W żywym ustroju przewód pokarmowy jest głównym siedliskiem drobnoustrojów. Znajdują one tam dobre warunki rozwoju: obfitość pokarmu, wilgotność, temperaturę (u zwierząt stałocieplnych 36-40°C). Różnica jakościowa i ilościowa mikroflory przewodu pokarmowego zależy od samych zwierząt, które możemy podzielić według budowy przewodu pokarmowego i sposobu żywienia na: wszystkożerne, trawożeme, przeżuwacze i nieprzeżu-wające.
Mikroflora przewodu pokarmowego zwierząt jest dość zróżnicowana, co ma związek z rodzajem przyjmowanego pokarmu, z długością przewodu pokarmowego, z jego pH i zespołem enzymów trawiennych. Przewód pokarmowy noworodka, niezależnie od tego, do której grupy go zaliczamy, jest jałowy. Z pierwszym oddechem i pokarmem przenikają do niego drobnoustroje. Dalszy ich rozwój i skład w różnych odcinkach przewodu pokarmowego zmieniają się w zależności od sposobu odżywiania. W związku z rodzajem pobieranego pokarmu przez oseska, składającym się głównie z mleka, w mikroflorze przewodu pokarmowego ssaków dominują bakterie kwasolubne. W odcinkach przewodu pokarmowego o odczynie kwaśnym spotyka się też bakterie Gram-dodatnie oraz Escherichia coli. W odcinkach jelita o odczynie obojętnym dominują drobnoustroje alkalifilne (proteolityczne) i Escherichia coli. Do mikroflory jelita grubego należą: Escherichia coli, Proteus uulgaris, Ba-cillus subtilis, ziarniaki i drożdże. Oprócz bakterii tlenowych, występują również beztlenowe, np. Clostridium perfringens, Bacteroides.
Zwierzęta gospodarskie rodzą się w zasadzie z jałowym przewodem pokarmowym, ale już po upływie 3 h stwierdza się zasiedlanie w nim względnie beztlenowych, a później beztlenowych bakterii. Po narodzeniu u cieląt stopniowo rozwijają się przedżołądki, a równocześnie z nimi rozwija się flora żwaczowa przekazywana od matek. Cielę i jagnię to zwierzęta z przewodem pokarmowym podobnym do przewodu zwierząt wszystkożernych (u których dominują Lactobacillus sp., Escherichia coli, enterokoki,
180