Skutecznie niszczą bakterie i wirusy zawarte w wodzie. Źródłem ultradźwięków może być piezoelektryczny generator kwarcowy zasilany prądem zmiennym lub generator elektromagnetyczny.
Skuteczność dezynfekcji ultradźwiękami zależy od natężenia dźwięku, częstotliwości, czasu działania ultradźwięków oraz rodzaju i liczby niszczonych mikroorganizmów.
W badaniach laboratoryjnych wymagany czas działania ultradźwięków wyniósł 15 minut ((Escherichia coli), a efekt niższy niż przy stosowaniu chloru. Dobry efekt uzyskuje się łącząc dezynfekcję chlorem z dezynfekcją ultradźwiękami.