Mechanizm nności somaklonalnej nie jest jeszcze w pełni wyjaśniony
Zmienność ta jest sumą zjawisk genetycznych, takich jak:
r- mutacje genomu jądrowego i plazmatycznego powstające pod wpływem kultury
> zmiany będące skutkiem stresu:
> (np. zwiększenie ampiifikacji genów, uaktywnienie transpozonów, metylacja DNA, zmiany metaboliczne w komórkach szlaku płciowego)
> zmiany wywołane procesem odróżnicowania komórek