Konie trojańskie i bomby logiczne ze względu na sposób działania są trudne do wykrycia, gdyż właściwy, destrukcyjny kod może być umieszczony w dowolnym miejscu programu i trudno go odnaleźć. Niekiedy jest to wręcz niemożliwe. Z pomocą przychodzi tu technika heurystyczna. Polega ona na wykrywaniu potencjalnych agresorów na podstawie charakterystycznych sekwencji kodu. Programy poszukujące koni trojańskich w podejrzanych plikach najczęściej szukają w nich instrukcji wywołań przerwań programowych. Są to przerwania 13h lub 26h, używane do odczytywania i zapisywania sektorów. Ze względu na swe działanie, przerwania te występują bardzo rzadko w typowym oprogramowaniu użytkowym, gdyż normalne programy nie korzystają z bezpośrednich operacji zapisu na sektorach. Potencjalnymi końmi trojańskimi są także najnowsze wersje typowych i często używanych programów użytkowych, programów kompresujących czy nawet antywirusowych, zatem należy się z nimi obchodzić bardzo ostrożnie i przed uruchomieniem ich wypada je przeskanować. Dobrym rozwiązaniem, pozwalającym uchronić się przed większością koni trojańskich i bomb, może być zainstalowanie monitora antywirusowego. Konie trojańskie są zwykle pisane przez początkujących programistów, którzy do przeprowadzania destrukcji używają przerwań programowych, a te mogą być łatwo przechwytywane i kontrolowane przez monitor.