DSC01256 (9)

Bioinformatyka - laboratorium II HU ki_Ł ,

HU kierunek - Biotechnologia

Laboratorium nr 5.

Temat: Zintegrowany system wyszukiwania sekwencji.

Cel ćwiczenia:

Wykorzystanie programu CLC Sequence Viewcr do prezentacji, przetwarzania, dopasowania i tranformacji sekwencji białkowych oraz generowania drzew filogenetycznych dla wybranych sekwencji.

k Zakres materiału do samodzielnego przygotowania

I Metody identyfikacji i lokalizacji sekwencji kodujących w genomie I Kryteria oszacowania podobieństwa porównywanych sekwencji f Konstruowanie drzew filogenetycznych

Znajomość funkcji oferowanych przez program CLC Sequence Viewer

Zadania dn samodzielnego wykonania w ramach zaiec w laboratorium Wykorzystać program CLC Sequence Viewer do realizacji następujących zadań.

1.    Prezentacja sekwencji

2.    Import danych z bazy zewnętrznej NTI data

3.    Dopasowanie sekwencji białkowych

4 Przeszukiwanie bazy GenBank z pamiętaniem wybranych danych 5. Dopasowywanie sekwencji DNA dla protein 6 Budowa i optymalizacja drzew filogenowych 7. Znajdywanie (rozpoznawanie) miejsc restrykcji sekwencji DNA 8..Transkrypcja sekwencji DNA na cząsteczkę RN A i RNA na DNA

09-06-09,18:41

Ad. 1. Prezentacja sekwencji Zad. U

Z folderu CLC_Data / podkatalogu Example Data wybrać przykładowe sekwencje i przedsta je we wszystkich możliwych formach prezenrtacji: również w formacie zoom i na wykn kołowym.