Wartości referencyjne to wzorcowe wartości ocen za poszczególne kryteria, które powinny charakteryzować podmioty o kategorii A, B+, B lub C. Zostaną przygotowane przez Komisję Ewaluacji Nauki, a zatwierdzać je będzie minister. Podmioty z kategorią A+ będą wyłaniane spośród tych z kategorią A - wybór ostateczny poprzedzi ocena ekspercka.