Główną drogą usuwania jonu amonowego jest synteza mocznika przebiegająca w wątrobie. Wszystkie wady cyklu mocznikowego prowadzą do zwiększenia stężenia NH4+ we krwi (hiperamonemia). Konsekwencją są uszkodzenia mózgu (obrzęk) spowodowane najprawdopodobniej zwiększonym poziomem glutaminy powstającej glutaminianu:
NH,
ADP
Pi
ATP
Glutaminę
synthetase
Mocznik nie jest jedynym sposobem usuwania nadmiaru azotu.
Organizmy amonioteliczne (kręgowce i bezkręgowce) usuwają azot w postaci jonu amonowego rozcieńczonego w środowisku wodnym.
Organizmy urykoteliczne (np. ptaki) wydalają azot w postaci kwasu moczowego.