biolmol-PCR, far, III rok IV sem, biologia molekularna, notatki


Biologia molekularna 7.05.11

Struktura i działanie

Całe RNA

↙ ↘

RNA kodujący RNA niekodujący

↓ ↙ ↙ ↙ ↓ ↓ ↘

pre- mRNA pre-tRNA pre- rRNA sinRNA snoRNA scRNA inRNA

↓ ↓ ↓ oraz różne inne

mRNA tRNA rRNA

snRNa biorą udział w dojrzewaniu innych cząsteczek RNA, często tworzy kompleksy z białkami (snRNP)

snoRNA- mały jąderkowy, bierze udział w dojrzewaniu innych RNA

tmRNA (transportuje informacje)- przypina etykietki peptydowe do białek nieprawidłowo zsyntetyzowanych, wyznacza je do degradacji

rRNA- rybosomalny (80% całego RNA)

tRNA- transportujący, bierze udział w syntezie

hnRNA- heterogenny, jądrowy

Tylko jedna nić dla danego genu jest transkrybowana (nić sensowna)- kierunek translacji 5'-3', gdy druga nić nonsensowna

Geny są na obu niciach….

Polimeraza RNA I- znajduje się w jąderku, odpowiada za syntezę większości prekursorów rRNA

Polimeraza RNA II- znajduje się w nuklepolazmie, odpowiada za syntezę prekursorów mRNA i niektórych małych jąderkowych RNA

Polimeraza RNA III- znajduje się w nukleoplazmie, odpowiada za syntezę prekursorów 5S rRNA, tRNA i innych małych jąderkowych i cytoplazmatycznych RNA

Polimerazy wiążą się z mniejszym rowkiem, a strukturą rozpoznającą jest β-harmonijka.

Charakterystyczne/…….

Enhancery- wzmacniacze transkrypcji, hiperacetylacja N-końców histonów

Silencery- wyciszacze transkrypcji, deacetylacja N-końców histonów

Metylacja DNA hamuje transkrypcję genów. Metylowana jest cytozyna dzięki metylotransferazie DNA w niektórych sekwencjach 5'CG3' (wyspy CpG)- przykład chromatyny nieaktywnej transkrypcyjnie: ciałko Barra.

CPSF- czynnik specyficzności cięcia i poliadenylacji

CstF- czynnik stymulacji cięcia

PAP- polimeraza Poli(A), polimeraza RNA niezależna od DNA

Geny HOUSEKEEPING- utrzymujące porządek w domu

Elongacja

Czynnik elongacyjny

funkcja

P-TEFb

TFTIS

Przeciwdziałają pauzowaniu polimerazy RNAIII, która może nastąpić wówczas, gdy enzym przeprowadza transkrypcję regionu, gdzie kompatybilne zasady mogą łączyć się ze sobą w obrębie jednej nici

ELL

TFIT

Elongine

Zapobiegają zatrzymywaniu się polimerazy RNA, która następuje wówczas, gdy polimeraza RNA przedwcześnie uwalnia koniec 3' transkrypcyjny, co może być skutkiem pauzowania

TERMINACJA:

Polimeraza I- udział białek typu Reblp/TF-1 i PIRF (czynnik uwalniający polimerazę i transkrypt)

Polimeraza II- ciąg reszt Da np. dla genu 5S reszt (????)

Homeodomena- przykład domeny typu helisa-skrypt- helisa (HTH)

Czynniki transkrypcyjne składają się z domeny wiążącej (rozpoznającej) DNA oraz….

Niektóre czynniki transkrypcyjne mogą tworzyć dimery, mogą powstawać różne rodzaje homodimerów.

Introny mogą ulegać samo wycinaniu- jest to przykład enzymu RNA, czyli rybozymu (introny w rRNA….., w genomie mitochondrialnym i chloroplastowym w pre-mRNA i rRNA)

Rybozym- cząsteczka RNA wykonująca funkcje katalityczne

Splicing

Wycinanie różnych fragmentów i powstają różne efekty końcowe, czyli białka. Umożliwia zaoszczędzenie miejsca w genomie.

AMPLIFIKACJA

Enzymy i białka biorące udział w replikacji:

Synteza DnA rozpoczyna się od starterów RNA

Tm- temperatura w której 50% cząsteczek posiada przyłączone startery

Ta niższa od Tm o 5-10 ͦC

Termostabilne polimerazy DNA są wyszukiwane przez izolację i klonowane. Są również mutanty charakteryzujące się odmiennymi właściwościami, odmiana polimerazy Vent, która nie posiada aktywności egzoimzomerazy 3'-5'

Polimeraza

Aktywność

Źródło

Taq

-

Thermus aquaticus

T1/2 w 95 ͦC - 1,6h

Pfm

+

Pyroceus furiosus

Vent

+

Termo stabilne polimerazy charakteryzują się dużą częstością błędu. Polimerazy nie posiadające egzonukleazy 3'-5' charakteryzują się większym błędem.

PCR- rozwiązywanie problemów metodycznych

Ważne w reakcji PCR:



Wyszukiwarka

Podobne podstrony:
Techniki elektroforetyczne, far, III rok IV sem, biologia molekularna, notatki
Techniki elektroforetyczne 1, far, III rok IV sem, biologia molekularna, notatki
ĆWICZENIE II biol mol, far, III rok IV sem, biologia molekularna, II
pyt biol mol 2, far, III rok IV sem, biologia molekularna, II
biologia molekularna, far, III rok IV sem, biologia molekularna, pytania
Wykład biol mol ze Strzałką 2013, far, III rok IV sem, biologia molekularna, wykłady
kolos ostatni, far, III rok IV sem, biologia molekularna, kolokwia 2015 pytania
I termin 2015 beta wersja, far, III rok IV sem, biologia molekularna, kolokwia 2015 pytania
opisowe, far, III rok IV sem, biologia molekularna, kolokwia 2015 pytania
2015 termin 2, far, III rok IV sem, biologia molekularna, kolokwia 2015 pytania
2015, far, III rok IV sem, mikroby 2015
pytania 2014, far, III rok IV sem, organiczna
PYTANIA DO EGZAMINU Z ZAKRESU KWALIFIKOWANEJ PIERWSZEJ POMOCY, far, III rok IV sem, KPP
farmacja-kwal pierwsza pomoc l, far, III rok IV sem, KPP
w 13 III rok VI sem
kontrola cyklu komorkowego i smierc komorki, BIOLOGIA UJ LATA I-III, ROK II, semestr I, biologia kom

więcej podobnych podstron