Ze względu na sposób prowadzenia analiz farmakoekonomicznych możemy mieć do czynienia z dwoma ich rodzajami — analizami prospektywnymi i retrospektywnymi.
Analizy prospektywne polegają na zbieraniu danych kliniczno-ekonomicznych w czasie rzeczywistym; informacje ewidencjonowane są w momencie zaistnienia określonego wydarzenia, pojawienia się efektu zastosowania odpowiedniej procedury leczniczej oraz poniesienia określonego kosztu.
W badaniach retrospektywnych wykorzystywane są już istniejące dane. Dane te pochodzą z przeprowadzonych wcześniej badań klinicznych oraz opracowań kosztowo - ekonomicznych.