1} reakcja POR - powielenie badanego fragmentu DNA
2) denaturacja dsDNA (wysoka temp.) - powstają ssDNA
3) renaturacja ssDNA - łączenie ssDNA w homo-i/lub heterodupleksy
4) elektroforeza dupleksów w żelu poliakrylamidowym
5) wykrywanie dupleksów w żelu (np. wybarwienie bromkiem etydyny)