W uproszczeniu można wyróżnić trzy szkoły systematyki:
Systematyka genealogiczna opiera się na przystosowaniu. Opiera się na czterech podstawowych kryteriach: nieciągłości morfologicznej, niszy przystosowawczej, bogactwa gatunkowego i monofiletyzmu (w szerszym znaczeniu).
Systematyka fenetyczna (numeryczna) zakłada, że nie można poznać filogenezy i grupuje taksony posiadające najwięcej wspólnych cech, podobnie jak najstarsze systemy poczynając od Arystotelesa.
Systematyka filogenetyczna tworzy taksony będące kładami tj. grupy organizmów mające wspólnego przodka