107887

Wniosek: Inicjacja spontanicznych mutacji punktowych może zachodzić za pomocą uprotonowanych bądź zdeprotonowanych zasad - mogą one utworzyć pary normalnie niekomplementame.

pK protonacji i dysocjacji jest rzędu 3 jednostek powyżej lub poniżej pH fizjologicznego (7,24). Z prawdopodobieństwem 10^A-3 istnieje możliwość miejscowego występowania tych zasad w formach uprotonowanych lub zdysocjowanych, a to odpowiada częstości mutacji puntkowych (10^A-3 -10^-4)

Polimeraza może rozpoznać źle sparowany nukleotyd, cofa się i wycina, wstawia nowy.

Badanie iybozydu-5-metylo-2-fluorotohienu - żadnej możliwości parowania za pomocą wiązań wodorowych, ale polimeraza DNA wyraźnie preferuje wstawianie tego naprzeciw adeniny, traktuje jako analog tyminy. Wydajność niższa niż wstawianie T, ale wyraźnie wyższa niż włączanie tego związku naprzeciw innej zasady niż A. Inicjacja mutacji punktowej nie wynika ani z tautomerii zasad, ani możliwości ich uprotonowania, ale po prostu z niedoskonałości układa Układ co jakiś czas myli się. Co prawda energia takiej pary jest wyższa niż przy komplementacji, ale prawdopodobieństwo jej utworzenia występuje, nie jest zerowe, jego wartość zależy od różnicy energii tych parowań, ta energia szacuje się na 15 kJ/mol - prawdopodobieństwo 10^A-3 - 10^A-4 - takie samo jak prawdopodobieństwo wystąpienia mutacji punktowej (oczywiście bez uwzględniania systemów naprawczych). Układ pracuje ze skończoną dokładnością.

Zasady - chromofory - absorbują promienie elektromagnetyczne w zakresie bliskiego U V. Molowy współczynnik ekstynkcji około 10M - dobra metoda identyfikacji i oznaczania kwasów nukleinowych - maksimum przy 260 nm.

Konformacją zasady

syn i anti - obrót wokół wiązania glikozydowego

szybkość przejścia 10^9

syn - od -90 do +90 stopni kąt chi

anti - od +90 do 270 stopni kąt clii - co daje pełny zakres 360 stopni

Nukleotydy i nukleozydy występują w różnych konformacjach syn lub anti w roztworze.

Pierścień cukrowy nie ma konfiguracji płaskiej:

1)    konfiguracja typu kopertowego - jeden atom spośród wszystkich wychylony w górę lub dół

2)    typu twistowego - dwa atomy sąsiednie - jeden w górę, drugi w dół

3)    wszystkie konfiguracje między kopertową a twistową są realizowalne

Model pseudorotacji

C3-endo(N), C2-endo(S) - te konfiguracje preferuje ryboza w nukleotydach

Na pełną konfigurację cząsteczkową składają się wszystkie kąty między atomami -nukleotydy mają około 12 konfiguracji zakładając ze fosforan ma jedną konfigurację.

25kJ/mol same ruchy cieplne powodują przechodzenie wciąż jednej w drugą konfigurację