1. Zawężenie różnorodności genetycznej,
2. Pomyłki źle oznakowanego nasienia i utrata tą drogą czystości ras,
3. Obniżenie płodności klaczy po inseminacji nasieniem mrożonym.
4. The Jockey Club - Towarzystwo Hodowców Koni Pełnej Krwi Angielskiej - nie wyraża zgody na wpis do ksiąg źrebiąt urodzonych w wyniku inseminacji.