Mechanizmy prowadzące do zaniku kosmków jelitowych:
* Apoptoza enterocytów wywoływana przez gliadynę bądź pośrednio przez jjktywne limfocyty T CD4
• Zwiększone wytwarzanie wolnych rodników
■ Zwiększona aktywność metaloproteinaz
■ Zaburzenie równowagi między proliferacją i różnicowaniem się komórek kosmków jelitowych
Geny predysponujące do rozwoju celiakii nie został poznane. Pośrednio w aktywacji choroby uczestniczą allele HLA klasy II.