• Kolejnym istotnym zagrożeniem dla stabilności i bezpieczeństwa na Bałkanach są sprawy religijne. Podobnie jak narodowość, religia również stała się na półwyspie kwestią polityczną, nawet jeśli wydawało się. że w okresie socjalizmu miała ona niewielki znaczenie. Z jednej strony pojawiły się aspiracje mniejszości religijnych, z drugiej zaś - religijny fundamentalizm islamski, jednak także oba odłamy chrześcijaństwa - prawosławie i katolicyzm - okazały się zaskakująco podatne na wpływ tendencji radykalnych. Czynnik religijny, w połączeniu z narodowym, jest najbardziej konfliktogennym elementem na Bałkanach.
Główne obszary niestabilności na Bałkanach
• Porozumienie pokojowe z Dayton - parafowane 21 listopada, podpisane w Paryżu 14 grudnia 1995 roku - zespół regulacji, na mocy których podtrzymano jedność terytorialną Bośni i Hercegowiny, wprowadzając wewnętrzny podział na Republikę Serbską oraz Federację Bośni i Hercegowiny (część muzułmańsko - chorwacka). Każda z jednostek otrzymała szeroką autonomię z własnymi władzami. Utworzono jednak wspólny rząd i parlament oraz kolegialne, trzyosobowe prezydium złożone z przedstawicieli każdego z narodów. Bośnia pozostała jednak quasi - protektoratem nadzorowanym przez społeczność międzynarodową, której Wysoki Przedstawiciel, stale rezydujący w Sarajewie, uzyskał wpływ na decyzje bośniackich władz, jako gwarancja ich zgodności z duchem pojednania. Porozumienie pokojowe formalnie zakończyło wieloletnia wojnę w Bośni i Hercegowinie. Nie rozwiązało jednak wszystkich problemów tego kraju, a przede wszystkim nie zmusiło jego zwaśnionych mieszkańców do bezkonfliktowego współistnienia.
• W dniu 10 czerwca 1999 roku Rada Bezpieczeństwa Narodów Zjednoczonych uchwaliła Rezolucję 1244. która m. in. określała status Kosowa po zakończeniu działań wojennych. Stwierdzono przede wszystkim, że: 1) FR Jugosławii musi zaprzestać w Kosowie wszelkich represji i natychmiast wycofać swoje jednostki wojskowe, policyjne i paramilitarne z prowincji oraz umożliwić powrót prześladowanej ludności; 2) po wycofaniu oddziałów serbskich do prowincji powinna wejść administracja międzynarodowa pod auspicjami ONZ. na czele której stanie Specjalny Przedstawiciel Sekretarza Generalnego, którego zadaniem będzie nadzór nad tymczasową administracją; 3) za bezpieczeństwo prowincji odpowiadać będą siły międzynarodowe; 4) Armia Wyzwolenia Kosowa powinna natychmiast się rozbroić.
• Zgodnie z postanowieniami Rezolucji 1244. administracja prowincji została powierzona Misji Tymczasowej Administracji Narodów Zjednoczonych w Kosowie (UNMIK). Zgadanie zapewnienia bezpieczeństwa w prowincji zostało powierzone mandatem Narodów Zjednoczonych siłom KFOR pod dowództwem NATO.
• Innym obszarem, na którym konflikt zaczął się stosunkowo późno, bo dopiero w XXI wieku, jest Macedonia. Państwo to odłączyło się od Jugosławii 8 września 1991 roku. Warto podkreślić, że była to jedyna z dawnych republik jugosłowiańskich, której uzyskaniu niepodległości nie towarzyszył konflikt zbrojny. Przez pierwszą dekadę państwo to funkcjonowało stosunkowo spokojnie. Jedynym poważniejszym sporem była niezgoda Grecji na używanie nazwy Macedonia, przez co państwo to występowało oficjalnie jako .była Jugosłowiańska Republika Macedonii*. Napięcia między Macedończykami a Albańczykami nie przeradzały się w konflikty na większą skalę.
• Sytuacja ta uległa zmianie pod koniec 2000 roku. kiedy społeczność albańska zaczęła coraz dobitniej domagać się zwiększenia zakresu swoich praw. Spór przerodził się w konflikt zbrojny w lutym 2001 roku. kiedy działania Albańczyków nabrały charakteru powstania. Oddziały albańskie, znane jako Narodowa Armia Wyzwolenia, zajęły sporą część terytorium kraju na północnym zachodzie i zintensyfikowałby ataki na siły rządowe.
• Ostateczne porozumienie, wynegocjowane przy pomocy przedstawicieli USA i UE. zostało zawarte w Ochrydzie 13 sierpnia 2001 roku. Doprowadziło ono do zakończenia konfliktu zbrojnego i zapoczątkowało reformy konstytucyjne, dzięki którym prawa mniejszości albańskiej zostały znacznie poszerzone.
2