Ponieważ szczepionki inaktywowane produkowane są najczęściej z wirusów silnie chorobotwórczych, inaktywacja musi być bardzo dokładna, tak by nie pozostawały żadne cząstki żywe.
Odpowiedź immunologiczna w wyniku stosowania szczepionek Inaktywowanych Jest krótkotrwała i należy stosować dawki przypominające szczepionki (dawki booster). Dawki mogą wywołać stan nadwrażliwości na obce białko.
Po podaniu niektórych szczepionek in aktywowanych stan nadwrażliwości nawirus dziki - terenowy.