stosunku zas do wojewódzkiego lekarza weterynarii i granicznego lekarza weterynarii -Główny Lekarz Weterynarii.
Dodatkowo ustawa przewiduje, w przypadkach uzasadnionych szczególną wagą lub zawiłością sprawy, możliwość podejmowania przez organ wyższej instancji wszelkich czynności należących do zakresu działania organu niższego stopnia. W takim przypadku organ wyższego stopnia staje się organem pierwszej instancji.
Nadzór nad działalnością Inspekcji Weterynaryjnej sprawuje Minister Rolnictwa i Rozwoju Wsi, który jest naczelnym organem administracji rządowej, właściwym w dziedzinie weterynarii. Kompetencje ministra właściwego do spraw rolnictwa w tym zakresie wynikają z art. 22 ust. 1 ustawy z dnia 4 września 1997 r. o działach administracji rządowej (Dz. U. z 2007 r. Nr 65, poz. 432 z póżn. zm).
System diagnostyki laboratoryjnej
W skład systemu weterynaryjnej diagnostyki laboratoryjnej wchodzi 16 Zakładów Higieny Weterynaryjnej (jedno laboratorium w każdym z województw), wraz z 14 podległymi im pracowniami i oddziałami, Laboratorium Badania Mleka Surowego wchodzące w skład Powiatowego Inspektoratu Weterynarii w Skierniewicach oraz Państwowy Instytut Weterynaryjny - Państwowy Instytut Badawczy w Puławach, jako laboratorium referencyjne, do którego zadań należy sprawowanie nadzoru nad jakością badań wykonywanych przez laboratoria ZHW. Laboratoriami referencyjnymi w zakresie pasz są również Instytut Ochrony Roślin oraz Instytut Zootechniki - Państwowy Instytut Badawczy Krajowe Laboratorium Pasz.
Laboratoria zajmują się diagnostyką weterynaryjną oraz biorą czynny udział w zapewnieniu odpowiedniego poziomu ochrony zdrowia publicznego oraz ochrony zdrowia zwierząt i zdrowia, monitorując skażenia żywności pochodzenia zwierzęcego substancjami toksycznymi, lekami, antybiotykami, hormonami i metalami ciężkimi, zanieczyszczenie żywności drobnoustrojami chorobotwórczymi bakteriami, wirusami, pierwotniakami oraz larwami pasożytów, jak również diagnozując choroby zakaźne zwierząt, w tym zoonozy.