scharakteryzuj miejsce aktywne enzymu. Substrat łączy się z enzymem w miejscu aktywnym, które zajmuje stosunkowo małą część objętości cząsteczki enzymu Miejsce aktywne jest układem przestrzennym złożonym z grup chemicznych leżących w różnych pozycjach liniowej sekwencji aminokwasów W połączeniach substratów z enzymami biorą udział stosunkowo słabe siły wiązania (-10 do 50 kJ/mol; wiązanie kowalencyjne: -290 do 460 kJ/mol). Dla specyficzności wiązania może być ważne to, że: siły Van der Waalsa muszą dotyczyć bardzo wielu atomów, wiązania wodorowe są z kolei ściśle kierunkowe.
Miejsca aktywne są zagłębieniami bądź szczelinami (są to miejsca niedostępne dla wody, a obecne tam grupy polarne są bardzo ważne dla katalizy) Specyficzność wiązania zależy od precyzyjnie określonego ułożenia atomów w miejscu aktywnym. Kształt centrum aktywnego zmienia się w toku wiązania substratu mamy do czynienia z aktywnym dopasowaniem, a nie zamkiem i kluczem. W katalizie enzymatycznej uczestniczyć mogą koenzymy i grupy prostetyczne