Untitled 7

Untitled 7



I.

I

r

przypadkiem markerów STS są specyficzne znaczniki ekspresji (EST). Reprezentują one znaną, unikatową sekwencję klonu cDNA, amplifikowaną dzięki starannie dobranym sekwencjom starterów. Posługiwanie się markerami EST daje pewność identyfikowania sekwencji kodującej jednego genu. Aby marker EST mógł spełniać to zadanie wobec matrycy stanowiącej genomowy DNA, miejsca hybrydyzacji starterów powinny znajdować się w obrębie eksonu.

Klasyczne markery STS wykazują na ogół niski stopień polimorfizmu, nie pozwalając na wykrycie różnic między sekwencjami allelicznymi ze względu na brak zróżnicowania długości amplifikowanych fragmentów. Pewną ozansę na detekcję form allelicznych daje rozdział produktów PCR metodami DGGE, SSCP lub ich trawienie enzymem restrykcyjnym (metoda PCR-RFLP). Sekwencje przerywników rozdzielających geny rRNA oraz sekwencje między genami tRNA są wykorzystywane t w badaniach filogenetycznych ze względu na polimorfizm ich długości, obserwowanv często tylko w relacjach międzygatunkowych. Polimorfizm ten jest wykrywany markerami STS, z użyciem starterów komplementarnych do znanych i konserwatywnych sekwencji genów kodujących rRNA lub tRNA.

proste sekwencje powtarzalne (SSR)

Genomy roślin wyższych charakteryzuje obecność licznych sekwencji powtórzeń tandemowych, wśród których szczególnie przydatne w projektach mapowania genomów są mikrosatelity, składające się z wielokrotnie powtórzonych krótkich i-5 pz) sekwencji typu (AT)n, (A)n(T)n, (AG)n(CT)„, (GAA)„, (GACA)n itp. (ikrosatelity rozlokowane są równomiernie w dużej liczbie na wszystkich łiromosomach, wykazując silny polimorfizm pod względem długości, warun-owany różną liczbą powtórzeń sekwencji podstawowej. Każdy odcinek mikro-telitarny jest oflankowany unikatowymi sekwencjami, które można wykorzys-do projektowania specyficznych starterów. Amplifikowane sekwencje rosatelitarne tworzą grupę markerów określaną jako proste sekwencje rzalne (SSR), krótkie tandemowe powtórzenia (STR) lub STS (rys. 8.2.2). wstępna opracowania markerów SSR zakłada przeszukiwanie biblioteki omowej DNA z użyciem sond zawierających sekwencję mikrosatelitamą. Po

sekwencja L unikatowa flankująca DNA mikrosatelitamy


ACACA(CA) CACAC, GTGTGT(GT) GTGTGT

<-sekwencja-+■


mikrosatelilama


1


5'

sekwencja P unikatowa flankująca DNA mikrosatelitamy


PCR z użyciem starterów 20-24-nukleotydowych, komplementarnych do sekwencji flankujących


Mir


3 CACACA(CA) CACACAgg

GTGTGT(GT) GTGTGT i

Rys. 8.2.2. Istota-metody otrzymywania markerów SSR

4P1


Wyszukiwarka

Podobne podstrony:
36209 SNC00573 Bezpieczniki są specyficznym łączeniowym aparatem elektroenergetycznym. Pozwalają one
skanuj0057 (26) I Chorzy z bólem przewlekłym mogą w wielu przypadkach przy kriBennym stosowaniu TENS
skanuj0057 (26) I Chorzy z bólem przewlekłym mogą w wielu przypadkach przy kriBennym stosowaniu TENS
SNB13860 s są specyficzne układy (instytucje) opiekuńcze — a jak się dalej okaże, także niektóre ich
IMG 05 (8) 1379 M, iRKMKKA Nnifii^ hihfiriiw terapia dysleksji twiN# nu te nazwane są specyficzną s
V Badania przesiewowe w kierunku chorób nowotworowych >    znane markery nowotworo
201411190515 ■    Są specyficznym towarem, bowiem kupuje się je mc dla nich sam
CJRANJA 9 Wahania te są dosyć znaczne. Widzialny środek tarczy Księżyca przesuwa się względem swego

więcej podobnych podstron