ™ z tabelÄ… 4.3
w podręczniku) daje odpowiednik asparaginianu i dwa peptydy. Użycie procedury
Edmana daje następujące sekwencje tych peptydów:
G-G-A-V-L-M-E and H-F-W-D
Dlaczego nietrawiony peptyd nie reaguje z chlorkiem dabsylu ani
z fenyloizotiocyjanianem?
Lista 3 - Poznawanie białek (c.d.) - 2 z 2-