Zlewnia Mieni położona jest w obrębie jednostki tektonicznej, określanej jako platforma paleozoiczna, zbudowanej ze skał paleozoicznych, zalegających pod mezozoicznymi skałami synklinorium warszawskiego. Pokryte są osadami trzeciorzędowymi i czwartorzędowymi.
Prawie całą powierzchnię zlewni pokrywają utwory akumulacji rzecznolodowcowej zlodowacenia północnopolskiego. Utwory powierzchniowe wschodniej części zlewni to piaski i żwiry, z wyjątkiem obszaru Torfowiska Mieleńskiego, gdzie są to iły, mułki i piaski akumulacji zastoiskowej. Środkową część zlewni pokrywają gliny morenowe i piaski z głazami akumulacji lodowcowej (osady moreny dennej), a także na niewielkim obszarze piaski, żwiry, głazy oraz gliny morenowe strefy marginalnej lądolodu fazy poznańskiej. W zachodniej części zlewni, w pobliżu ujścia rzeki Mień do Wisły, dominują piaski, miejscami ze żwirami, akumulacji rzecznej. Jedynie niewielki obszar pokryty jest holoceńskimi piaskami eolicznymi. W bezpośredniej bliskości Wisły Mień płynie przez obszar pokryty holoceńskimi madami, iłami i piaskami.
(Ogólna charakterystyka geologiczna i hydrogeologiczna regiony wodnego Dolnej Wisty, PIG Gdańsk 2004)
Użytkowe poziomy wodonośne w zlewni Mieni to kreda, trzeciorzęd i czwartorzęd, jednak podstawą zaopatrzenia w wodę są wody czwartorzędowego piętra wodonośnego.
Zasoby perspektywiczne wód podziemnych w obszarze bilansowym G2: Mień (P), Wisła: Zgłowiączka-Drwęca, do którego należy w całości zlewnia rz. Mień oszacowano na 32500 m3/d. Zostały one ustalone dla całego kraju w opracowaniu „Ustalenie zasobów perspektywicznych wód podziemnych w obszarach działalności Regionalnych Zarządów Gospodarki Wodnej". Zasoby dyspozycyjne dla tego obszaru nie zostały udokumentowane.