28179

b)    podać wartości estymatorów efektów SNP,

c)    wykonać wykres efektów SNP,

d)    podać numer markera mającego najlepszy i najgorszy wpływ na analizowaną cechę,

e)    jaki średni wpływ miały wszystkie markery na badaną cechę?

f)    obliczyć prognozę wartości fenotypowych dla danych z pliku genotypy_test oraz oszacowanych efektów stałych,

g)    na jednym wykresie przedstawić wartości rzeczywiste i prognozy wartości fenotypowych,

h)    obliczyć korelacje pomiędzy wartościami rzeczywistymi i prognozami wartości fenotypowych,

i)    wykonać wykres zależności prognoz od wartości fenotypowych,

j)    obliczyć reszty modelu,

k)    wykonać wykresy reszt modelu,

l)    sprawdzić normalność reszt modelu.

2. Zbudować model mieszany

y = Xb + Za + e

gdzie:

•    y jest ;ix 1- wymiarowym wektorem obserwacji (fenotypów), n jest liczbą obserwacji,

•    b jest px 1- wymiarowym wektorem efektów stałych, p jest liczbą poziomów efektów stałych,

•    a jest <yxl -wymiarowym wektorem efektów losowych, q jest liczbą poziomów efektów losowych,

•    e jest /ix I - wymiarowym wektorem składników losowych modelu,

•    X jest nxp -wymiarową macierzą wystąpień efektów stałych,

•    Z jest /i x q -wymiarową macierzą wystąpień efektów losowych.

Aby uzyskać oszacowania efektów stałych i losowych, należy rozwiązać następujące równania modelu mieszanego:

XX

xz

r*-i

E

- A-

XX

X'Z

-i

_ _

zx

ZZ + A'

y i

n -1 _i

-

b a

=

Z'X

ZZ + A '

aa 1_

X'y Z'y

Za efekty stałe należy przyjąć płeć osobnika i stado, do którego należy. Efektami losowymi zaś mają być wartości hodowlane poszczególnych osobników. Wartości wariancji genetycznej oraz wartości błędu wynoszą odpowiednio 35 oraz 15. Należy ustalić ilość efektów stałych i losowych oraz ilość poziomów tych efektów, utworzyć macierze wystąpień, utworzyć macierz spokrewnień, zbudować i rozwiązać równania modelu mieszanego. Następnie: