107889

równoważne. Otoczenia chemiczne nie są takie same. Konformacje G i C w strukturze Z DNA są wyraźnie inne. Usunięcie nadmiaru soli spowoduje powrót do typu B.

Inne struktury II rzędowe

M DNA; w pH ok. 8; jeśli do roztworu B DNA dodamy cynku albo kobaltu (dwudodatnie) wtedy niektóre protony wiązań wodorowych mogą zostać podmienione przez jony metali. Utworzy się struktura dość podobna do B DNA, ale o ciekawych właściwościach - zachowuje się jak przewodzący drut molekularny. Płynie po nim prąd elektronowy.

P DNA; zaproponowana przez Paulinga; łańcuchy fosfocukrowe nawinięte jeden na drugi i schodzą do środka, zasady wychodzą na zew. Osiągana przez manipulację na pojedynczej cząsteczce DNA. Jeżeli cząsteczka DNA w kropli roztworu ma dodatnią superskrętność, to jeżeli jeden koniec cząsteczki DNA plazmidowego przyczepimy do szklanej powierzchni, a na drugim końcu zamocujemy magnetyczny metalowy paciorek, to można magnesem ciągnąc i kręcąc dokonywać rozciągnięć. Metoda manipulacja za pomocą szczypców magnetycznych. Rozciągnięcie i kręcenie o odpowiedniej sile (0,3 pikoniutona) powoduje przejście ze struktury B do P. Jest ona dłuższa o ok. 75%, ok. 2,6 zasady na jeden skręt helisy.

Podobno taka struktura może się tworzyć In vivo w fagu PF1.

A więc struktura heliakalna jest plastyczna

Modelowanie molekularne

Starano się zaprojektować strukturę DNA o większej stabilności. Zaprojektowano 2 typy zasad: XT i XA (detoksy) - dodatkowy pierścień benzylowy. Jeżeli takie powiększone nukleotydy wprowadzi się do sekwencji DNA, to powoduje to destabilizacje helisy. Jeżeli jednak naprzemiennie jedna nić będzie zawierała zasadę powiększoną, a druga nić będzie normalna, to taka helisa jest stabilniejsza - X DNA

Jeżeli do monotonicznego fragmentu poli-dA i poliT dodamy jonów Mg²’, to z dwóch helis podwójnych można otrzymać helisę potrójna (triplex) i pojedynczą nić -> poliTA x poliT + jedna swobodna nić poli-dA.

To samo obserwujemy dla poli-dG i poli-dC pod wpływem Mg²'.

Możliwe wszelkie kombinacje rybo i deoksyrybo, nici mogą być mieszane.

Przy pH obniżonym do 5-6, obserwujemy struktury innego typu: nici poli-dG, poli-dC, mogą

się przekształcić w poli-dC’ (dodatnio naładowana cytozyna) i poli-dG x poli-dG

Dla nici poli-dA i poli-T + poli-dC i poli-dG, otrzymujemy poli-dA’, poli-dC x poli-dG +

poli-T.

Takie przejście dotyczą struktur typu homopurynowego, homopirmidynowego, ale nie tylko. Tworzenie nici potrójnej jest ważnym momentem przy wymienia fragmentu nici DNA w rekombinacji. Odbywa się to z udziałem białek i dotyczy dowolnych sekwencji.

Slajd: podwójna nic helikalna, a w dużą bruzdę wchodzi trzecia nić poli-N. Wszystkie 3 nici są równoważne i nieodróżnialne. Trzecia nić tworzy układ wiązań wodorowych typu hooks-in (???)

Możliwe jest oddysocjowanie jednej z nici normalnej helisy i zostaje tylko parowanie typu hooks-in.

Wiązania wodorowe typu Hooksina są silnymi wiązaniami wodorowymi, odległość donor-akceptor nie przekracza 3A, kąty donor-proton proton-akceptor nie odbiegają od 180st. Wiązani liniowe nie odbiegające od liniowości więcej niż o 20 st.

Struktury tetraplex: