• Specyficzność działania (dany preparat lub roślinożerca zwalcza zazwyczaj tylko 1 gatunek chwastu)
• Skuteczność mykoherbicydów często zależy od warunków środowiska i szczepu patogena
• Zazwyczaj dłuższy czas oczekiwania na efekty niż przy metodzie chemicznej
• Element uzupełniający zintegrowaną walkę z chwastami
• Zwykle mniej szkodliwe dla środowiska niż chemiczne zwalczanie chwastów