55290

aa mogą brać udział w reakcjach...

hydroliza wiązań peptydowych i estrowych

ustawienie gmp kwasowych i zasadowych w pazycjach istotnych dla katalizy stan przejściowy hydrolizy

W stanie przejściowym tej reakcji karbonyloyw tlen ma częściowy ładunek ujemny, przeto węgiel ładunek dodatni a tlen cząsteczkowy wody ładunek ujemny. Jeśli umieścić grupę zasadową w stałej pozycji blisko cząsteczek wody to można uzyskać stabilizację stanu przejściowego przez częściowe przeniesienie jednego protona z cząsteczki wody na zasadę. Pozwala to na przebieg reakcji i rozerwanie wiąza peptydowego. Takaą samą ...

wartość pKa łańcuchaów bocznych aa

określenie charakteru kwasowego lub zas łańcuchów bocznych aa opera się na określonu wartośćh ich pKa w roztworach wodnych. W białkach na wartość pKa ma wpływ lokalne toczonei rszt kwasowcyh. pKa glu w roztworze pka his = 6

znaczenie metali dla enzymów

wiele enzymów zawiera w swojej strukturze dwuwartościowe kationy mg ca zn i jony metali przejściowych fe cu ni co metale są matrycą dla fałdowanych białek domney białek wiążących kwasy nukleinowe zawiera palce cynkowe, cynk jest centrum strukturalnym insuliny a kalmodulina wiąże jony wapnia metale biorą udział w reakcjach chemicznych katalizowanych przez enzym stanowią centra red ok hem - fe zelazo niehemowe cu

jony metali służą jako elektrofile jak zn2+ w centrum aktywnym metaloproteaz metale tworzą wiązania kordynacyjne

Pierścięń imidazolwy his bardzo często występuje w tej roli zn tworzy 4 koroydnacyjne np. 3 w anhydrazie węglanowej

dodatno ładadowene liz i arg mogą wiżać anony i polianiony to są ważne interakcje dla wiązania substratów kofaktorów i inliibitorów

wiązania kowalencyjne z P04-

ufosforylowany pośrednik tworzy się w wyniku przeniesineia fosforanu z czsteczki substratu lub nieorganicznego fosforaniu na specyficzny aminokwas w centrum aktywnym enzymu. Takie pośredniki tworzą się ...

modyfikacje potranslacyjne

czemicznia reaktywność reszt aminokwasów jest determinowa strukturą ich łańchów bocznych, niektóre aminokwasy są poddawane potranslacyjmym modyfikacją które zmieniają ich budowę

s-s mogą się tworzyć w wyniku oksydacji dwóch reszt cysteinin sh takei wiązania mogą być tworzone miezy jednym lub dwoma aa. stabiluzują pofałdowaną sturkturę białek

fosforylacje

Wspólnym miejscem fosforylacji są grupy OH ser treoniny tyrozyny ale histydyna lizyna i kwas asparganinowy mogą być też w ten sposób modyfikowane. Fosforylacja i defosforylacja tyr ma znacznie podstawowe w przenoszeniu sygnałów w komórkach

głikozylacje

białka mogą przyłączać cukry w wyniku twórznia wiązań kowalencyjnych rzeszyt cukrowe wpłwają na rozpuszczalność strukturę i reaktwyność białek