Imre Lakatos traktując teorie jako struktury proponuje „metodologię naukowych programów badawczych”. Program jest wartościowy (naukowy) gdy spełnia dwa wymogi: gdy jego spójność gwarantuje „wypracowanie określonego projektu badań przyszłych” oraz gdy za jego pomocą odkrywamy nowe zjawiska (ma być efektywny). Negatywna heurystyka programu zakłada, że jego twardy rdzeń jest nienaruszalny i niefalsyfikowalny dzięki pasowi ochronnemu składającemu się z warunków początkowych, hipotez pomocniczych, etc. Heurystyka pozytywna mówi jak można program badawczy rozwijać; rozwój zaś pociąga za sobą dodawanie do rdzenia dodatkowych założeń, oczywiście wraz z odpowiadającymi im technikami matematycznymi i eksperymentalnymi (np. dotyczącymi narzędzi badawczych), objaśniających znane już zjawiska i przewidujących nowe. Lakatos pisze: „Pozytywna heurystyka składa się z częściowo sformułowanych sugestii i wskazówek, w jaki sposób można zmieniać i rozwijać <<obalane warianty>> programu badawczego, w jaki sposób modyfikować, udoskonalać <<obalany>> pas ochronny”. Programy mogą być postępowe lub degenerujące się w zależności od tego czy wykrywają nowe zjawiska czy nie. Twardy rdzeń to zbiór „ogólnych hipotez teoretycznych, które tworzą bazę dla rozwoju programu”. Np. u Kopernika jest to teza, że Ziemia wraz z innymi planetami krąży wokół Słońca i że obraca się wokół własnej osi. Rdzeń jest niefalsyfikowalny na podstawie „metodologicznej decyzji jego zwolenników”; jeśli poddajemy go zmianom, wtedy wychodzimy poza dany program badawczy. Przy realizacji danego programu badawczego najpierw powinniśmy zbudować odpowiedni pas ochronny, dopiero potem przeprowadzamy sprawdziany obserwacyjne i według Lakatosa ważniejsze są raczej potwierdzenia niż falsyfikacje. Podczas budowania i rozszerzania pasa musimy jednak unikać uzupełnień ad hoc, każde uzupełnienie ma być sprawdzalne a całość po każdorazowym dodaniu uzupełnienia testowalna.
Porównując hipotezy w obrębie jednego programu nie jest trudno wybrać tę lepszą, gorzej jest z porównywaniem wartości dwóch programów. Niewątpliwie cenniejszy jest ten postępowy program; bezwartościowy- degenerujący się. Jednak zawsze może się okazać, że przy małej poprawce w pasie ochronnym czy nawet bez niej ten degenerujący się program, za kilkadziesiąt lat (np. gdy udoskonali się technika sprawdzania), osiągnie spektakularne sukcesy. A więc żadnego programu nie możemy nigdy uznać za całkowicie zdegenerowany, ani jednego programu za lepszy od drugiego. Tak jak u Hegla sowa Minerwy przylatuje zawsze o zmierzchu, tak i u Lakatosa „względną wartość dwóch programów można oszacować dopiero post factum, z perspektywy historycznej”.
Jeszcze inny model nauki, z wyróżnioną rolą socjologicznych cech wspólnot naukowych, zaproponował w roku 1962 Thomas Kuhn, który również traktował teorie jako struktury. Sądził on, iż ujęcia indukcjonistyczne i falsyfikacjonistyczne zdecydowanie rozmijają się z danymi historycznymi dotyczącymi nauki, dlatego też zaproponował teorię nauki bliższą danym historycznym, w której rozwój nauki przebiega w sposób dość gwałtowny poprzez odrzucenie jednej struktury na rzecz innej, na tyle różnej aby obie były nie do pogodzenia. Według niego nauka rozwija się w następujący sposób: pre- nauka—nauka normalna—kryzys—rewolucja—nowa nauka normalna—nowy kryzys. Działalność pre- naukowa zamienia się w naukę normalną kiedy społeczność naukowa przyjmuje jeden paradygmat (ogólne założenia teoretyczne oraz techniki ich stosowania) i postępuje zgodnie z jego wytycznymi. Rozwijając paradygmat uczeni tłumaczą zjawiska w świecie, posługując się eksperymentem. Jeśli w swoim przedsięwzięciu spotkają się z trudnościami i falsyfikacjami „nie do pokonania”, zaczyna się kryzys. Kryzys znika w momencie pojawienia się nowego paradygmatu, na stronę którego przejdzie społeczność uczonych oraz gdy stary paradygmat zostanie porzucony. Zmianę paradygmatów nazywamy rewolucją naukową. Lecz i nowy paradygmat, wróżący tyle odkryć, kiedyś może nie dać sobie rady z trudnościami a wtedy zostanie zastąpiony przez inny.
Naukę od pseudo- nauki odróżnia to, iż w przypadku tej pierwszej teorie opierają się na jakimś paradygmacie. Trudno podać definicję czy ścisłą charakterystykę paradygmatu ponieważ zawsze znajdzie się w nim coś, co nie odpowiada tej charakterystyce (uczeni są jednak zmuszeni czasem tworzyć takie charakterystyki by bronić swój paradygmat przed konkurencyjnym). Poza tym różni uczeni mogą różnie pojmować jeden paradygmat, dzięki czemu zwiększa się ilość strategii działania według niego; sprzyja to rozwojowi nauki i eliminowaniu problemów. W skład paradygmatu powinny wchodzić precyzyjnie sformułowane prawa, założenia teoretyczne, wskazówki dotyczące pracy według paradygmatu, „typowe sposoby stosowania podstawowych praw w różnorodnych sytuacjach teoretycznych... [...] instrumentarium naukowe oraz techniczne sposoby odnoszenia praw paradygmatu do rzeczywistego świata”. Paradygmat jest na tyle otwarty, że zawsze coś do niego można jeszcze dodać. Naukę normalną Kuhn pojmuje jako zmaganie się z teoretycznymi jak i eksperymentalnymi łamigłówkami, np. przekształcanie założeń tak aby można je było zastosować do nowych zjawisk czy doskonalenie narzędzi pomiaru. Paradygmat z założenia powinien dawać odpowiedź jak rozwiązać daną łamigłówkę, jeśli rozwiązanie nie przychodzi, obarcza się raczej winą uczonego a nie sam paradygmat.
Nie rozwiązane łamigłówki to anomalie. Problemy zaczynają się wtedy, gdy anomalie trafiają w podstawy paradygmatu i nijak nie można ich usunąć, gdy jest ich bardzo dużo lub gdy ich istnienie jest szczególnie uciążliwe dla społeczeństwa i stoi na drodze jego potrzeb i dążeń. Kiedy anomalie postrzega się jako poważne zagrożenie dla paradygmatu, zaczyna się etap „uświadomionego braku bezpieczeństwa zawodowego”. Uczeni nauki normalnej zaczynają być pełni obaw, próbują rozwiązać problemy za pomocą metod niedopuszczalnych z punktu widzenia ich paradygmatu, tracą do niego zaufanie; czasami nawet żałują, że zostali uczonymi. Dokonuje się rewolucja. Nagle pojawia się nowy, całkowicie różny od poprzedniego, paradygmat- uczony zmienia okulary a zmieniając je, zmienia cały swój świat. Taką gwałtowną zmianę paradygmatów Kuhn zwał „gestalt switch” i uczony motywuje ją właśnie kryzysem danego paradygmatu. Nie jest łatwo powiedzieć (może nawet nie można powiedzieć), który paradygmat jest wyższy, o tym już decyduje określony uczony sugerując się swoimi kryteriami; dlatego też Kuhn pisze, że zmiana paradygmatu jest podobna do „przewrotu politycznego”. Przedstawiciele nauki normalnej powinni podchodzić do uznawanego paradygmatu bezkrytycznie bowiem tylko wtedy możliwy jest przyrost wiedzy o świecie; także musi między nimi panować powszechna zgoda co do kwestii, spraw podstawowych bo właśnie taka zgoda jest cechą prawdziwej nauki- w przeciwieństwie do prenauki, gdzie jest tyle teorii ile głów.
Spór pomiędzy stanowiskiem Kuhna, a z drugiej strony Lakatosa zaowocował dyskusją „nad dwoma opozycyjnymi stanowiskami kojarzącymi się z racjonalizmem i relatywizmem”. Skrajny racjonalista szacuje wartość teorii na podstawie jednego uniwersalnego, ahistorycznego kryterium. Zawsze wybiera tylko tę teorię, która je spełnia lub tę, która spełnia je w największym stopniu (spełnianie kryterium jest zarazem warunkiem naukowości) i jeżeli wybierze tę a nie inną teorię to wierzy, że jest ona prawdziwa lub prawdziwa prawdopodobnie. Tylko wiedza zdobywana według jednego kryterium jest wartościowa. Kryterium tym dla indukcjonisty będzie indukcyjna wyprowadzalność z faktów a dla falsyfikacjonisty falsyfikowalność. Relatywista nie uznaje jednego, niepowątpiewalnego kryterium, dla niego jest nim decyzja danej jednostki lub społeczności, które same wyznaczają sobie „cel poszukiwania wiedzy”. Relatywizm w stosunku do jednostek wyrażała formuła Protagorasa, w stosunku do społeczności- Kuhna: „nie ma standardu wyższego niż zgoda zainteresowanej społeczności”; decyzje jednostki są obiektem badań psychologii, decyzje społeczności są uwarunkowane hierarchią wartości tej społeczności- bada ją socjologia. Kiedy będą się zmieniać wartości wyznawane przez uczonych, wtedy też zmianie będzie ulegać kryterium tego, co naukowe a co nie; dlatego też relatywista bierze wyraz nauka w cudzysłów.
Lakatos bronił racjonalizmu, z niepokojem spoglądał na relatywistów (m.in. na Kuhna) i twierdził, że „centralnym problemem filozofii nauki jest... problem ustanowienia uniwersalnych warunków, w których teoria jest... naukowa”. Jeśli bowiem nie ma wyższego kryterium niż kryterium jakiejś społeczności, to nie można przeprowadzić krytyki tych kryteriów. „Prawdziwość” teorii na gruncie relatywistycznym może więc zależeć od siły jej zwolenników, od dobrej propagandy. Natomiast u Lakatosa głównym celem nauki jest zbliżanie się do prawdy za pomocą metodologii naukowych programów badawczych. Jego kryterium racjonalności (naukowości) jest „potwierdzoną przez doświadczenie [dane z historii nauki-S. P.] hiopotezą” (w stosunku do ostatnich dwustu lat historii fizyki sprawdza się lepiej niż inne kryteria); jeśli jakieś wydarzenie z historii nauki oraz jego wyjaśnienie odpowiada hipotezie metodologii programów badawczych znaczy to, iż metodologia Lakatosa spełnia swe zadanie. Problem w metodologii Lakatosa polega na tym, iż właściwie nie wiadomo, który program przyjąć- czy postępowy, czy degradujący się; przecież zawsze ten drugi może „odzyskać siły”. Więcej jest u Lakatosa wskazówek, którymi zainteresuje się bardziej historyk nauki niż sam naukowiec. Ponadto przyjmował on, że wszystkie nauki, które nie posiadają podstawowych cech fizyki mają charakter „niższych form wiedzy”.
Kuhn podaje kilka kryteriów odróżnienia teorii dobrej od złej, które może preferować jakaś społeczność: „poprawność przewidywań, zwłaszcza [...] ilościowych, równowaga pomiędzy problemami ezoterycznymi i kwestiami codziennymi, ilość [...] rozwiązanych problemów”, prostota- są to wartości podlegające badaniom socjologicznym oraz psychologicznym. Jak już wcześniej wspominaliśmy, wartości te zależą od stanu w jakim znajduje się dana wspólnota w określonym momencie rozwoju kulturalnego czy historycznego; jej zgoda decyduje, która teoria jest wyższa a która niższa. Są to typowe cechy relatywizmu, choć sam Kuhn nie uznawał się za relatywistę twierdząc, iż późniejsze teorie lepiej rozwiązują łamigłówki od wcześniejszych a zatem dokonuje się postęp naukowy. Jednak to, czy coś uznamy za łamigłówkę czy nie zależy od społeczności i paradygmatu a ów postęp nie jest postępem ku prawdzie „w jakimkolwiek ściśle określonym znaczeniu”. Dodatkowo, u Kuhna, nie mamy możliwości krytykowania wyborów społeczności uczonych (a przecież uczeni też się mylą) i nie wiemy, które wspólne decyzje są uprawnione, a które nie. A więc Kuhn odżegnywał się od relatywizmu a mimo to nie udało mu się go uniknąć, Lakatos pragnął stworzyć „racjonalistyczną koncepcję nauki” lecz nie zdołał tego zrobić.