Podział enzymów zaproponowała w 1961 roku Komisja Enzymowa Międzynarodowej Unii Biochemicznej, a podstawą klasyfikacji stał się rodzaj katalizowanej reakcji.
Wyróżniono sześć klas enzymów.
1. Oksydoreduktazy (przenoszenie elektronów)
2. Transferazy (przenoszenie grup funkcyjnych)
3. Hydrolazy (reakcje hydrolizy)
4. Liazy (rozszczepianie wiazań)
5 Izomerazy (przenoszenie grup w obrębie cząsteczki)
6. Ligazy (tworzenie wiazań)