Kolejnymi dokumentami występującymi na budowie są protokoły
Harmonogram realizacji budowy ma charakter etapowy. W ramach każdego etapu wykonywane są określone zadania. Po zakończeniu każdego z nich następuje odbiór zrealizowanego zadania. Sporządzany jest wtedy protokół odbioru tego zadania.
Po zrealizowaniu całej inwestycji sporządzany jest protokół końcowy. W dokumentach tych powinny być zawarte wszystkie informacje związane ze zrealizowaną inwestycją, ewentualne uchybienia i niedociągnięcia. Zapisy te później mogą być podstawą do określenia roszczeń ze strony inwestora.
Protokoły odbiorów częściowych są także podstawą do rozliczeń między inwestorem a wykonawcą za zrealizowanie poszczególnych zadań.