Chlorowanie jest najtańszym i najbardziej popularnym sposobem dezynfekcji. Bakterie niszczy się działając na wodę związkami chloru lub czystym chlorem gazowym. Powstają przy tym podchloryny - jako czynny związek w odkażaniu wody Najbardziej popularnym środkiem stosowanym do dezynfekcji jest roztwór podchlorynu sodu-NaOCI. Dawka chloru powinna być dobierana odpowiednio do jakości wody.