Biorąc pod uwagę unikatowy charakter wirusów, powstaje pytanie:
Od wielu lat dyskutuje się nad 2 teoriami:
1. Wirusy są zdegenerowanyml bakteriami, która utraciły większość ich funkcji komórkowych;
2. Wirusy są „zbiegłymi" eukariotycznymi genami, tj. kwasami nukleinowymi, które nabyty umiejętności przetrwanie poza środowiskiem komórki.