Poszukiwanie sekwencji homologicznych w bazach
*
UWAGA !!! Zanim zadasz pytanie sprawdź czy nie znajdziesz na nie odpowiedzi w dziale FAQ (Frequently Asked Questions)
*
Znajdź sekwencję białka phot_bacsu. Poszukaj homologów tego białka algorytmem Smitha-Watermana (użyj programu SSearch dostepnego na stronach EBI, zaakceptuj parametry domyślne). Co to za białka?
*
Poszukaj homologów białka phot_bacsu algorytmem BLAST (dostępny na stronach EBI lub NCBI). Porównaj wyniki z otrzymane z obu algorytmów. Czy listy sekwencji podobnych są takie same? Dlaczego?
*
Znajdź ludzkie sekwencje DNA homologiczne do mysiego genu tRNAPro - M26849 (w serwisie NCBI nie musisz kopiować sekwencji - odpowiedni link będzie dostępny w menu po prawej stronie, kiedy znajdziesz odpowiedni gen). Zastanów sie, który typ programu BLAST użyć. (Zestaw programów BLAST dostępny jest np. na stronach NCBI: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast).
*
Przeszukaj bazę danych opatentowanych sekwencji sekwencją M26849. Jakiego fragmentu tej sekwencji dotyczą znalezione patenty?
*
Znajdź ludzkie sekwencje DNA homologiczna do białka P53551. W tym celu przeszukaj bazę EST właściwym typem programu BLAST.
*
Wybierz dowolne białko z listy podobnych do phot_bacsu (np. piąte/szóste?). Zrób dwa alignmenty: lokalny (algorytm Smith-Waterman) i globalny (algorytm Needleman-Wunsch) dla białka phot_bacsu i wybranej sekwencji. Użyj programów WaterP i NeedleP (korzystając np.z wersji dostępnych w serwisie EBI).
*
Powtórz kilkakrotnie poprzednie zadanie zmieniając macierze podstawień (np. na Blosum 40) oraz kary za przerwy (np. 5:5 , 100:5 itd). “Poeksperymentuj” i porównaj wyniki. Jak wartość kar i typ macierzy wpływa na ostateczne dopasowanie sekwencji?
*
Twój kolega naukowiec badający omułka jadalnego w terenie zadał Ci pytanie: czy w tym organizmie występują jakieś białka homologiczne do genu AY557756, o którym wie że wpływa na upakowanie chromatyny? Co mu odpowiesz (bądź uczynny). Podpowiedź: użyj bazy NR?
*
Znajdź sekwencję drożdżowego histonu H1. Posługując się programem dotlet dostępnym na stronach EXPASY sprawdź, czy w białku tym występują zduplikowane domeny. (www.expasy.ch->Proteomics and sequence analysis tools→Sequence alignment->Dotlet).
* UWAGA !!! W dziale Wiedza możesz sprawdzić jaką wiedzą biologiczną/bioinformatyczną powinieneś dysponować po dobrze zrozumianym wykładzie i ćwiczeniu z danego zakresu.