Biologia molekularna Sem I ekoło 2013

Question 1
Punkty: 2

Które z poniższych stwierdzeń dotyczących liczb opisujących właściwości konformacyjne i topologiczne DNA są prawdziwe?
Wybierz co najmniej jedną odpowiedź
a. Liczba Wr mówi, ile razy oś helisy DNA oplata prawoskrętnie samą siebie. 
b. Żadne z podanych stwierdzeń nie jest prawdziwe. 
c. Liczba opleceń jest topologiczną właściwością DNA. 
d. Liczba opleceń mówi, ile razy jedna nić oplata prawoskrętnie oś DNA. 
e. Wr to liczba skrętów DNA. 
f. Tw to liczba opleceń DNA. 
Question 2
Punkty: 3
Które z poniższych stwierdzeń dotyczących naprawy DNA są prawdziwe?
Wybierz co najmniej jedną odpowiedź
a. Ostatnim etapem naprawy DNA jest połączenie odpowiednich końców DNA przez ligazę DNA. 
b. Za usuwanie dimerów tymin w komórkach E. coli jest odpowiedzialne białko uvrABC. 
c. Polimerazy DNA są zdolne do przeprowadzania naprawy uszkodzonego DNA dzięki swojej aktywności 3’→5’ egzonukleazowej. 
d. Koniec 5’-OH uszkodzonej nici jest starterem syntezy brakującego fragmentu DNA. 
e. Błędnie sparowane nukleotydy u E. coli rozpoznaje białko MutH. 
f. Spontaniczne pojawienie się uracylu w DNA może podlegać naprawie polegającej na jego metylacji w odpowiedniej pozycji z utworzeniem tyminy. 
Question 3
Punkty: 2
Które z poniższych stwierdzeń dotyczących mutacji genów są prawdziwe?
Wybierz co najmniej jedną odpowiedź
a. Insercja polega na wstawieniu jednej lub większej liczby par zasad do danej cząsteczki DNA. 
b. Głównym efektem działania światła ultrafioletowego jest powstanie wiązań kowalencyjnych łączących komplementarne zasady pirymidynowe pomiędzy dwiema niciami DNA. 
c. Transwersja jest jednym z rodzajów delecji. 
d. Metylacja cytozyny w pozycji C-5 może skutkować zwiększonym poziomem mutacji. 
e. Wprowadzenie do DNA 5-bromouracylu zwiększa częstość pojawiania się tranzycji. 
f. Zamiana zasady purynowej na pirymidynową jest przykładem tranzycji. 
Question 4
Punkty: 3

Eksperymentator wyizolował DNA genomowe oraz mRNA z mózgu, nerki oraz mięśni szkieletowych szczura wędrownego. Następnie przygotował odpowiednie biblioteki genomowe oraz biblioteki cDNA z każdego z tych narządów w tym samym plazmidzie. Które z poniższych stwierdzeń na temat uzyskanych bibliotek są prawdziwe?
Wybierz co najmniej jedną odpowiedź
a. Każda z uzyskanych bibliotek cDNA powinna zawierać pewną liczbę klonów DNA odpowiadających tym samym genom. 
b. Żadne z podanych stwierdzeń nie jest prawdziwe. 
c. Szansa odnalezienia klonu cDNA kodującego dowolne wybrane białko szczurze jest identyczna w przypadku każdej z otrzymanych bibliotek cDNA. 
d. To, jakie różne sekwencje DNA zawarte są w każdej z uzyskanych bibliotek cDNA, zależy np. od wieku, trybu życia, diety oraz temperatury chowu zwierzęcia. 
e. Biblioteka genomowa przygotowana z DNA mózgu nie nadaje się do poszukiwania sekwencji genu kodującego białko występujące tylko w mięśniach szkieletowych. 
f. Szansa odnalezienia klonu sekwencji kodującej białko występujące tylko w nerce jest wyższa w bibliotece cDNA nerki niż w bibliotece genomowej z tego organu, z powodu znacznie mniejszej liczby różnych klonów zawartych w tej pierwszej. 
Question 5
Punkty: 2
Które z poniższych stwierdzeń dotyczących kwasów nukleinowych są prawdziwe?
Wybierz co najmniej jedną odpowiedź
a. W DNA, obok standardowych wiązań fosfodiestrowych 3’-5’, występują przejściowo również wiązania 2’-5’ fosfodiestrowe. 
b. Ryboza nie zawiera grupy hydroksylowej 2’. 
c. Jednoniciowy RNA może tworzyć helisę z komplementarnym jednoniciowym DNA. 
d. Deoksyryboza nie zawiera grupy hydroksylowej 2’. 
e. Temperatura topnienia danej cząsteczki DNA wzrasta wraz z jej wydłużaniem o kolejne pary zasad. 
f. Pod wpływem wzrostu temperatury dwuniciowa helisa DNA ulega nieodwracalnemu topnieniu. 
Question 6
Punkty: 2
Które z poniższych stwierdzeń dotyczących zjawiska homologii genów kodujących białka są prawdziwe?
Wybierz co najmniej jedną odpowiedź
a. Żadne dwa geny występujące u tego samego gatunku nie mogą być swoimi homologami. 
b. Żadne z podanych stwierdzeń nie jest prawdziwe. 
c. Jeśli dwa geny są względem siebie ortologami, to znaczy, że jeden z nich powstał w wyniku duplikacji drugiego. 
d. Jeśli dwa geny wykazują ponad 90% identyczności sekwencji nukleotydowej to najprawdopodobniej powstały na drodze ewolucji dywergentnej. 
e. Dwa homologiczne względem siebie geny występujące u osobników różnych gatunków mogą być albo swoimi ortologami, albo paralogami. 
f. Jeśli dwa geny są względem siebie paralogami to na pewno nie są swoimi homologami. 
Question 7
Punkty: 3

Które z poniższych stwierdzeń dotyczących telomerów i telomerazy są prawdziwe?
Wybierz co najmniej jedną odpowiedź
a. Telomeraza rozwiązuje problem replikacji końców liniowych chromosomów dzięki swej nietypowej aktywności polimerazowej w kierunku 3’→5’. 
b. Telomeraza jest polimerazą DNA zależną od RNA i wykorzystuje jako matrycę zewnętrzne odcinki RNA chromosomów. 
c. Po usunięciu startera nić opóźniona ma niekompletny koniec 3’ i każda następna runda transkrypcji skraca chromosom. 
d. Telomerowy DNA zawiera setki tandemowo ułożonych powtórzeń sześcionukleotydowej sekwencji. 
e. Telomeraza wykazuje aktywność odwrotnej transkryptazy. 
f. Telomeraza jest enzymem deoksyrybonukleoproteinowym, w którego skład wchodzi cząsteczka ssDNA. 
Question 8
Punkty: 4

Eksperymentator przeprowadził sekwencjonowanie jednoniciowej cząsteczki DNA metodą Sangera i otrzymał wynik w postaci autoradiogramu przedstawionego poniżej. W każdym z czterech śladów rozdziałowi poddano mieszaninę reakcyjną zawierającą odpowiedni analog ddNTP. Strzałka przedstawia kierunek elektroforezy. Która z podanych sekwencji odpowiada matrycowej nici DNA poddanej sekwencjonowaniu?
Wybierz odpowiedź
a. TTGAGCGC 
b. AACTCGCG 
c. Żadna z podanych sekwencji nie odpowiada szukanej nici DNA. 
d. CGCGAGTT 
e. GCGCTCAA 
f. AACCCTGG 
Question 9
Punkty: 2
Które ze stwierdzeń na temat związków, których wzory przedstawiono na rysunku, są prawdziwe?
Wybierz co najmniej jedną odpowiedź
a. Związek 1 to adenina. 
b. W DNA związek 2 może powstać spontanicznie ze związku 5. 
c. Związek 3 występuje zarówno w DNA, jak i w RNA. 
d. Wzory 1, 3 i 4 przedstawiają pirymidyny, a wzory 2, 5 i 6 – puryny. 
e. Żadne ze stwierdzeń nie jest prawdziwe. 
f. Związek 6 to tymina. 
Question 10
Punkty: 2
Które z poniższych zdań dotyczących kodu genetycznego są prawdziwe?
Wybierz co najmniej jedną odpowiedź
a. Mutacja w pętli antykodonu cząsteczki tRNA może sprawić, że dany kodon STOP w mRNA będzie rozpoznawany jako kodon kodujący aminokwas. 
b. W standardowym kodzie genetycznym istnieje 61 kodonów dla 20 aminokwasów, a jeden kodon złożony jest z 3 nukleotydów. 
c. Znakami przestankowymi w kodzie genetycznym są zwykle cytozyny metylowane przy C-5. 
d. Żadne z podanych stwierdzeń nie jest prawdziwe. 
e. Kod genetyczny jest w pełni uniwersalny, co oznacza, że wszystkie systemy translacyjne organizmów żywych używają tego samego kodonu, lub tej samej grupy kodonów, dla tych samych aminokwasów. 
f. W różnych organizmach ten sam kodon może kodować inny aminokwas, co jest nazywane degeneracją kodu genetycznego. 
Question 11
Punkty: 4

Które z poniższych stwierdzeń dotyczących trzech enzymów, A, B oraz C, których aktywności przedstawiono schematycznie na rysunku, są prawdziwe?
Wybierz co najmniej jedną odpowiedź
a. Niektóre enzymy wykazujące aktywność „A” są stosowane w metodzie Sangera. 
b. Niektóre enzymy wykazujące aktywność „A” są stosowane w metodzie PCR. 
c. Enzym „B” wykazuje aktywność polimerazy RNA zależnej od DNA. 
d. Żadne z podanych stwierdzeń nie jest prawdziwe. 
e. Kinaza polinukleotydowa wykorzystywana jest do przeprowadzania reakcji „C”. 
f. Istnieje co najmniej jedna grupa enzymów, które wykazują zarówno aktywność „A”, jak i aktywność „B”. 
Question 12
Punkty: 3
Które z poniższych stwierdzeń dotyczących enzymów restrykcyjnych są prawdziwe?
Wybierz co najmniej jedną odpowiedź
a. Mogą być użyte do stworzenia charakterystycznego wzoru nazywanego „odciskiem dłoni” (tzw. handprint) cząsteczki DNA. 
b. Większość z nich wiąże się z sekwencjami palindromowymi na DNA. 
c. Są bardzo rozpowszechnione zarówno w komórkach prokariotycznych, jak i eukariotycznych. 
d. Służą komórce do rekombinacji własnego DNA zwiększając w ten sposób zmienność genetyczną komórki. 
e. Przecinając cząsteczki DNA enzymy te zawsze tworzą końce kohezyjne (lepkie), dzięki czemu mogą być stosowane w technikach rekombinacji DNA. 
f. Mogą służyć komórce do degradowania wirusowego DNA. 
Question 13
Punkty: 4

Które z poniższych stwierdzeń dotyczących eksperymentu klonowania insertu (kolor pomarańczowy), ograniczonego miejscami restrykcyjnymi PstI, do wektora plazmidowego pBR322, zobrazowanego schematycznie na rysunku, są prawdziwe? Zwróć uwagę, że wektor pBR322 zawiera geny (kolor niebieski i czerwony) nadające bakteriom oporność na dwa antybiotyki – ampicylinę (AmpR) oraz tetracyklinę (TetR).
Wybierz co najmniej jedną odpowiedź
a. Na podłożu zawierającym oba antybiotyki zginą tylko te komórki, które pobrały wektor zawierający insert oraz te, które nie uległy transformacji. 
b. Na podłożu z tetracykliną zginą wszystkie komórki, które pobrały wektor. 
c. Gdyby insert ograniczony był miejscami EcoRI, to do poprawnego wykonania eksperymentu należałoby przeciąć wektor enzymem EcoRI, zamiast PstI. 
d. Na podłożu z ampicyliną zginą tylko te komórki, które pobrały pusty wektor (bez insertu). 
e. Żadne z podanych stwierdzeń nie jest prawdziwe. 
f. Włączenie insertu do wektora w miejsce PstI nie ma sensu, ponieważ przerywa ciągłość genu AmpR, niezbędnego do przeżycia komórek na podłożu z ampicyliną. 
Question 14
Punkty: 3
Które z poniższych stwierdzeń dotyczących zasad występujących w DNA są zgodne z modelem Watsona-Cricka?
Wybierz co najmniej jedną odpowiedź
a. Dwa helikalne łańcuchy oplatają wspólną oś i biegną w tym samym kierunku. 
b. Adenina paruje z tyminą poprzez 2 wiązania wodorowe. 
c. Kolejność ułożenia pierścieni deoksyryboz względem grup fosforanowych w cząsteczkach DNA stanowi informację genetyczną. 
d. Zmienną częścią DNA jest sekwencja pięciu rodzajów zasad. 
e. W dwuniciowym DNA zasada purynowa zawsze tworzy parę z zasadą pirymidynową a pirymidynowa z purynową. 
f. Nukleozyd to nukleotyd połączony wiązaniem estrowym z jedną lub większą liczbą grup fosforanowych. 
Question 15
Punkty: 4

Które z poniższych stwierdzeń dotyczących eksperymentu klonowania insertu (kolor pomarańczowy), ograniczonego miejscami restrykcyjnymi PstI, do wektora plazmidowego pBR322, zobrazowanego schematycznie na rysunku, są prawdziwe?
Wybierz co najmniej jedną odpowiedź
a. Eksperyment ten wymaga zastosowania polimerazy DNA zależnej od DNA tylko na etapie „C”. 
b. Eksperyment ten wymaga zastosowania metody PCR na każdym z etapów – „A”, „B” oraz „C”. 
c. Żadne z podanych stwierdzeń nie jest prawdziwe. 
d. Eksperyment ten wymaga zastosowania kinazy polinukleotydowej zarówno na etapie „A”, jak i „B”. 
e. Eksperyment ten wymaga zastosowania enzymu PstI na etapach „A” oraz „B”. 
f. Eksperyment ten wymaga zastosowania fosfatazy na każdym z etapów – „A”, „B” oraz „C”. 
Question 16
Punkty: 2
Które z poniższych stwierdzeń dotyczących elektroforezy fragmentów restrykcyjnych są prawdziwe?
Wybierz co najmniej jedną odpowiedź
a. Elektroforeza w pulsującym polu elektrycznym (PFGE, ang. pulsed-field gel electrophoresis) nadaje się szczególnie do rozdziału bardzo krótkich cząsteczek DNA. 
b. Wysoka zdolność rozdzielcza żeli poliakryloamidowych pozwala rozdzielać fragmenty restrykcyjne, których długość różni się tylko jednym nukleotydem na kilkaset wchodzących w ich skład. 
c. Ruchliwość elektroforetyczna fragmentu DNA jest do pewnych granic wprost proporcjonalna do logarytmu długości tego fragmentu, wyrażonej liczbą par zasad. 
d. Elektroforeza żelowa może być wykorzystana także do rozdziału cząsteczek o długości milionów par zasad, w tym - chromosomów. 
e. Żele agarozowe lepiej nadają się do rozdziału bardzo długich fragmentów restrykcyjnych niż żele poliakryloamidowe. 
f. Żadne z podanych stwierdzeń nie jest prawdziwe. 
Question 17
Punkty: 3

Które z poniższych stwierdzeń na temat metody PCR są prawdziwe?
Wybierz co najmniej jedną odpowiedź
a. Typowym enzymem wykorzystywanym w tej metodzie jest tzw. fragment Klenowa z E. coli. 
b. Wymaga użycia dwóch komplementarnych do siebie oligonukleotydów jako starterów. 
c. Metodą tą możemy skutecznie poddać amplifikacji także ten fragment cząsteczki DNA, którego sekwencji nie znamy, pod warunkiem, że znamy sekwencje go oskrzydlające (otaczające). 
d. Klasyczny PCR może być wykorzystany do amplifikacji zarówno jednoniciowych, jak i dwuniciowych matryc DNA. 
e. Ma ważne zastosowanie w mutagenezie ukierunkowanej sterowanej oligonukleotydem. 
f. Żadne z podanych stwierdzeń nie jest prawdziwe. 
Question 18
Punkty: 2
Które z poniższych stwierdzeń dotyczących schematu widełek replikacyjnych u E. coli na rysunku jest prawdziwe?
Wybierz odpowiedź
a. Poszczególne numery oznaczają: 1-nić wiodąca, 2-białko wiążące jednoniciowy DNA, 3-helikaza, 4-prymasom, 5-holoenzym polimerazy DNA III, 6-ligaza DNA, 7-fragment Okazaki, 8-polimeraza DNA I, 9-nić opóźniona. 
b. Poszczególne numery oznaczają: 1-nić wiodąca, 2-białko wiążące jednoniciowy DNA, 3-helikaza, 4-prymasom, 5-polimeraza DNA I, 6-ligaza DNA, 7-fragment Okazaki, 8-holoenzym polimerazy DNA III, 9-nić opóźniona. 
c. Poszczególne numery oznaczają: 1-nić opóźniona, 2-helikaza, 3-białko wiążące jednoniciowy DNA, 4-prymasom, 5-ligaza DNA, 6-holoenzym polimerazy DNA I, 7-nić opóźniona, 8-polimeraza DNA III, 9-fragment Okazaki. 
d. Poszczególne numery oznaczają: 1-nić opóźniona, 2-białko wiążące jednoniciowy DNA, 3-prymasom, 4-helikaza, 5-polimeraza DNA I, 6-ligaza DNA, 7-fragment Okazaki, 8-holoenzym polimerazy DNA III, 9-nić opóźniona. 
e. Poszczególne numery oznaczają: 1-nić wiodąca, 2-białko wiążące jednoniciowy DNA, 3-helikaza, 4-prymasom, 5-ligaza DNA, 6-holoenzym polimerazy DNA I, 7-nić opóźniona, 8-polimeraza DNA III, 9-fragment Okazaki. 
f. Poszczególne numery oznaczają: 1-nić opóźniona, 2-białko wiążące jednoniciowy DNA, 3-helikaza, 4-prymasom, 5-polimeraza DNA I, 6-ligaza DNA, 7-fragment Okazaki, 8-polimeraza DNA I, 9-nić wiodąca.