Prążki G – oznaczenie GTG(W) (G bands by tripsyne using Giemsa lub Wright) – jest to najczęściej stosowana metoda barwienia na prążki. Dzięki niej uzyskujemy 300-400 prążków na haploidalny zestaw chromosomów – liczba prążków zależy od stopnia kondensacji chromatyny. Do badań zaleca się rozdzielczość 550 prążków, a przy wyjątkowych zaleceniach, nawet 850. Lekarz powinien sugerować jaką aberrację podejrzewa na podstawie fenotypu pacjenta.
Prążki Q Bezpośrednie barwienie barwnikiem fluorescencyjnym np. atebryną lub quinakryną, który wiąże się z DNA. Cząstki barwnika wsuwają się między pary zasad (interlokacja). Większa fluorescencja występuje przy zasadach A-T.
Wzór prążków Q pokrywa się z wzorem prążków G. Jasne prążki Q+ to ciemne prążki G, a ciemne prążki Q- to jasne prążki G. Jaśniejsza fluorescencja występuje też w takich rejonach, jak: okolice centromeru chromosomu A3, satelity (w chromosomach akrocentrycznych), dystalny część ramion długich chromosomu Y.
Barwienie to przydatne przy kariogramie.
Prążki C – oznaczenie CBG (C bands by Ba(OH)2 using Giemsa) - nie nadają się do kariogramu.
W efekcie chromosom jest cały jasny, a centromer, przewężenia wtórne i dystalne części ramion długich chromosomu Y są najjaśniejsze. Chromosom utraci częściowo swój kształt. Barwienie to stosuje się jednocześnie z prążkami G, aby rozstrzygać wątpliwości (np. dicentryczność) i badać polimorfizm (A1, C9, C16, Y, akrocentryczne).
Prążki R (reverse) – oznaczenie RBA (G) (Reverse bands by BrdU using atebryne lub Giemsa) - wybarwiane Giemsą lub fluorochromem a przed, lub w trakcie stosuje się bufor fosforanowy w podwyższonej temperaturze. W ten sposób uzyskuje się odwrotność prążków G.
Barwienie to stosuje się przy podejrzeniu aberracji obszarów telomerowych.
To barwienie ma zastosowanie przy wykrywaniu późno replikującego chromosomu X.
W parze chromosomów X, jeden jest późno a drugi wcześnie replikujący (jeden nieaktywny, drugi aktywny). Wiedza ta jest przydatna w niektórych wypadkach. W warunkach patologicznych występuje translokacja chromosomu X późno replikującego z autosomem. Wtedy to, co pochodzi z autosomy zostaje inaktywowane przez nieaktywny chromosom X.
Barwienie AgNOR – organizatorów jąderkowych azotanem srebra – stosuje się do identyfikacji aktywnych organizatorów jąderka na krótkich ramionach chromosomów akrocentrycznych (13,14,15,21,22 pary). Dzięki temu barwieniu można również wykryć polimorfizm satelitów i aberracje w chromosomach akrocentrycznych (np. określić od którego z rodziców pochodzi dodatkowy chromosom w zespole Downa).
Prążki T - telomery