Jeżeli zawiązanie spółki nie zostało zgłoszone do sądu rejestrowego w terminie sześciu miesięcy od dnia zawarcia umowy spółki albo jeżeli postanowienie sądu odmawiające zarejestrowania stało się prawomocne, umowa spółki ulega rozwiązaniu (art. 169 k.s.h.). Zgodnie z art. 170 k.s.h., jeżeli spółka w organizacji jest wówczas w stanie dokonać zwrotu wszystkich wniesionych wkładów lub pokryć w pełni wierzytelności osób trzecich, konieczne jest przeprowadzenie likwidacji przez zarząd, a jeżeli spółka w organizacji nie ma zarządu, przez likwidatora albo likwidatorów ustanowionych przez zgromadzenie wspólników albo sąd rejestrowy. Do likwidacji spółki w organizacji stosuje się odpowiednio przepisy dotyczące likwidacji spółki, przy czym likwidatorzy ogłoszą jednokrotnie o otwarciu likwidacji, wzywając wierzycieli do zgłoszenia ich wierzytelności w terminie miesiąca od dnia ogłoszenia. Sprawy rejestrowe związane z likwidacją spółki w organizacji należą do sądu rejestrowego właściwego ze względu na siedzibę spółki. Po przeprowadzeniu likwidacji spółka w organizacji ulega rozwiązaniu z dniem zatwierdzenia przez zgromadzenie wspólników sprawozdania likwidacyjnego, natomiast w razie braku likwidacji spółka ulega rozwiązaniu po spłaceniu wszystkich wierzycieli spółki z chwilą zwrotu w całości ostatniego wkładu wniesionego przez wspólnika.
Z chwilą wpisu do rejestru spółka z o.o. w organizacji przechodzi do właściwego stadium organizacyjnego. W myśl art. 12 k.s.h. z tą chwilą staje się ona spółką z ao. i uzyskuje osobowość prawną, stając się jednocześnie podmiotem praw i obowiązków spółki w organizacji. W tym względzie wpis spółki z o.o. do rejestru ma więc także charakter konstytutywny.
Po zarejestrowaniu spółki zarząd powinien, w terminie dwóch tygodni, złożyć we właściwym urzędzie skarbowym poświadczony przez siebie odpis umowy spółki ze wskazaniem sądu, w któiym spółka została zarejestrowana, oraz daty i mimem rejestracji (art. 171 k.s.h.).
Jeżeli po zarejestrowaniu spółki zostały stwierdzone braki wynikłe z niedopełnienia przepisów prawa, sąd rejestrowy, z urzędu albo na wniosek osób mających interes prawny, wzywa spółkę do usunięcia braków i wyznacza w tym celu odpowiedni termin, a jeżeli spółka nie uczyni zadość temu wezwaniu, sąd rejestrowy może nakładać grzywny według zasad określonych w przepisach o ustawy KRS (art. 172 k.s.h.). Ponadto w razie braków określonych w art. 21 § 1 k.s.h., jeżeli nie zostaną one usunięte mimo upływu terminu wyznaczonego przez sąd rejestrowy, sąd ten, na wniosek osoby mającej interes prawny albo z urzędu, po przeprowadzeniu rozprawy i po wezwaniu zarządu spółki do złożenia oświadczenia, może orzec o rozwiązaniu zarejestrowanej spółki z o.o., a jeżeli braki te nie mogą być usunięte, orzeka o rozwiązaniu spółki (art. 21 § 2, 3 i 5 k.s.h.). Należy jednak podkreślić, iż z powodu braków, o których mowa, spółka nie może być rozwiązana, jeżeli od jej wpisu do rejestru upłynęło pięć lat (art. 21 § 4 k.s.h.). W tej sytuacji wpis ma charakter sanujący. Orzeczenie o rozwiązaniu spółki nie wpływa na ważność czynności prawnych zarejestrowanej spółki (art. 21 § 6 k.s.h.).