Wiadomo również, że procesy biodegradacji są także uzależnione od obecności w środowisku innych łatwiej dostępnych substratów pokarmowych. Zauważono iż użyźnianie gleby w miejscu jej skażenia przyśpiesza adaptację mikroorganizmów do wykorzystania ksenobiotyku jako źródła węgla.
Degradacja złożonych związków aromatycznych w warunkach tlenowych przebiega w dwóch etapach. W pierwszym następuje przekształcenie podstawników, łańcuchów bocznych lub całych pierścieni aromatycznych. W drugim następuje przekształcenie pojedynczego pierścienia aromatycznego. Przekształcenie fenoli polega na wbudowaniu atomu tlenu do wiązania C-H pierścienia i Przykładem związków będących głównie zanieczyszczeniami trwałymi są metale ciężkie. Kumulują się one w osadach dennych i glebie, wchodzą w szeregi troficzne wywołują groźne skutki w biocenozie i dla zdrowia ludzkiego. Metale w postaci czystych pierwiastków raczej nie wywierają działania trującego na organizm, ponieważ są praktycznie nierozpuszczalne. Jedynie ich pary mogą wnikać do organizmu człowieka przez drogi oddechowe i skórę i dlatego łatwo parująca rtęć metaliczna jest trucizną. Najsilniejsze właściwości toksyczne mają nieorganiczne związki metali, łatwo rozpuszczalne i silnie dysocjujące, ponieważ dzięki temu łatwo przenikają przez błony komórkowe. Metale ciężkie w glebie występują na ogół w formie nierozpuszczalną. Mogą jednak ulegać różnym przemianom, na skutek czego formy mało aktywne i trudno dostępne przechodzą w formy rozpuszczalne, aktywne i ujemnie oddziałujące na rośliny i drobnoustroje glebowe, a za ich pośrednictwem na zwierzęta i człowiekawbudowania jedną grupy hydroksylowej do substratu. Drugi atom tlenu atmosferycznego redukowany jest do cząsteczki wody. Proces ten przeprowadzają enzymy należące do monooksygenaz z grupy hydrolaz. W ten sposób szereg złożonych związków aromatycznych ulega przetworzeniu do pośredniego metabolitu kluczowego -pirokatechiny (ryc. 1).
CHOH COOH
Naftalen
■ni^datoM^
Antracen
Knaft
b#n»oe
Kwas solicijlowy
ł
F*nol
PirOkotecliiaOr
Ryc. 1 Pirokatechina - kluczowy metabolit degradacji wieki zw^kftw aromatycznych