Czynniki transkrypcyjne mogą na 3 różne sposoby aktywować inicjację:
• A) niektóre czynniki transkrypcyjne wiążą się z sekwencjami sąsiadującymi z promotorem podstawowym i bezpośrednio oddziałują z kompleksem preinicjacyjnym;
• B) część czynników współdziała z koaktywatorem lub mediatorem, które pośredniczą w oddziaływaniach tego czynnika transkrypcyjnego z kompleksem preinicjacyjnym;
• C) niektóre rodzaje oddziaływań wymagają zagięcia DNA.