Z punktu widzenia zastosowania praktycznego, farmakoekonomika jest częścią ekonomiki zdrowia stawiającą sobie za cel optymalizację farmakoterapii czyli dążenie do racjonalnego i oszczędnego gospodarowania lekami.
Według Michaela Drummonda, profesora ekonomiki zdrowia na Uniwersytecie w Yorku (Wielka Brytania), cel badania farmakoekonomicznego sprowadza się do analizy korzyści leczenia w stosunku do poniesionych kosztów przy założeniu ograniczoności dostępnych zasobów.