Łódź, 3.04.2011r.

Agata Jackiewicz

Biotechnologia

Nr albumu: 149769

BIOINFORMATYKA

LABORATORIUM 2:

Bazy danych sekwencyjnych, bazy informacji enzymologicznych.

BAZA DANYCH ENZYMATYCZNYCH: BRENDA

Ćwiczenie 1

1. Optymalne pH dla oksydazy glukozowej z Penicillium chrysogenum wynosi:

pH = 5 lub pH = 5,6; w zależności od stosowanego źródła informacji. OK

2. Katalizowaną przez ten enzym reakcją jest utlenianie β-D-glukozy do

D-glukono-1,5-laktonu:

β-D-glukoza + O₂ => D-glukono-1,5-lakton + H₂O₂

OK

3. Enzym ten posiada: 2 domeny (tzw. białko dimeryczne). OK

BAZA SZLAKÓW METABOLICZNYCH: KEGG

Ćwiczenie 2

1. Nazwa enzymu hydrolizującego laktozę do glukozy oraz galaktozy to:

beta-D-galactosidase (EC 3.2.1.23) OK

2. Enzym kodujący ten gen posiada 3 nazwy: lacZ OK, ECK0341, JW0335.

3. Białko składa się z: 2 podjednostek. OK

4. Enzym ten nie jest obecny u Saccharomyces cerevisiae. OK

5. Saccharomyces cerevisiae nie może korzystać z laktozy jako źródła węgla. OK

BAZY SEKWENCJI NUKLEOTYDOWYCH NA NCBI - Nucleotide, Gene, Genome,

Genome Projects

Ćwiczenie 3

1. Źródło DNA w sekwencji o numerze dostępowym Z71230 stanowił izolat:

Cuban Cahibo cigar. gift from President Fidel Castro

2. Dawcą DNA był organizm: Didelphis virginiana, czyli Dydelf wirginijski.

Osobnik stał się dawcą, gdyż został przejechany przez samochód.

Osobnik ten był dorosły, a próbkę pobrano z wątroby. OK

3. Sekwencja z formatu FASTA:

Brak pierwszej nijki z nazwą sekwencji!!!! Pełny format fasta zawsze zaczyna się od nazwy sekwencji oznaczonej znaczkiem „>”

AGCATATGCTTGTCTCAAAGATTAAGCCATGCATGTCTAAGTACACACGGCCGGTACAGTGAAACTGCGA

ATGGCTCATTAAATCAGTTATGGTTCCTTTGGTCGCTCGCTCCCTCCTACTTGGATAACTGTGGTAATTC

TAGAGCTAATACATGCCGACGAGCGCTGACCCGGGCCCCCTTCCCCCCGCGGGTGGGGGCCCCCGGGGAT

GCGTGCATTTATCAGACCAAAACCAACCCGGCGGCTTCCCCCTAACCCCCCAACCAGGGGCGGGGGTGCC

CCGGCCGCTTTGGTGACTCTAGATAACCTCGGGCCGATCGCACGCCCCCCGTGGCGGCGATGACCCATTC

GAACGTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTACTTGCCGTGCCTACCATGGTGACCACGGGTGACGGGGAAT

CAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAA

TTACCCACTCCCGACCCGGGGAGGTAGTGACGAAAAATAACAATACAGGACTCTTTCGAGGCCCTGTAAT

TGGAATGAGTACACTTTAAATCCTTTAACGAGGATCCATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGG

TAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGCTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGATCTTGGGATCG

AGCTGGCGGTCCGCCGCGAGGCGAGCCACCGCCTGTCCCAGCCCCTGCCTCTCGGCGCCCCCTCGATGCT

CTTAGCTGAGTGTCCCGCGGGGCCCGAAGCGTTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCCCGA

GTCGCCTGGATACCCCAGCTAGGAATAATGGAATAGGACCCCGGTTCTATTTTGTTGGTTTTCGGAACTG

GGGCCATGATTAAGAGGGACGGCCGGGGGCATTCGTATTGTGCCGCTAGAGGTGAAATTCTTGGACCGGC

GCAAGACGGACCAGAGCGAAAGCATTTGCCAAGAATGTTTTCATTAATCAAGAACGAAAGTCGGAGGTTC

GAAGACGATCAGATACCGTCGTAGTTCCGACCATAAACGATGCCGACTAGCGATCCGGCGGCGTTATTCC

CATGACCCGCCGGGCAGCTTCCGGGAAACCAAAGTCTTTGGGTTCCGGGGGGAGTATGGTTGCAAAGCTG

AAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGG

AAACCTCACCCGGCCCGGACACGGAAAGGATTGACAGATTGATAGCTCTTTCTCGATTCTGTGGGTGGTG

GTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGCGATTTGTCTGGTTAATTCCGATAACGAACGAGACTCTGGCAT

GCTAACTAGTTACGCGACCCCCGAGTGGTCGGCGTCCCAACTTCTTAGAGGGACAAGTGGCGTTCAGCCA

CCCGAGATTGAGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTCCGGGGCTGCACGCGCGCTACACTGACT

GGCTCAGCGTGTGCCTACCCTACGCCGGCAGGCGCGGGTAACCCGTTGAACCCCATTCGTGATGGGGATC

GGGGATTGCAATTATTCCCCATGAACGAGGAATTCCCAGTAAGTGCGGGTCATAAGCTTGCGTTGATTAA

GTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGGATGGTTTAGTGAGGTCCTCGGATCGG

CCCCGCCGGGGTCGGCCCACGGCCCTGGCGGAGCGCTGAGAAGACGGTCGAACTTGACTATCTAGAGGAA

GTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAG

Ćwiczenie 4

1. U człowieka glukozo-6-fosfataza występuje w postaci 3 izoenzymów. Lokalizacja genów kodujących poszczególne izozymy to:

G6PC - Chromosom: 17, Lokalizacja: 17q21

G6PC2 - Chromosom: 2, Lokalizacja: 2q24.3

G6PC3 - Chromosom: 17, Lokalizacja: 17q21.31

OK

2. Geny homologiczne do genów poszczególnych izozymów posidają:

G6PC: pies, krowa, mysz, szczur i danio pręgowany

G6PC2: szympans, pies, krowa, mysz, kurczak

G6PC3: pies, krowa, mysz szczur i danio pręgowany

OK

3. G6PC: 1. Szlak sygnalizacyjny insuliny

2. Metabolizm galaktozy

G6PC2: 1. Metabolizm galaktozy

2. Metabolizm skrobi i sacharozy

G6PC3: 1. Transport glukozy

2. Metabolizm węglowodanów

OK

4. G6PC: NM_000151.2

NP_000142.1

G6PC2: NM_001081686.1

NP_001075155.1

G6PC3: NM_138387.3

NP_612396.1

OK. mam nadzieje, że Pani rozróżnia który jest do mRNA a który do białka

Ćwiczenie 5

1. Genom bakterii ma długość: 4 639 675 nukleotydów. OK

2. W genomie bakterii zidentyfikowano 4145 kodowanych białek. OK

3. W bazie Entrez można znaleźć 21 projektów sekwencjonowania genomów prowadzonych w Polsce.

OK. chociaż brak wyjaśnienia jak do tego Pani doszła - proste przeszukanie bazy „Genome Project” daje 17 wyników

BAZA SEKWENCJI BIAŁKOWYCH: UNIPROT

Ćwiczenie 6

1. Numer dostępu do rekordu to: P13006 OK

2. Numer EC tego enzymu to: EC 1.1.3.4 OK

3. Długość sekwencji aminokwasowej tego białka to: 605 aminokwasów. OK

4. Jest to enzym zewnątrzkomórkowy (secreted). OK

5. Masa cząsteczkowa tego enzymu to: 65 638 Da. OK

6. Numer dostępowy w rekordach GenBank to: J05242. OK.

Poza formatem FASTA praktycznie perfekcyjnie - biorąc pod uwagę brak możliwości korzystania z mojej pomocy stawiam 5, ale format FASTA trzeba zapamiętać - będzie się jeszcze pojawiał!!!

---