Młodziejowskiego okazałego pałacu w Warszawie w miejsce do. tychczasowego dworu. Skrupulatnie zebrane przez ks. Józefa Nowackiego dane z akt kapitulnych pokazują, że proces przerabiania, odbudowywania i remontowania trwał właściwie nieprzerwanie. Jednym z głównych zadań kapituły było apelowanie do przebywających zazwyczaj w Warszawie biskupów o wywiązy. wanie się z obowiązku finansowania przypadającej na nich części prac przy katedrze.
Poważne uszkodzenia hełmów wież zachodnich, dopiero co ukończonych, spowodowała gwałtowna wichura w czerwcu 1725 roku. Runął też szczyt zachodni oraz poważnie uszkodzone zostały dachy. Projekt przebudowy fasady zachodniej pokazuje miedzioryt W. Bussego, opublikowany przez J. Łukaszewicza (Obraz historyczno-statystyczny miasta Poznania, t. II, Poznań 1838). W projekcie tym wprowadzono nowe hełmy oraz częściową barokizację części środkowej. Wieże z potężnymi skarpami zachowały swój gotycki charakter. Na widoku Poznania z ok. 1740 roku wykonanym przez F. B. Wernera, widać, że barokowej przebudowie poddano także trzony wież. Miedzioryt W. Bussego jest warty przypomnienia także dlatego, że po roku 1945 - w wyniku zawziętych dyskusji nad sposobem zakończenia wież zachodnich - powtórzono formę hełmów z tego właśnie projektu, nadając im jednak smuklejsze proporcje.
W 1736 roku woda z wielkiej powodzi wtargnęła do katedry, podchodząc aż pod ołtarz główny. Stan katedry stale się pogarszał. W roku 1755 nabożeństwa przeniesiono do kościoła NMPan-ny, by prowadzić prace we wnętrzu katedry. 16 lutego 1756 roku zawarto umowę z rzeźbiarzem Józefem Kaitzem na prace przy stallach, ambonie i nowych lożach nad stallami. W umowie zawarty jest ważny dla nas szczegół o przeniesieniu ambony, która stała dotąd przy ołtarzu głównym, w połowę długości stall, w miejsce zaś ambony miał być przeniesiony tron biskupi. Do tego czasu tron biskupi stał na linii łuku tęczowego, pod krucyfiksem na belce tęczowej. Dotychczasowy sposób uporządkowania chóru trwał od czasów średniowiecza. To miejsce tronu
biskupiego uzasadnione było przede wszystkim wtedy, gdy nawa od chóru oddzielona była przez architektoniczne lektorium i tworzyła się wtedy w chórze przestrzeń typu kaplicowego. Zniesienie lektorium, zapewne po soborze trydenckim, nie od razu zaowocowało zmianami w sposobie użytkowania chóru, które by były zgodne z zasadami nowej, posoborowej liturgii. Przez przeniesienie tronu biskupiego w miejsce przy ołtarzu głównym dokonało się pełne otwarcie widoku z nawy na chór. Dopiero więc w roku 1756 odstąpiono od miejscowej średniowiecznej tradycji na rzecz już nie tak nowych posoborowych zasad. Dodatkowo rzeźbiarz ozdobić miał szczególnie dwie loże królewskie. Pośród zleconych mu prac mowa też jest o ozdobieniu arkad empory po stronie południowej przeznaczonej dla kapeli, którą możemy traktować jako zespół śpiewaczy bądź też orkiestrę. W 1762 roku, po ukończeniu remontu wnętrza, powrócono z nabożeństwami do katedry.
Remont katedry wiązał się też z wymianą wyposażenia. Stare ołtarze i ławy przekazano do kościołów, nad którymi kapituła sprawowała patronat, niektóre sprzedano, inne podarowano. Stąd bierze się brak średniowiecznego, poza nagrobkami, wyposażenia katedry. Podobne straty poniósł skarbiec katedry; przy ciągłych brakach finansowych sprzedawano często drogocenne klejnoty, złote kielichy czy też krzyże dla poratowania kasy fabryki katedralnej.
Wyremontowaną i świeżo wyposażoną katedrę strawił w roku 1772 kolejny pożar. Tym razem ogień pojawił się na dachach części wschodniej, silny wiatr przeniósł go także na dach nad nawą. W ogniu stopiły się mniejsze dzwony zawieszone w wieżach zachodnich, największy zaś przebił się — spadając — przez wszystkie kondygnacje, i rozbił się na posadzce skarbca na kilka części. Spłonęły organy oraz całe wyposażenie chóru z ołtarzem głównym i stallami. Tak stan kościoła opisał Franciszek Grochowski, penitencjarz katedralny, proboszcz kolegiaty NMPan-ny:,Zgoła tę najwspanialszą w tym kraju bazylikę [ogień] z najusilniejszych ogołociwszy ozdób same tylko mury zakopcone
87