Wpływy i nadużycia władzy kościoła rzymsko-katolickiego na przełomie XV i XVI w. osiągnęły apogeum. Normą było wykupywanie odpustów, stanowisk kościelnych i świeckich, narzucanie społeczeństwu wysokich podatków na kościół. Doprowadziło to do zaniedbania prze kler obowiązków duszpasterskich i skupieniu się na korzyściach materialnych. Pierwszą osoba, która wyraziła swój przeciw wobec sprzedawaniu odpustów przez kościół był niemiecki ksiądz i teolog, Marcin Luter. On to 31 października 1517 roku na drzwiach kościoła w Wittenberdze przybił 95 tez przeciw odpustom. Po gruntownych studiach nad Pismem Świętym doszedł do wniosku, że do zbawienie prowadzi żal za grzechy i skrucha. Jego wystąpienie zmotywowało innych do jawnego wyrażenia swojego niezadowolenia i poglądów. Byli to między innymi: Jan Kalwin, Tomasz Munze.
Hasła Lutra pojawiły się dość szybko na terenach polskich. Na początku były to obszary graniczące z Niemcami, skąd rozprzestrzeniły się w miastach zachodniej i północno-zachodniej Polski. Wiara ta stała się alternatywną możliwością dla osób, które miały jakieś zastrzeżenia wobec religii katolickiej. Jej wyznawcy nie byli szczególnie prześladowani, chociaż król Zygmunt I w 1520 roku wydał dekret zakazujący głoszenie nauk Lutra i wyjazdów na tereny objęte przez jego zwolenników. Dopiero następca tego króla, Zygmunt August nadał niektórym terytoriom i grodom całkowitą wolność wyznaniową, np. Prusom Królewskim w 1559 roku.
W połowie XVI w. na terenach polskich rozprzestrzenił się kalwinizm. Znalazł on poparcie w szlachcie i magnaterii z przyczyny jego politycznego oddźwięku. Głosił on bowiem, że władza królewska powinna być ograniczona na rzecz społeczeństwa. Kalwini postanowili na kształt niektórych państw europejskich, takich jak Anglia, stworzyć Kościół narodowy. Z tą propozycją wystąpili na sejmie w 1555 r. Król Zygmunt August i biskupi katoliccy przystali na ten pomysł i wysłali posła do papieża, z prośbą o zezwolenie na zwołania soboru. Głowa kościoła kategorycznie odmówiła zgody na takie przedsięwzięcie, a król zaniechał dalszych prób.
W latach 1563 -1565 zniesiona została egzekucja starościńska dla sądów duchownych, wprowadzając tolerancję religijną. W Polsce innowiercy nie podjęli na wzór Europy Zachodniej próby przejęcia dóbr kościelnych i całkowitego zniszczenia jego wpływów. Wynikało to z dużej tolerancji ze strony władcy i biskupów. Kolejną ugodą pomiędzy odłamami religii było porozumienie w Sandomierzu w 1570 roku, gdzie zawarto kompromis i współpracę wyznań protestanckich, którą podziwiała i w późniejszym okresie kopiowała cała Europa. Wydarzeniem o wielkiej wadze dla rokowań z innowiercami była Konfederacja Warszawska z 1573 roku, na której szlachta zagwarantowała sobie między innymi wieczny pokuj między różniącymi się w wierze. Ale punktem kulminacyjnym tych dążeń okazała się Unia Brzeska z 1596 roku. To na niej ustalono, że wszystkie religie protestanckie stworzą kościół greckokatolicki, nazywany wschodnim, mający uprawnienia prawie dorównujące rzymskokatolickiemu. Różnica tkwiłam w nierówności uprawnień (m.in. biskupi kościoła wschodniego nie byli dopuszczani do senatu).
Nasze dążenie do wolności wyznaniowej nie było mile oceniane w Europie. Uważano, że Polska jako kraj katolicki stała się przytułkiem heretyków, gdzie chroniły się wszelkie sekty religijne, które w innych krajach byłyby pieczołowicie ścigane i prześladowane. W szczytowym okresie reformacji, czyli pod koniec XVI w., szacuje się, że w Rzeczpospolitej występowało około tysiąca odłamów protestanckich.
W innych krajach niewyobrażalna była wspólna egzystencja protestantów i katolików w sąsiedztwie. Wszędzie tam prowadzono krwawe zamieszki i represje. Wielu niewinnych obywateli ginęło lub traciło dorobek życia. Każda osoba, która w jakikolwiek sposób mogła podważać dogmaty kościoła katolickiego była uznawana za heretyka i palona na stosie. Na szczęście w Polsce reformy kościoła nie doprowadziły do takiej sytuacji. Powodem tego mogła być unia zawarta ponad sto lat wcześniej z pogańską jeszcze Litwą. Nauczyła ona nas, że nie powinniśmy potępiać innych za ich wierzenia i przekonania a jedynie w sposób dyplomatyczny przekonywać ich do swoich racji.