METODA SOUTHER: polega na rozdzieleniu fragmentów restrykcyjnych DNA w żelu agarazowym i po ich denaturacji in situ – przeniesieniu na błonę nitrocelulozową. Związany z bibułą DNA hybrydyzuje z wyznakowanym, komplementarnym do niego fragmentem DNA. Po opłukaniu nie związanego DNA i wysuszeniu bibuły wykonuje się jej autoradiografię lub detekcję innymi metodami, odpowiednimi dla danej techniki znakowania. Za pomocą takiej metody i stosując sondę molekularną o dużej aktywności specyficznej możemy wykrywać nawet bardzo małe ilości (poniżej 1pg) DNA.

METODA KOLONIJNA: stosuje ją się np. w przypadku identyfikacji genów w bankach genomowych. Po transformacji komórek bakteryjnych wysiewa je się na płytki, a następnie replikuje uzyskane kolonie na filtr bibułowy lub nylonowy. Po wykonaniu kilku prostych zabiegów przytwierdzających bakterie do bibuły, powodujących lizę bakterii i denaturację DNA in situ, filtr z koloniami poddaje się hybrydyzacji, a następnie autoradiografii.

Analogiczną techniką w stosunku do powyższej jest hybrydyzacja łysinkowa, w której na bibułę przenosi się bakterie transferowane bankiem fagowym wraz z łysinkami spowodowanymi przez bakteriofagi.