Molekularny mechanizm zegarowy u ssaków jest związany z różnymi genami zegarowymi ze specyficznymi wzorcami ekspresji w czasie. Synchronizacja głównego zegara okołodobowego zawarta w jądrze nadskrzyżowaniowym jest regulowana głównie przez codzienne resetowanie fazy zegara przez bodźce świetlne. Zmiana fazy w odpowiedzi na światło jest skorelowana z indukcją Per1 i Per2 wewnątrz komórek SCN. Czas obwodowych oscylatorów jest kontrolowany przez zegar SCN, kiedy jedzenie jest dostępne przez cały czas. Czas żywienia (dostępność żywności) przy ograniczonym czasowym dostępie do żywności jest potencjalnym dawcą czas (Zeitgeber) dla obwodowych oscylatorów bez wyraźnego wpływu na mechanizm zegarowy SCN. Jednakże czasowe ograniczenie kalorii (tzn. gdy tylko hypokalorycznej dieta jest podawana każdego dnia o tej samej porze) może modyfikować czasową organizację wymuszoną przez SCN i resetować cykl światła i ciemności. Taka sytuacja konfliktu pomiędzy świetlnymi żywieniowymi synchronizatorami zmienia czas ekspresji genów zegara w SCN i czas różnych przejawów związanych z rytmem, wskazując, ze zegar SCN jest wrażliwy na sygnały żywieniowe.