25 lipca 2000 r. załamały się izraelsko-palestyńskie rozmowy pokojowe w CamD David (11-25 lipca 2000 r.). W konsekwencji społeczeństwo palestyńskie, zniechęcone brakiem efektów procesu pokojowego i rozgoryczone trudnymi warunkami życia, wznieciło kolejne powstanie. Powodem wybuchu zamieszek była wizyta Ariela Szarona na Wzgórzu Świątynnym w lerozolimie (28 września 2000 r.) i zabicie palestyńskiego nastolatka, przez izraelskiego snajpera. Druga intifada od nazwy Wzgórza Świątynnego nosi nazwę Al-Aksa.
29 września wybuchły gwałtowne zamieszki w wielu miastach Autonomii Palestyńskiej, w których zginęło 18 Palestyńczyków i 1 Izraelczyk. Po raz pierwszy wystąpiła wówczas zbrojnie organizacja Brygady Męczenników al-Aksv.
4 października władze Autonomii podjęły decyzję o uwolnieniu przetrzymywanych dotąd więźniów, odpowiedzialnych m.in. za zamachy w Izraelu.
12 października tłum Palestyńczyków dokonał linczu 2 izraelskich żołnierzy na posterunku policji palestyńskiej w Ramalll. W odwecie izraelskie śmigłowce zniszczyły ten posterunek.
W obliczu eskalacji przemocy amerykański prezydent Bill Clinton przygotował szczyt izraelsko-palestyński w egipskim kurorcie Szarm al-Szeik (16-17 października 2000 r.). Zawarte porozumienie zobowiązywało obie strony do powstrzymania przemocy. Tym postanowieniom nie podporządkowały się jednak radykalne ugrupowania palestyńskie, takie jak Harnaś, ani izraelska armia.
18 października Izrael realizując warunki zawartego porozumienia wycofał swoje oddziały z Nablusu. Jednak równocześnie aresztowano 8 Palestyńczyków podejrzewanych o lincz na izraelskich żołnierzach (12 października) w Ramalli (zatrzymanie przeprowadzono w Strefie A, co wywołało oburzenie Palestyńczyków). Pomimo tego władze Autonomii Palestyńskiej wezwały za pośrednictwem telewizji całą ludność palestyńską do powstrzymania się od aktów przemocy. Nic to jednak nie dało i 20 października starcia ponownie wybuchły. W okolicach Nablusu I Ramii zginęło 10 Palestyńczyków, a 400 zostało rannych.
Gdy 22 października państwa Ligi Arabskie! zapowiedziały udzielenie pomocy finansowej Palestyńczykom w wysokości 1 mld. dolarów, premier Izraela Ehud Barak oficjalnie wstrzymał wszelkie rozmowy pokojowe z Autonomia Palestyńska. W październiku w starciach zginęło ogółem 148 Palestyńczyków i 10 Izraelczyków. Radykalne organizacje palestyńskie postanowiły posłużyć się tym razem inną bronią - zamachami terrorystycznymi.
28 marca 2002 roku Izrael w porozumieniu ze Stanami Zjednoczonymi podjął decyzję o przeprowadzeniu dużej operacji wojskowej na terenach Autonomii Palestyńskiej. 29 marca izraelskie oddziały wkroczyły do większości palestyńskich miast prowadząc rewizje i aresztowania. W wielu miejscach doszło do gwałtownych walk.
22 czerwca 2002 roku izraelska armia ponownie zajęła wszystkie duże miasta Autonomii na Zachodnim Brzegu. Na wszystkich drogach wystawiono punkty kontrolne mające na celu ograniczenie komunikacji pomiędzy grupami terrorystycznymi działającymi w różnych miastach. W wielu miejscach doszło do walk.