ÿþR o z d z i a B m o n o g r a f i i : ' B a z y D a n y c h : S t r u k t u r y , A l g o r y t m y , M e t o d y ' , K o z i e l s k i S . , M a By s i a k B . , K a s p r o w s k i P . , M r o z e k D . ( r e d . ) , W K A 2 0 0 6
R o z d z i a B 1 1
B i o i n f o r m a t y c z n e b a z y d a n y c h r o l a , m i e j s c e
i k l a s y f i k a c j a
S t r e s z c z e n i e . B i o i n f o r m a t y k a j e s t d z i e d z i n n a u k i , k t ó r a w o s t a t n i m o k r e s i e
b a r d z o i n t e n s y w n i e s i r o z w i j a . E k s p a n s j a b a d a D w d z i e d z i n i e b i o l o g i i i b i o -
c h e m i i m o l e k u l a r n e j g e n e r u j e b a r d z o w i e l e i n f o r m a c j i , k t ó r n a l e |y p r z e -
c h o w y w a w s p e c j a l n i e d o t e g o p r z e z n a c z o n y c h b a z a c h d a n y c h , w c e l u i c h
d a l s z e j a n a l i z y . W d z i e d z i n i e b a z d a n y c h b i o i n f o r m a t y c z n y c h a u t o r z y p o d e j -
m u j p r ó b u s z e r e g o w a n i a w i e d z y z w i z a n e j z g r o m a d z e n i e m i p r z e t w a r z a -
n i e m d a n y c h o c h a r a k t e r z e b i o l o g i c z n y m . W r o z d z i a l e p r z e d s t a w i o n o p o d s t a -
w o w e i n f o r m a c j e d o t y c z c e b i o i n f o r m a t y k i . G Bó w n u w a g p o [w i c o n o b i o -
i n f o r m a t y c z n y m b a z o m d a n y c h i c h k l a s y f i k a c j i , p r z e z n a c z e n i u i s p o s o b o m
d o s t p u .
1 W s t p
K o m ó r k a o r g a n i z m u j e s t p o d s t a w o w y m e l e m e n t e m w k a |d y m |y w y m o r g a n i z m i e .
W s z y s t k i e i n s t r u k c j e p o t r z e b n e d o k i e r o w a n i a a k t y w n o [c i k o m ó r k i s z a p i s a n e w Ba Dc u -
c h u D N A . R o z p o c z c i e w 1 9 9 0 r o k u p r z e z U . S . D e p a r t m e n t o f E n e r g y a n d t h e N a t i o n a l
I n s t i t u t e s o f H e a l t h w U S A p r a c p o d n a z w H u m a n G e n o m e P r o j e c t ( H G P ) [ 1 ] n a d
p o z n a n i e m k o m p l e t n e g o z b i o r u l u d z k i e g o D N A ( g e n o m u ) w p r o w a d z i Bo n o w e r
w d z i e d z i n i e n a u k b i o l o g i c z n y c h e r g e n o m u [ 1 ] . D o p r o w a d z i Ba o n a w k r ó t k i m c z a s i e d o
e k s p l o z j i i n f o r m a c j i b i o l o g i c z n e j n a s k u t e k z a s t o s o w a n i a z a a w a n s o w a n y c h m e t o d b a d a D
n a d b i o l o g i m o l e k u l a r n i g e n o m i k . Z j e d n e j s t r o n y , t r a d y c y j n e b a d a n i a , p r o w a d z o n e
d o t d w l a b o r a t o r i a c h e k s p e r y m e n t a l n y c h , z y s k a By w s p a r c i e z e s t r o n y p o t |n y c h m a s z y n
l i c z c y c h , c o z w i k s z y Bo m o |l i w o [c i p o z n a w c z e . Z d r u g i e j s t r o n y , p o w s t a Ba d u |a l i c z b a
o r g a n i z a c j i p a Ds t w o w y c h , i n s t y t u t ó w u n i w e r s y t e c k i c h o r a z l a b o r a t o r i ó w b a d a w c z y c h
z a j m u j c y c h s i p o z n a n i e m t a j e m n i c z y c h s Bó w z a p i s a n y c h p r z y p o m o c y a l f a b e t u z Bo |o n e g o
z c z t e r e c h n u k l e o t y d ó w m o l e k u B a d e n i n y ( A ) , t y m i n y ( T ) , g u a n i n y ( G ) , c y t o z y n y ( C ) .
W e f e k c i e z a a n g a |o w a n i a k o m p u t e r ó w d o a n a l i z y b a d a D l a b o r a t o r y j n y c h i p o w s z e c h n e g o ,
w s k a l i [w i a t o w e j , z a i n t e r e s o w a n i a t e m a t e m , n a s t p i B g w a Bt o w n y w z r o s t l i c z b y p o s i a d a -
n y c h d a n y c h , k t ó r e n a l e |a Bo z i n t e r p r e t o w a . O g r o m n y m w y z w a n i e m d l a l u d z i z a j m u j -
c y c h s i b i o l o g i m o l e k u l a r n s t a Bo s i z a t e m z n a l e z i e n i e s e n s u w b o g a c t w i e d a n y c h b d -
c y c h e f e k t e m p r o j e k t ó w s e k w e n c j o n o w a n i a g e n o m ó w . W s z e l k i e s t a r a n i a w t e j d z i e d z i n i e
z a p o c z t k o w a By i s t n i e n i e n o w e g o p o l a p r o w a d z o n y c h b a d a D b i o i n f o r m a t y k i .
D a r i u s z M r o z e k , B o |e n a M a By s i a k : P o l i t e c h n i k a Zl s k a , I n s t y t u t I n f o r m a t y k i ,
u l . A k a d e m i c k a 1 6 , 4 4 - 1 0 0 G l i w i c e , P o l s k a
e m a i l : { D a r i u s z . M r o z e k , B o z e n a . M a l y s i a k } @ p o l s l . p l
( c ) C o p y r i g h t b y P o l i t e c h n i k a Zl s k a , I n s t y t u t I n f o r m a t y k i , G l i w i c e 2 0 0 6
w w w . b d a s . p l
R o z d z i a B m o n o g r a f i i : ' B a z y D a n y c h : S t r u k t u r y , A l g o r y t m y , M e t o d y ' , K o z i e l s k i S . , M a By s i a k B . , K a s p r o w s k i P . , M r o z e k D . ( r e d . ) , W K A 2 0 0 6
D . M r o z e k , B . M a By s i a k
B i o i n f o r m a t y k a j e s t m u l t i d y s c y p l i n a r n d z i e d z i n n a u k i , k t ó r e g o z a s a d n i c z y m c e l e m
j e s t o d k r y c i e b o g a c t w a b i o l o g i c z n e j i n f o r m a c j i u k r y t e j w m a s i e d a n y c h i o t r z y m a n i a
j a [n i e j s z e g o w g l d u w f u n d a m e n t y b i o l o g i c z n e o r g a n i z m u [ 2 ] , [ 3 ] , [ 4 ] , [ 5 ] , [ 6 ] . B i o i n f o r -
m a t y k a p o l e g a z a t e m n a z a s t o s o w a n i u t e c h n i k i n f o r m a t y c z n y c h w i n t e r p r e t a c j i r e z u l t a t ó w
b a d a D b i o l o g i c z n y c h i b i o c h e m i c z n y c h . I s t n i e j t r z y c e n t r a l n e p r o c e s y b i o l o g i c z n e , w o k ó B
k t ó r y c h b i o i n f o r m a t y k a s i r o z w i j a [ 7 ] ( r y s . 1 ) :
- S e k w e n c j a n u k l e o t y d ó w w D N A d e t e r m i n u j e s e k w e n c j a m i n o k w a s ó w w b i a Bk u .
K a |d e b i a Bk o m a j e d y n w s w o i m r o d z a j u , w Ba [c i w s o b i e s e k w e n c j a m i n o k w a s ó w ,
k t ó r a j e s t z d e t e r m i n o w a n a g e n e t y c z n i e . S e k w e n c j a n u k l e o t y d ó w w D N A , c z s t e c z c e
d z i e d z i c z n o [c i , o k r e [l a k o m p l e m e n t a r n s e k w e n c j n u k l e o t y d ó w w R N A ( w p r o c e -
s i e t r a n s k r y p c j i ) , k t ó r a z k o l e i d e t e r m i n u j e s e k w e n c j a m i n o k w a s ó w w b i a Bk u
( w p r o c e s i e t r a n s l a c j i ) [ 8 ] , [ 9 ] .
- S e k w e n c j a a m i n o k w a s ó w w p By w a n a s t r u k t u r b i a Bk a . A n a l i z a z a l e |n o [c i m i d z y
s e k w e n c j a m i n o k w a s ó w a s t r u k t u r p r z e s t r z e n n b i a Bk a p o z w o l i Ba n a u k o w c o m u s t a -
l i p e w n e r e g u By r z d z c e f a Bd o w a n i e m s i Ba Dc u c h ó w b i a Bk o w y c h , a w i c p r z y j m o -
w a n i a u s t a l o n y c h k s z t a Bt ó w t z w . s t r u k t u r y d r u g o r z d o w e j n p . h e l i s y ± l u b h a r m o n i j k i
² [ 1 0 ] .
- S t r u k t u r a b i a Bk a j e s t z w i z a n a z p e Bn i o n p r z e z n i e f u n k c j w o r g a n i z m i e . A n a l i z a
s t r u k t u r y p r z e s t r z e n n e j b i a Be k p o z w a l a m . i n . k l a s y f i k o w a b i a Bk a w g r u p y f u n k c j o -
n a l n e i r o d z i n y o r a z p r z e w i d y w a n a t e j p o d s t a w i e p o t e n c j a l n e f u n k c j e n o w o o d k r y -
t y c h m o l e k u B b i a Bk o w y c h . O d k s z t a Bc e n i a s t r u k t u r a l n e b i a Bk a n a s k u t e k p e w n y c h
c z y n n i k ó w z e w n t r z n y c h , t a k i c h j a k n p . t e m p e r a t u r a o t o c z e n i a l u b j e g o k w a s o w o [,
m o g r ó w n i e | w p By w a n a a k t y w n o [ b i a Bk a w k o m ó r c e o r a z z d o l n o [ d o p e Bn i e n i a
s w o j e j f u n k c j i b i o l o g i c z n e j .
S e k w e n c j a S t r u k t u r a F u n k c j a
S e k w e n c j a
a m i n o k w a s ó w p r z e s t r z e n n a i a k t y w n o [
D N A
b i a Bk a b i a Bk a b i a Bk a
R y s . 1 . D e t e r m i n a c j a i n f o r m a c j i b i o l o g i c z n e j n a k o l e j n y c h p o z i o m a c h , p o c z y n a j c o d c z -
s t e c z k i d z i e d z i c z n o [c i D N A , k o Dc z c n a f u n k c j i i a k t y w n o [c i b i a Bk a w k o m ó r c e o r g a n i z -
m u
J e d n y m z w y z w a D, j a k i e m u m u s i s p r o s t a b i o i n f o r m a t y k a , j e s t w Ba [c i w y s p o s ó b p r z e c h o -
w y w a n i a d a n y c h u m o |l i w i a j c i c h w y d a j n e p r z e t w a r z a n i e i a n a l i z . Z t e g o p o w o d u , p o w -
s t a By o g r o m n e r e p o z y t o r i a , k t ó r y c h c e l e m s t a Bo s i g r o m a d z e n i e d a n y c h p o c h o d z c y c h b e z -
p o [r e d n i o z b a d a D b i o c h e m i k ó w l u b b i o l o g ó w m o l e k u l a r n y c h o r a z d a n y c h b d c y c h r e z u l -
t a t e m p r o w a d z o n y c h a n a l i z .
B i o i n f o r m a t y c z n e ( b i o l o g i c z n e ) b a z y d a n y c h t o z b i o r y d a n y c h p r z e c h o w u j c e w j e d -
n o l i t y i w y d a j n y s p o s ó b d a n e z s z e r o k i e g o s p e k t r u m o b s z a r ó w b i o l o g i i i b i o c h e m i i . I c h
n i e z w y k l e w a |n c e c h j e s t f a k t , i | z a w a r t e w n i c h i n f o r m a c j e s s z e r o k o d o s t p n e d l a
s p o Be c z n o [c i n a u k o w e j [ 6 ] , w w i k s z o [c i p r z y p a d k ó w z a d a r m o . Z p u n k t u w i d z e n i a m e -
d y c z n e g o p r z e s z u k i w a n i e i i n t e r p r e t a c j a d a n y c h p o c h o d z c y c h z b a d a D b i o l o g ó w i b i o c h e -
m i k ó w o t w i e r a o g r o m n e w r o t a w i e d z y , k t ó r a m o |e z o s t a w y k o r z y s t a n a p r z e d e w s z y s t k i m
w l e c z e n i u c h o r ó b , z j a k i m i d o t e j p o r y w s p ó Bc z e s n y c z Bo w i e k n i e j e s t w s t a n i e s o b i e p o r a -
d z i . B i o l o g i c z n e b a z y d a n y c h s t a n o w i d o s k o n a Be zr ó d Bo i n f o r m a c j i d l a s p o Be c z n o [c i
n a u k o w e j , w t y m : l e k a r z y , b i o l o g ó w , b i o c h e m i k ó w , f a r m a c e u t ó w , w e t e r y n a r z y , i n |y n i e r ó w
|y w n o [c i , e n e r g e t y k i i o c h r o n y [r o d o w i s k a . K o l e k c j o n o w a n i e d a n y c h o c h a r a k t e r z e
b i o l o g i c z n y m r o z p o c z Bo n o w y r o z d z i a B w d z i e d z i n i e b a z d a n y c h , k t ó r e d o t d w y k o r z y s t y -
w a n e b y By g Bó w n i e j a k o s y s t e m y w s p o m a g a j c e p r a c p r z e d s i b i o r s t w p r o d u k c y j n y c h ,
h a n d l o w y c h i u s Bu g o w y c h . C h a r a k t e r t y c h d a n y c h w y m a g a z a s t o s o w a n i a s p e c j a l i s t y c z n y c h
1 0 8
( c ) C o p y r i g h t b y P o l i t e c h n i k a Zl s k a , I n s t y t u t I n f o r m a t y k i , G l i w i c e 2 0 0 6
w w w . b d a s . p l
R o z d z i a B m o n o g r a f i i : ' B a z y D a n y c h : S t r u k t u r y , A l g o r y t m y , M e t o d y ' , K o z i e l s k i S . , M a By s i a k B . , K a s p r o w s k i P . , M r o z e k D . ( r e d . ) , W K A 2 0 0 6
B i o i n f o r m a t y c z n e b a z y d a n y c h r o l a , m i e j s c e i k l a s y f i k a c j a
m e t o d p r z e t w a r z a n i a i a n a l i z y , k t ó r e p o w i n n y s p e Bn i a p o d s t a w o w e k r y t e r i a w y d a j n o [c i .
N a l e |y m i e [w i a d o m o [, |e d a n e o c h a r a k t e r z e b i o l o g i c z n y m b y By k o l e k c j o n o w a n e j u |
z n a c z n i e w c z e [n i e j n i | r o z p o c z t o p r o j e k t H G P . P r z y k Ba d e m m o g b y d a n e o s t r u k t u r a c h
b i a Be k p o c h o d z c e z b a d a D k r y s t a l o g r a f i i r e n t g e n o w s k i e j p r z e c h o w y w a n e w b a z i e P r o t e i n
D a t a B a n k ( P D B ) [ 1 1 ] j u | w l a t a c h s i e d e m d z i e s i t y c h . J e d n a k |e t o s e k w e n c j o n o w a n i e g e -
n o m ó w w p r o j e k c i e H G P p o c i g n Bo z a s o b s p r z |o n y r o z w ó j i s t n i e j c y c h g a Bz i n a u k
b i o l o g i c z n y c h - w y r a zn y p o s t p z a n o t o w a By t a k i e g a Bz i e j a k : p r o t e o m i k a , t r a n s k r y p t o m i k a ,
m e t a b o l o m i k a c z y b i o t e c h n o l o g i a . P r z e t w a r z a n i e d a n y c h z b a z b i o l o g i c z n y c h s t a n o w i t a k |e
p o d s t a w r o z w o j u n o w y c h g a Bz i n a u k o w y c h , k t ó r e p o j a w i By s i w e f e k c i e p r o j e k t u H G P
n p . g e n o m i k i , i n |y n i e r i i g e n e t y c z n e j , c z y w y b r a n y c h g a Bz i n a n o t e c h n o l o g i i .
2 P o d z i a B b i o i n f o r m a t y c z n y c h b a z d a n y c h
I n f o r m a c j e s k Ba d o w a n e w b i o i n f o r m a t y c z n y c h b a z a c h d a n y c h m o g n a r ó |n y m p o z i o m i e
o p i s u c h a r a k t e r y z o w a t e w y b r a n e o r g a n i z m y , k t ó r e z w i e l o r a k i c h w z g l d ó w z n a l a z By s i
w k r g u z a i n t e r e s o w a D n a u k o w c ó w . K l a s y f i k a c j b i o i n f o r m a t y c z n y c h b a z d a n y c h m o |n a
z a t e m p r z e p r o w a d z i n a r ó |n y c h p Ba s z c z y z n a c h :
- z e w z g l d u n a zr ó d Bo p o c h o d z e n i a d a n y c h ,
- z e w z g l d u n a o r g a n i z m , d l a k t ó r e g o t w o r z y s i k o l e k c j d a n y c h ,
- z e w z g l d u n a r o d z a j p r z e c h o w y w a n e j i n f o r m a c j i l u b i n a c z e j , p o z i o m o p i s u m o l e k u -
l a r n e g o .
D w i e p i e r w s z e k a t e g o r i e , w r a z z o d p o w i e d n i m i p r z y k Ba d a m i b a z , b d t e m a t e m t e g o
r o z d z i a Bu . T r z e c i s p o s ó b k l a s y f i k a c j i b a z z e w z g l d u n a j e g o d u | r o z p i t o [ z o s t a B o p i s a n y
s z e r z e j w r o z d z i a l e B i o i n f o r m a t y c z n e b a z y d a n y c h p o z i o m y o p i s u f u n k c j o n o w a n i a o r g a -
n i |m ó w t e g o w y d a n i a .
2 . 1 K l a s y f i k a c j a b a z z e w z g l d u n a zr ó d Bo p o c h o d z e n i a d a n y c h
B i o r c p o d u w a g p r o w a d z o n e b a d a n i a e k s p e r y m e n t a l n e i s y m u l a c y j n e o r a z n a s t p u j c e p o
n i c h i n t e r p r e t a c j e o t r z y m a n y c h w y n i k ó w m o |n a k l a s y f i k o w a b a z y z e w z g l d u n a zr ó d Bo
p o c h o d z e n i a d a n y c h . Z g o d n i e z t y m k r y t e r i u m b i o i n f o r m a t y c z n e b a z y d a n y c h m o |n a
p o d z i e l i n a :
1 ) p i e r w o t n e ( a n g . p r i m a r y ) p r z e c h o w u j d a n e b d c e b e z p o [r e d n i o w y n i k i e m p r o w a -
d z o n y c h b a d a D b d z e k s p e r y m e n t ó w p r z e z s p e c j a l i s t ó w z d a n e j d z i e d z i n y ; s t o z a z -
w y c z a j d a n e o : s e k w e n c j a c h D N A i R N A , s e k w e n c j a c h a m i n o k w a s ó w b i a Be k i e n z y -
m ó w , s t r u k t u r a c h p r z e s t r z e n n y c h b i a Be k , e n z y m ó w , k o m p l e k s ó w m o l e k u l a r n y c h i i n -
n y c h c z s t e k b i o l o g i c z n y c h b i o r c y c h u d z i a B w r e a k c j a c h w e w n t r z k o m ó r k o w y c h ;
2 ) w t ó r n e ( a n g . s e c o n d a r y ) l u b w y p r o w a d z o n e ( a n g . d e r i v e d ) p r z e c h o w u j r e z u l t a t y
a n a l i z p o d s t a w o w y c h z Bó | d a n y c h ; m o g t o b y n p . b a z y s e k w e n c j i a m i n o k w a s ó w
j a k o e f e k t u t r a n s l a c j i s e k w e n c j i D N A z b a z s e k w e n c j i n u k l e o t y d o w y c h , b a z y d o m e n
f u n k c j o n a l n y c h , w z o r c ó w s e k w e n c j i l u b m o t y w ó w ( c h a r a k t e r y s t y c z n y c h f r a g m e n -
t ó w ) , r e l a c j i e w o l u c y j n y c h i w i e l e i n n y c h .
D o d a t k o w o , w r a z z i n f o r m a c j w Ba [c i w , p r z e c h o w y w a n a j e s t d u |a i l o [ i n f o r m a c j i o p i s o -
w e j p o z w a l a j c a z o r i e n t o w a s i u |y t k o w n i k o m z j a k i m r o d z a j e m i n f o r m a c j i m a j d o c z y -
n i e n i a ; s m . i n . t o w s z e l k i e g o r o d z a j u k o m e n t a r z e , n o t y , a d n o t a c j e , k l a s y f i k a c j e f u n k c j i
b i a Bk a , p r z y n a l e |n o [ o r g a n i z m u d o r o d z i n y i g a t u n k u ( zr ó d Bo b i a Bk a ) , w y o d r b n i o n e c e c h y
d o d a t k o w e , f r a g m e n t y o o k r e [l o n y m z n a c z e n i u b i o l o g i c z n y m .
1 0 9
( c ) C o p y r i g h t b y P o l i t e c h n i k a Zl s k a , I n s t y t u t I n f o r m a t y k i , G l i w i c e 2 0 0 6
w w w . b d a s . p l
R o z d z i a B m o n o g r a f i i : ' B a z y D a n y c h : S t r u k t u r y , A l g o r y t m y , M e t o d y ' , K o z i e l s k i S . , M a By s i a k B . , K a s p r o w s k i P . , M r o z e k D . ( r e d . ) , W K A 2 0 0 6
D . M r o z e k , B . M a By s i a k
N a l e |y z a u w a |y , |e i n t e r p r e t a c j a i n f o r m a c j i z p i e r w o t n y c h l u b w t ó r n y c h z Bó | d a n y c h
m o |e p r z y c z y n i s i d o o d k r y c i a c i e k a w y c h w Ba s n o [c i l u b a s p e k t ó w , k t ó r e d o t e j p o r y b y By
t r a k t o w a n e t y l k o m a r g i n a l n i e . T o z k o l e i m o |e p o c i g n r o z w ó j b a d a D n a d n o w w Ba s n o [-
c i i g e n e r a c j n o w e j i n f o r m a c j i . P o w o d u j e t o p o w i e l e n i e p o z i o m ó w w t ó r n o [c i i z a m y k a
p e w i e n c y k l : p r o b l e m b a d a n i a d a n e r o z w i z a n i a p r o b l e m ( r y s . 2 ) . C y k l t e n z r e s z t
j e s t z g o d n y z p r a w i d Ba m i n a u k i , k t ó r e m ó w i , i | o d p o w i e d z n a j e d n o p y t a n i e g e n e r u j e
l a w i n k o l e j n y c h p y t a D. P r o b l e m y n a u k o w e p r o w a d z d o b u d o w y n o w y c h m o d e l i , m e t o d
f o r m a l n y c h o p i s u , a l g o r y t m ó w i n a r z d z i , d z i k i k t ó r y m p r o w a d z o n e s b a d a n i a . B a d a n i a
z w y k o r z y s t a n i e m b i o i n f o r m a t y k i g e n e r u j r e z u l t a t y , k t ó r e o d p o w i e d n i o s k o m e n t o w a n e
i o p i s a n e ( w b i o l o g i i z a w s z e i s t o t n e j e s t w j a k i c h w a r u n k a c h p r z e p r o w a d z o n o b a d a n i a )
z o s t a j z d e p o n o w a n e w b a z a c h d a n y c h . J e [l i p r o w a d z o n o b a d a n i a l a b o r a t o r y j n e , t o d a n e t e
n a j c z [c i e j m a j c h a r a k t e r p i e r w o t n y . W p i e r w s z e j f a z i e , d a n e m o g b y p r z e c h o w y w a n e
n a l o k a l n y c h s e r w e r a c h l a b o r a t o r i u m , a n a s t p n i e m o g b y z d e p o n o w a n e ( w c a Bo [c i l u b
t y l k o i c h c z [) w p u b l i c z n y c h c e n t r a c h d a n y c h . A n a l i z a d a n y c h m o |e p r o w a d z i d o u z y s -
k a n i a c i e k a w y c h o d p o w i e d z i i r o z w i z a D p o s t a w i o n y c h p r o b l e m ó w , n a b a z i e k t ó r y c h n a u -
k o w a c i e k a w o [ s f o r m u Bu j e n o w e t e z y i p r o b l e m y b a d a w c z e , d o p r o w a d z i d o b u d o w y n o -
w y c h n a r z d z i i g r o m a d z e n i a n o w y c h i n f o r m a c j i . A n a l i z a d a n y c h m o |e t e | p r z y c z y n i s i
d o a k t u a l i z a c j i d a n y c h j u | i s t n i e j c y c h s t d , m . i n . b i o r s i r ó |n e w e r s j e w p i s ó w w c e n -
t r a l n y c h , p u b l i c z n y c h , b i o i n f o r m a t y c z n y c h b a z a c h d a n y c h .
R y s . 2 . C y k l p r o w a d z e n i a b a d a D i p o w i e l a n i a i n f o r m a c j i w b i o i n f o r m a t y c z n y c h b a z a c h
d a n y c h
T r z e b a m i e r ó w n i e | [w i a d o m o [, |e m a Be b Bd y n a n a j n i |s z y m p o z i o m i e m o g s t a s i
p r z y c z y n d u |y c h n i e p o r o z u m i e D n a u k o w y c h p r z y p r z e n o s z e n i u p o m y Be k n a k o l e j n e
p o z i o m y . Z t e j w Ba [n i e p r z y c z y n y d e p o n o w a n e w p u b l i c z n y c h , b i o i n f o r m a t y c z n y c h b a z a c h
d a n y c h i n f o r m a c j e , n p . s e k w e n c j e a m i n o k w a s ó w b i a Bk o w y c h c z y s t r u k t u r y b i a Be k , p o d l e -
g a j d o d a t k o w y m p r o c e s o m r e w i z j i p r z e z s p e c j a l i s t ó w z d a n e j d z i e d z i n y . P r o c e s y t e n i e s
j e d n a k w s t a n i e w y k r y w s z y s t k i c h n i e p r a w i d Bo w o [c i , d l a t e g o z a z d e p o n o w a n w b a z i e
j e d n o s t k o d p o w i e d z i a l n y j e s t p r z e d e w s z y s t k i m j e j a u t o r .
2 . 2 K l a s y f i k a c j a b a z z e w z g l d u n a g a t u n e k o r g a n i z m
B a d a n i a n a u k o w c ó w k o n c e n t r u j s i z w y k l e n a p e w n y m w y b r a n y m o r g a n i z m i e l u b g r u p i e
o r g a n i z m ó w d a n e g o g a t u n k u , r o d z i n y l u b k l a s y p o w o d u j c g e n e r a c j c o r a z t o n o w s z y c h
d a n y c h o p i s u j c y c h o r g a n i z m l u b g r u p . P o w s t a By z a t e m b a z y d e d y k o w a n e d l a d a n e g o
o r g a n i z m u l u b g r u p y . B a z y d a n y c h t e g o t y p u p r z e c h o w u j n a j c z [c i e j k o m p l e t n e z e s t a w y
c e c h l u b z e s t a w y w y b r a n y c h c e c h o p i s u j c y c h o k r e [l o n y o r g a n i z m l u b g a t u n e k . Z e s t a w
1 1 0
( c ) C o p y r i g h t b y P o l i t e c h n i k a Zl s k a , I n s t y t u t I n f o r m a t y k i , G l i w i c e 2 0 0 6
w w w . b d a s . p l
R o z d z i a B m o n o g r a f i i : ' B a z y D a n y c h : S t r u k t u r y , A l g o r y t m y , M e t o d y ' , K o z i e l s k i S . , M a By s i a k B . , K a s p r o w s k i P . , M r o z e k D . ( r e d . ) , W K A 2 0 0 6
B i o i n f o r m a t y c z n e b a z y d a n y c h r o l a , m i e j s c e i k l a s y f i k a c j a
p r z e c h o w y w a n y c h c e c h , a c o z a t y m i d z i e p o z i o m o p i s u , m o |e b y b a r d z o r ó |n y , n a
p r z y k Ba d m o |e t o b y k o m p l e t n y g e n o m o r g a n i z m u , w y o d r b n i o n e g e n y , o d k r y t e l u b
p r z e w i d z i a n e s e k w e n c j e b i a Bk o w e , z b a d a n e s z l a k i m e t a b o l i c z n e i i n . I s t n i e j e z a t e m w i e l e
b a z o p i s u j c y c h w y b r a n e c e c h y t a k i c h g a t u n k ó w j a k ( p o d z i a B n i e o d z w i e r c i e d l a k l a s y f i k a c j i
b i o l o g i c z n e j o r g a n i z m ó w ) :
- c z Bo w i e k ( a n g . h u m a n , Ba c . h o m o s a p i e n s ) , n p . : a t l a s g e n ó w c z Bo w i e k a G E N A T L A S
[ 1 2 ] p a r y s k i e g o U n i v e r s i t e R e n e D e s c a r t e s z a w i e r a j c y i n f o r m a c j e o l u d z k i m g e n o -
t y p i e i f e n o t y p i e ; b a z a H U N T f o r H u m a n N o v e l T r a n s c r i p t s [ 1 3 ] p r z e c h o w u j c a
k o m p l e t n e s e k w e n c j e c D N A o r a z a d n o t a c j e o p i s o w e p o c h o d z c e z a n a l i z y t y c h s e k -
w e n c j i , a t a k |e d a n e o p r z e w i d y w a n y c h s t r u k t u r a c h b i a Be k ; b a z a H u m a n P r o t e i n
A t l a s [ 1 4 ] p r z e c h o w u j c a i n f o r m a c j e o e k s p r e s j i i l o k a l i z a c j i b i a Be k w r ó |n y c h t k a n -
k a c h o r g a n i z m u c z Bo w i e k a a t a k |e w k o m ó r k a c h r a k o w y c h ;
- k r g o w c e ( a n g . v e r t e b r a t e s ) , n p . : z i n t e g r o w a n y s y s t e m b a z M o u s e G e n o m e I n f o r m a -
t i c s ( M G I ) [ 1 5 ] p r z e c h o w u j c y i n f o r m a c j e b i o l o g i c z n e d o t y c z c e m y s z y m . i n . s e k -
w e n c j e D N A i R N A w M o u s e G e n o m e S e q u e n c e ( M G S ) , c h a r a k t e r y s t y k g e n ó w
w M o u s e G e n o m e D a t a b a s e ( M G D ) , c h a r a k t e r y s t y k i r o z w o j u r ó |n e g o t y p u n o w o -
t w o r ó w u m y s z y l a b o r a t o r y j n y c h w M o u s e T u m o r B i o l o g y ( M T B ) D a t a b a s e ; b a z y
R a t G e n o m e D a t a b a s e ( R G D ) [ 1 6 ] s Bu |c e j a k o r e p o z y t o r i u m d a n y c h g e n e t y c z n y c h
( a n g . g e n e t i c ) i g e n o m o w y c h ( a n g . g e n o m e ) d l a s z c z u r ó w ; b a z y d a n y c h g e n e t y c z -
n y c h A r k D B [ 1 7 ] z a w i e r c e d a n e m o l e k u l a r n e d o t y c z c e m . i n . [w i D, k o t ó w , k o n i ,
k r ó w , d r o b i u , r y b i i n . ;
- i n s e k t y ( a n g . i n s e c t s ) , n p . b a z a F l y B a s e [ 1 9 ] z a w i e r a j c a d a n e m o l e k u l a r n e i g e n e t y -
c z n e d o t y c z c e m u s z k i o w o c o w e j ( Ba c . d r o s o p h i l a ) ; f r a g m e n t s y s t e m u b a z E n s e m b l
M o s q u i t o E n s e m b l [ 2 0 ] d o t y c z c y d a n y c h g e n e t y c z n y c h m o s k i t ó w A n o p h e l e s g a m -
b i a e ;
- b e z k r g o w c e ( a n g . i n v e r t e b r a t e s ) , n p . : b a z a d i c t y B a s e [ 2 1 ] b d c a s c e n t r a l i z o w a n y m
zr ó d Be m i n f o r m a c j i g e n e t y c z n e j , m o l e k u l a r n e j i l i t e r a t u r o w e j o p i e r w o t n i a k a c h D i c t y -
o s t e l i u m ; b a z a W o r m B a s e [ 2 2 ] z a w i e r a j c a d a n e o s e k w e n c j a c h D N A i s e k w e n c j a c h
b i a Bk o w y c h o r g a n i z m u w i e l o k o m ó r k o w e g o C a e n o r h a b d i t i s e l e g a n s 1 - d a n e o s e k -
w e n c j a c h D N A p o c h o d z m . i n . z b a n k u g e n ó w G e n B a n k [ 2 3 ] ; b a z a T o x o D B [ 2 4 ]
z d a n y m i g e n e t y c z n y m i d o t y c z c y m i p a s o |y t ó w T o x o p l a s m a g o n d i i ; i i n .
- r o [l i n y ( a n g . p l a n t s ) , n p . : b a z y d a n y c h g e n o m ó w i m a p g e n e t y c z n y c h P l a n t G e n o m e
D a t a b a s e s o f t h e N a t i o n a l A g r i c u l t u r a l L i b r a r y A g r i c u l t u r a l G e n o m e I n f o r m a t i o n
S y s t e m ( N A L - A G I S ) [ 2 5 ] d l a r ó |n y c h o r g a n i z m ó w r o [l i n n y c h , t a k i c h j a k : r y |, r ó |a ,
f a s o l a , b a w e Bn a , s o j a , z b o |a i i n . ; n i e k t ó r e s e k c j e b a z d a n y c h T I G R [ 2 6 ] ( m . i n . A r a b i -
d o p s i s t h a l i a n a 2 G e n o m e D a t a b a s e ) d o t y c z c e r o [l i n , z a w i e r a j c e d a n e o c h r o m o s o -
m a c h , s e k w e n c j a c h D N A i o t r z y m a n y c h w w y n i k u p r e d y k c j i s e k w e n c j a c h b i a Bk o -
w y c h ; b a z a d a n y c h s e k w e n c j i D N A d l a r o [l i n k a w y C o f f e e D N A [ 2 7 ] ;
- g r z y b y ( a n g . f u n g i ) , p r z y c z y m n a j w i c e j zr ó d e B d a n y c h p o w s t a Bo d l a d r o |d |y ( Ba c .
S a c c h a r o m y c e s ) n a s k u t e k s z e r o k o z a k r o j o n y c h b a d a D n a d t y m o r g a n i z m e m n p . : F u -
n g a l G e n o m e D a t a b a s e s [ 2 8 ] w M I P S ( M u n i c h I n f o r m a t i o n C e n t e r f o r P r o t e i n S e -
q u e n c e s ) p r z e c h o w u j c a g e n o m y g r z y b ó w , s e k w e n c j e b i a Bk o w e i d o d a t k o w e a d n o t a -
c j e ; b a z a b i a Be k t r a n s m e m b r a n o w y c h ( p r z e n i k a j c y c h b Bo n k o m ó r k o w ) d r o |d |y
Y e a s t T r a n s p o r t P r o t e i n D a t a b a s e ( Y T P d b ) [ 2 9 ] ; i i n . , a l e r ó w n i e | d l a i n n y c h g r z y -
b ó w , n p . b a z a i n f o r m a c j i g e n e t y c z n e j i b i a Bk o w e j d l a k r o p i d l a k a A s p e r g i l l u s f u m i g a -
1
C a e n o r h a b d i t i s e l e g a n s w o l n o |y j c y n i c i e D, o d Bu g o [c i o k . 1 m m w y s t p u j c y w g l e b a c h k l i m a t u
u m i a r k o w a n e g o , u |y w a n y j a k o m o d e l o w y o r g a n i z m w e w s p ó Bc z e s n e j g e n e t y c e i b i o l o g i i [ 1 8 ] .
2
R z o d k i e w n i k p o s p o l i t y ( A r a b i d o p s i s t h a l i a n a ) - c h w a s t
1 1 1
( c ) C o p y r i g h t b y P o l i t e c h n i k a Zl s k a , I n s t y t u t I n f o r m a t y k i , G l i w i c e 2 0 0 6
w w w . b d a s . p l
R o z d z i a B m o n o g r a f i i : ' B a z y D a n y c h : S t r u k t u r y , A l g o r y t m y , M e t o d y ' , K o z i e l s k i S . , M a By s i a k B . , K a s p r o w s k i P . , M r o z e k D . ( r e d . ) , W K A 2 0 0 6
D . M r o z e k , B . M a By s i a k
t u s T I G R D a t a b a s e [ 3 0 ] c z y p l e [n i a w k i ( Ba c . C a n d i d a a l b i c a n s ) C a n d i d a G e n o m e
D a t a b a s e [ 3 1 ] ;
- b a k t e r i e ( a n g . b a c t e r i a ) , n p . : b a z a d a n y c h E C D C [ 3 2 ] b d c a k o l e k c j d a n y c h
b i o l o g i c z n y c h n a t e m a t b a k t e r i i E . c o l i 3 ; w Ba [c i w e s e k c j e b a z y d a n y c h S w i s s P r o t [ 3 3 ]
p r z e c h o w u j c e i n f o r m a c j e o s e k w e n c j a c h b i a Bk o w y c h b a k t e r i i ; s i e b a z d a n y c h u d o s -
t p n i o n a p r z e z j a p o Ds k i p o r t a l W F C C - M I R C E N W o r l d D a t a C e n t r e f o r M i c r o o r g a -
n i s m s ( W D C M ) [ 3 4 ] d a j c y p e Bn y p r z e g l d i n f o r m a c j i o c h a r a k t e r z e m o l e k u l a r n y m
i g e n e t y c z n y m n a t e m a t b a k t e r i i i i n n y c h m i k r o o r g a n i z m ó w ; o r a z w i e l e i n n y c h r e p o -
z y t o r i ó w d a n y c h d e d y k o w a n y c h d l a r ó |n y c h r o d z a j ó w b a k t e r i i ;
- m i k r o o r g a n i z m y t y p u a r c h a e a 4 , n p . : b a z a d a n y c h g e n o m ó w D O G A N [ 3 5 ] j a p o Ds k i e -
g o N a t i o n a l I n s t i t u t e o f T e c h n o l o g y a n d E v a l u a t i o n d l a o r g a n i z m u A e r o p y r u m p e r n i x
o r a z i n n y c h o r g a n i z m ó w t e j g r u p y ; p o d s e k c j a f r a n c u s k i e j b a z y d a n y c h s e k w e n c j i
D N A i b i a Bk o w y c h P y r o c o c c u s a b y s s i g e n o m e d a t a b a s e ( G e n o s c o p e ) [ 3 6 ] d o t y c z c a
o r g a n i z m ó w P y r o c o c c u s a b y s s i ; j a p o Ds k a b a z a g e n ó w i s e k w e n c j i b i a Bk o w y c h
A R C H A I C ( A R C H A e b a c t e r i a l I n f o r m a t i o n C o l l e c t i o n ) [ 3 7 ] ; i i n . ;
- w i r u s y i b a k t e r i o f a g i ( a n g . v i r u s e s a n d p h a g e s ) , n p . e u r o p e j s k a b a z a E u r o p e a n H e p a -
t i t i s C V i r u s d a t a b a s e ( e u H C V d b ) [ 3 8 ] z o r i e n t o w a n a n a o p i s s e k w e n c j i D N A i b i a B-
k o w y c h , s t r u k t u r y i f u n k c j i b i o l o g i c z n y c h w i r u s a H C V ( k t ó r y p o w o d u j e w i r u s o w e
z a p a l e n i e w t r o b y t y p u C ) ; d a n e o s e k w e n c j a c h D N A w i r u s a s e k s t r a h o w a n e d o
e u H C V d b z b a n k u g e n ó w E M B L 5 N u c l e o t i d e [ 3 9 ] ( f a k t y c z n i e , s t o t e s a m e d a n e c o
w G e n B a n k [ 2 3 ] ) ; z b i ó r b a z d a n y c h H I V D a t a b a s e s [ 4 0 ] w L o s A l a m o s N a t i o n a l
L a b o r a t o r y z a w i e r a j c y k o m p l e t d a n y c h b i o l o g i c z n y c h d o t y c z c y c h w i r u s a H I V ;
b a z a d a n y c h s e k w e n c j i n u k l e o t y d o w y c h i s t r u k t u r p i k o r n a w i r u s ó w 6 [ 4 1 ] i i n . ;
a ) b )
R y s . 3 . W y b r a n e o r g a n i z m y w p o w i k s z e n i u : a ) p a Be c z k a o k r |n i c y E . c o l i , b ) w i r u s H C V
( zr ó d Bo o b r a z ó w : [ 7 ] )
3
P a Be c z k a o k r |n i c y ( E s c h e r i c h i a c o l i ) , b a k t e r i a w c h o d z c a w s k Ba d f i z j o l o g i c z n e j f l o r y b a k t e r y j n e j
j e l i t a g r u b e g o c z Bo w i e k a o r a z z w i e r z t s t a Bo c i e p l n y c h , s p e Bn i a p o |y t e c z n r o l , u c z e s t n i c z c w r o z -
k Ba d z i e p o k a r m u , a t a k |e p r z y c z y n i a j c s i d o p r o d u k c j i w i t a m i n z g r u p y B , C o r a z K . M o |e m i e
j e d n a k s z k o d l i w e d z i a Ba n i e k i e d y p r z e d o s t a j e s i z j e l i t a d o i n n y c h n a r z d ó w l u b k i e d y o r g a n i z m z a -
r a |a s i j e d n y m z e s z k o d l i w y c h s z c z e p ó w b a k t e r i i s z c z e g ó l n i e n i e b e z p i e c z n y j e s t s z c z e p o z n a c z o n y
j a k o E . c o l i O 1 5 7 : H 7 .
4
A r c h e a t o m i k r o o r g a n i z m y ( n i e b a k t e r i e ) , k t ó r e |y j w s k r a j n i e n i e k o r z y s t n y c h w a r u n k a c h .
5
E u r o p e a n M o l e c u l a r B i o l o g y L a b o r a t o r y ( h t t p : / / w w w . e m b l . o r g / ) E u r o p e j s k i e L a b o r a t o r i u m B i o l o -
g i i M o l e k u l a r n e j z s i e d z i b w H e i d e l b e r g , N i e m c y ; j e g o c z [c i j e s t E u r o p e a n B i o i n f o r m a t i c s I n s t i t u -
t e , C a m b r i d g e , U K
6
P i k o r n a w i r u s y , w i r u s y z r o d z i n y P i c o r n a v i r i d a e , m a Be w i r u s y z a w i e r a j c e R N A j a k o m a t e r i a B g e n e t . ;
p a t o g e n n e d l a s s a k ó w ( n i e k t ó r e t a k |e d l a c z Bo w i e k a ) , n a m n a |a j s i g B. w p r z e w o d z i e p o k a r m o w y m
i w u k Ba d z i e o d d e c h o w y m ; n a l e | d o n i c h r o d z a j e : P o l i o v i r u s , C o x s a c k i e v i r u s , E c h o v i r u s , P i c o r n a v i -
r u s , E n t e r o v i r u s i i n . ( zr ó d Bo : E n c y k l o p e d i a P W N )
1 1 2
( c ) C o p y r i g h t b y P o l i t e c h n i k a Zl s k a , I n s t y t u t I n f o r m a t y k i , G l i w i c e 2 0 0 6
w w w . b d a s . p l
R o z d z i a B m o n o g r a f i i : ' B a z y D a n y c h : S t r u k t u r y , A l g o r y t m y , M e t o d y ' , K o z i e l s k i S . , M a By s i a k B . , K a s p r o w s k i P . , M r o z e k D . ( r e d . ) , W K A 2 0 0 6
B i o i n f o r m a t y c z n e b a z y d a n y c h r o l a , m i e j s c e i k l a s y f i k a c j a
M o |n a t a k |e w y r ó |n i b a z y d a n y c h u k i e r u n k o w a n e n a o k r e [l o n e p o d j e d n o s t k i k o m ó r k o w e
r ó |n y c h o r g a n i z m ó w , n p . t a k i e p o d j e d n o s t k i j a k : m i t o c h o n d r i a 7 i c h l o r o p l a s t y 8 ( a n g . m i t o -
c h o n d r i o n a n d c h l o r o p l a s t ) , n p . k a n a d y j s k a b a z a G O B A S E T h e O r g a n e l l e G e n o m e D a t a -
b a s e [ 4 2 ] , w k t ó r e j s k Ba d o w a n e s s e k w e n c j e n u k l e o t y d ó w , s e k w e n c j e b i a Bk o w e , d o p a s o w a -
n i a w i e l u s e k w e n c j i , s t r u k t u r y d r u g o r z d o w e b i a Be k i R N A , m a p y g e n o m o w e o r a z r ó |n e g o
r o d z a j u o b r a z y ; c z [ i n f o r m a c j i w b a z i e G O B A S E j e s t e k s t r a h o w a n a z b a z y s e k w e n c j i
D N A i R N A G e n B a n k [ 2 3 ] ; b a z a s e k w e n c j i D N A m i t o c h o n d r i a l n e g o m i t B A S E [ 4 3 ] .
3 S y s t e m y z i n t e g r o w a n e g o d o s t p u d o b i o i n f o r m a t y c z n y c h b a z d a n y c h
D u |a l i c z b a zr ó d e B d a n y c h o c h a r a k t e r z e b i o l o g i c z n y m s p r a w i a , |e i c h p r z e s z u k i w a n i e
m o |e b y b a r d z o t r u d n y m z a d a n i e m , z w Ba s z c z a d l a p o c z t k u j c y c h p o s z u k i w a c z y i n f o r -
m a c j i b i o c h e m i c z n e j . S p r a w d o d a t k o w o k o m p l i k u j e f a k t , |e i s t n i e j e w i e l e b a z s p e c j a l i z u -
j c y c h s i t y l k o w w y b r a n y m o p i s i e p e w n y c h z j a w i s k n a p o z i o m i e m o l e k u l a r n y m , n p . n i e -
z a l e |n e b a z y z b i e r a j c e i n f o r m a c j e o s e k w e n c j a c h a m i n o k w a s ó w , s t r u k t u r a c h b i a Be k i i n -
n y c h w Ba [c i w o [c i a c h b i o m o l e k u B. W s z y s t k o t o p o w o d u j e , |e z Ba t w o [c i m o |n a s i z g u b i
w [w i e c i e b i o i n f o r m a t y c z n y c h b a z d a n y c h . P r o b l e m t e n w d u |e j m i e r z e m i n i m a l i z u j s i e -
c i o w e ( i n t e r n e t o w e ) s y s t e m y s c e n t r a l i z o w a n e g o d o s t p u d o b i o i n f o r m a t y c z n y c h b a z d a -
n y c h , k t ó r e k o n c e n t r u j d a n e : o p i s u j c e r ó |n e o r g a n i z m y , d o t y c z c e r ó |n y c h p o z i o m ó w
o p i s u b i a Be k i i n n y c h c z s t e k , p o c h o d z c e b e z p o [r e d n i o z b a d a D l a b o r a t o r y j n y c h l u b w y -
p r o w a d z o n e n a p o d s t a w i e i s t n i e j c y c h j u | d a n y c h . S y s t e m y t e g o t y p u u d o s t p n i a j o g r o m -
n e z b i o r y d a n y c h , n a j c z [c i e j n i e o d p Ba t n i e , a t a k |e z e s t a w n a r z d z i u m o |l i w i a j c y c h w y -
s z u k i w a n i e i n t e r e s u j c e j i n f o r m a c j i . U d o s t p n i o n e n a r z d z i a i m p l e m e n t u j n a j n o w s z e m e -
t o d y w z a k r e s i e p r z e t w a r z a n i a d a n y c h b i o l o g i c z n y c h . N a p e w n y m e t a p i e , p r z e t w a r z a n i e d a -
n y c h z w y k o r z y s t a n i e m p r z e g l d a r e k i n t e r n e t o w y c h m o |e o k a z a s i d u |y m o g r a n i c z e -
n i e m , j e d n a k |e j e s t t o b a r d z o d o b r e m i e j s c e , a b y r o z p o c z s w o j p r z y g o d z b i o i n f o r m a t y -
k i o g r o m e m i n f o r m a c j i j e j d o t y c z c y c h . P r z y k Ba d e m s y s t e m u s c e n t r a l i z o w a n e g o d o s t p u
d o b i o i n f o r m a t y c z n y c h b a z d a n y c h m o |e b y s e r w i s E u r o p e a n B i o i n f o r m a t i c s I n s t i t u t e E B I
( r y s . 4 ) , k t ó r y g r u p u j e d a n e z p o n a d 1 5 0 r o z p r o s z o n y c h b a z d a n y c h [ 7 ] . U d o s t p n i a o n
p o n a d t o o d p o w i e d n i e n a r z d z i a w y s z u k i w a n i a i n f o r m a c j i w r ó |n y c h b a z a c h d a n y c h , m . i n .
n a r z d z i a S R S ( S e q u e n c e R e t r i e v a l S y s t e m ) d l a d a n y c h s e k w e n c y j n y c h i S R S 3 D [ 4 4 ] d l a
d a n y c h s t r u k t u r a l n y c h . U |y t k o w n i k m o |e w y b r a , z k t ó r b a z d a n y c h c h c e w s p ó Bp r a c o -
w a b a z y p o g r u p o w a n e s z g o d n i e z k l a s y f i k a c j z e w z g l d u n a p o z i o m o p i s u m o l e k u l a r -
n e g o , n p . b a z y s e k w e n c j i n u k l e o t y d o w y c h , b a z y s e k w e n c j i a m i n o k w a s ó w , n a t o m i a s t
p o d s e k c j e k a |d e j z b a z p r z y d z i e l o n e s d l a r ó |n y c h o r g a n i z m ó w / g a t u n k ó w z g o d n i e z p o -
d z i a Be m o r g a n i z m ó w p o d o b n y m d o p r z e d s t a w i o n e g o w p o d r o z d z i a l e 2 . 2 . P o d o b n e
p r z e z n a c z e n i e m a s y s t e m E n t r e z [ 4 5 ] a m e r y k a Ds k i e j o r g a n i z a c j i N C B I . E n t r e z j e s t o p a r t y m
n a w y s z u k i w a n i u t e k s t o w y m s y s t e m e m d o s t p u d o i n f o r m a c j i b i o l o g i c z n e j . P o d z i a B b a z
d a n y c h j e s t p o d o b n y j a k w p r z y p a d k u s y s t e m u E B I . O b a s y s t e m y u d o s t p n i a j w Ba s n e b a z y
d a n y c h b i o l o g i c z n y c h , j a k r ó w n i e | b a z y s t o w a r z y s z o n e , p i e r w o t n i e r o z w i j a n e p r z e z i n n e
o r g a n i z a c j e . K a |d y z s y s t e m ó w u d o s t p n i a t a k |e n a r z d z i a u m o |l i w i a j c e d e p o n o w a n i e
d a n y c h p o c h o d z c y c h z p r z e p r o w a d z o n y c h b a d a D o r a z n a r z d z i a a p r o k s y m a c y j n e g o w y -
s z u k i w a n i a i n f o r m a c j i , t a k i e j a k n p . B L A S T [ 4 6 ] .
7
M i t o c h o n d r i u m t o o r g a n e l l a ( j e d n o s t k a ) k o m ó r k i e u k a r i o t y c z n e j , w k t ó r e j z a c h o d z p r o c e s y b d c e
g Bó w n y m zr ó d Be m e n e r g i i ( A T P ) d l a k o m ó r k i , w s z c z e g ó l n o [c i p r o c e s f o s f o r y l a c j i o k s y d a c y j n e j [ 1 8 ] .
8
C h l o r o p l a s t t o o t o c z o n a p o d w ó j n b Bo n b i a Bk o w o - l i p i d o w o r g a n e l l a k o m ó r k o w a r o [l i n i e u k a r i o -
t y c z n y c h g l o n ó w , w k t ó r e j z a c h o d z i p r o c e s f o t o s y n t e z y [ 1 8 ] .
1 1 3
( c ) C o p y r i g h t b y P o l i t e c h n i k a Zl s k a , I n s t y t u t I n f o r m a t y k i , G l i w i c e 2 0 0 6
w w w . b d a s . p l
R o z d z i a B m o n o g r a f i i : ' B a z y D a n y c h : S t r u k t u r y , A l g o r y t m y , M e t o d y ' , K o z i e l s k i S . , M a By s i a k B . , K a s p r o w s k i P . , M r o z e k D . ( r e d . ) , W K A 2 0 0 6
D . M r o z e k , B . M a By s i a k
R y s . 4 . S y s t e m z i n t e g r o w a n e g o d o s t p u d o b i o i n f o r m a t y c z n y c h b a z d a n y c h E u r o p e a n B i o -
i n f o r m a t i c s I n s t i t u t e ( E B I , h t t p : / / w w w . e b i . a c . u k / s e r v i c e s / )
4 P o d s u m o w a n i e
B i o i n f o r m a t y k a j e s t d z i e d z i n n a u k i , k t ó r a w s p o m a g a n a u k o w c ó w w p r z e t w a r z a n i u
o g r o m n e j i l o [c i d a n y c h p o c h o d z c y c h z e k s p e r y m e n t ó w i b a d a D b i o l o g i c z n y c h . D a n e
o c h a r a k t e r z e b i o l o g i c z n y m s p r z e c h o w y w a n e w s p e c j a l n i e d o t e g o c e l u s t w o r z o n y c h
b i o i n f o r m a t y c z n y c h b a z a c h d a n y c h . W r o z d z i a l e p r z e d s t a w i o n o d w a s p o s o b y k l a s y f i k a c j i
b i o i n f o r m a t y c z n y c h b a z d a n y c h : z e w z g l d u n a zr ó d Bo p o c h o d z e n i a d a n y c h o r a z z e
w z g l d u n a g a t u n e k / o r g a n i z m , k t ó r e g o d a n e s g r o m a d z o n e . W p r e z e n t o w a n y c h
z e s t a w i e n i a c h p o d a n o k i l k a w y b r a n y c h b a z d a n y c h d l a o d p o w i e d n i e g o g a t u n k u / o r g a n i z m u .
N a l e |y j e d n a k p a m i t a , |e t a k i c h b a z j e s t b a r d z o w i e l e . N i e s p o s ó b w y m i e n i w s z y s t k i c h ,
a i p o t e n c j a l n a l i s t a t a k i c h b a z s z y b k o z d e z a k t u a l i z o w a Ba b y s i , b o w i e m c o d z i e n n i e
p r z y b y w a n o w y c h o b s z a r ó w b a d a D i g r u p b a d a w c z y c h z a j m u j c y c h s i w y b r a n d z i e d z i n
l u b g a t u n k i e m . B a r d z o w i e l e z b a z d a n y c h z o r i e n t o w a n y c h n a o k r e [l o n y g a t u n e k w y m i e n i a
s w o j e d a n e z c e n t r a l n y m i r e p o z y t o r i a m i , t a k i m i j a k : b a n k g e n ó w G e n B a n k , c z y b a n k
s e k w e n c j i b i a Bk o w y c h E M B L U n i p r o t / S w i s s P r o t [ 4 7 ] . D a n e t e s n a s t p n i e p o d d a w a n e
a n a l i z i e p r o w a d z o n e j p r z e z g r u p y f a c h o w c ó w s p e c j a l i z u j c y c h s i w o k r e [l o n y m g a t u n k u .
O t r z y m a n e n a p o d s t a w i e a n a l i z d a n e s s k Ba d o w a n e w l o k a l n y c h b a z a c h d a n e g o z e s p o Bu
b a d a w c z e g o i m o g b y u d o s t p n i a n e p u b l i c z n i e p o p r z e z p o r t a l e i n t e r n e t o w e p r o w a d z o n e
p r z e z t e z e s p o By . O t r z y m a n e d a n e m o g b y r ó w n i e | d e p o n o w a n e w c e n t r a l n y c h r e p o z y t o -
r i a c h ( o i l e w c z e [n i e j p r z e j d o d p o w i e d n i p r o c e s w a l i d a c j i i r e w i z j i ) i u d o s t p n i o n e z a
p o [r e d n i c t w e m s y s t e m ó w s c e n t r a l i z o w a n e g o d o s t p u , t a k i c h j a k : E B I S R S c z y N C B I
E n t r e z .
1 1 4
( c ) C o p y r i g h t b y P o l i t e c h n i k a Zl s k a , I n s t y t u t I n f o r m a t y k i , G l i w i c e 2 0 0 6
w w w . b d a s . p l
R o z d z i a B m o n o g r a f i i : ' B a z y D a n y c h : S t r u k t u r y , A l g o r y t m y , M e t o d y ' , K o z i e l s k i S . , M a By s i a k B . , K a s p r o w s k i P . , M r o z e k D . ( r e d . ) , W K A 2 0 0 6
B i o i n f o r m a t y c z n e b a z y d a n y c h r o l a , m i e j s c e i k l a s y f i k a c j a
L i t e r a t u r a
1 . U . S . D e p a r t m e n t o f H e a l t h a n d H u m a n S e r v i c e s , U . S . D e p a r t m e n t o f E n e r g y , U n d e r s t a n d i n g o u r
g e n e t i c i n h e r i t a n c e - t h e U . S . H u m a n G e n o m e P r o j e c t . D O E / E R - 0 4 5 2 P . N I H P u b l i c a t i o n N o .
9 0 - 1 5 9 0 .
2 . H i g g i n s D . ( e d . ) , T a y l o r W . ( e d . ) , B i o i n f o r m a t i c s : S e q u e n c e , S t r u c t u r e a n d D a t a b a n k s A P r a c -
t i c a l A p p r o a c h , O x f o r d U n i v e r s i t y P r e s s , 2 0 0 0 .
3 . L e s k A . M . , I n t r o d u c t i o n t o B i o i n f o r m a t i c s , O x f o r d U n i v e r s i t y P r e s s , 2 0 0 2 .
4 . M o u n t D . W . , B i o i n f o r m a t i c s : S e q u e n c e a n d G e n o m e A n a l y s i s , C o l d S p r i n g H a r b o r L a b o r a t o r y
P r e s s , 2 0 0 1 .
5 . A t t w o o d T . K . , P a r r y - S m i t h D . J . , I n t r o d u c t i o n t o B i o i n f o r m a t i c s , P r e n t i c e H a l l , 1 9 9 9 .
6 . B a x e v a n i s A . D . , O u e l l e t t e B . F . F . : B i o i n f o r m a t i c s . A P r a c t i c a l G u i d e t o t h e A n a l y s i s o f G e n e s
a n d P r o t e i n s . J o h n W i l e y & S o n s , I n c . 2 0 0 1 .
7 . O u z o u n i s C h . , G o l d m a n N . , R i c e P . , L o p e z R . , B i o i n f o r m a t i c s E d u c a t i o n a l R e s o u r c e o f t h e
E u r o p e a n B i o i n f o r m a t i c s I n s t i t u t e ( E B I ) , h t t p : / / w w w . e b i . a c . u k /
8 . D i c k e r s o n R . E . , G e i s I . : T h e s t r u c t u r e a n d a c t i o n o f p r o t e i n s . 2 n d e d . B e n j a m i n / C u m m i n g s ,
R e d w o o d C i t y , C a l i f . C o n c i s e , 1 9 8 1 .
9 . M u r r a y R . K . , D a r y l K . G . , M a y e s P . A . , R o d w e l l V . W . : B i o c h e m i a H a r p e r a . W y d a w n i c t w o
L e k a r s k i e P Z W L , W a r s z a w a 1 9 9 5 .
1 0 . R i c h a r d s o n J . S . , R i c h a r d s o n D . C . , T w e e d y N . B . , G e r n e r t K . M . , Q u i n n T . P . e t a l . : L o o k i n g a t
p r o t e i n s : r e p r e s e n t a t i o n s , f o l d i n g , p a c k i n g a n d d e s i g n . B i o p h y s . J . , 6 3 : 1 1 8 6 -ð- 1 2 2 0 , 1 9 9 2 .
1 1 . B e r m a n H . M . , W e s t b r o o k J . , F e n g Z . , G i l l i l a n d G . , B h a t T . N . , W e i s s i g H . , S h i n d y a l o v I . N . a n d
B o u r n e P . E . : T h e P r o t e i n D a t a B a n k . N u c l e i c A c i d s R e s . , 2 8 , 2 3 5 2 4 2 , 2 0 0 0 .
1 2 . F r e z a l J . : G e n a t l a s d a t a b a s e , g e n e s a n d d e v e l o p m e n t d e f e c t s . C . R . A c a d . S c i . I I I , 3 2 1 , 8 0 5
8 1 7 , 1 9 9 8 .
1 3 . S a l a m o v A . A . , N i s h i k a w a T . a n d S w i n d e l l s M . B . : A s s e s s i n g p r o t e i n c o d i n g r e g i o n i n t e g r i t y i n
c D N A s e q u e n c i n g p r o j e c t s . B i o i n f o r m a t i c s 1 4 ( 5 ) : 3 8 4 - 9 0 , 1 9 9 8 .
1 4 . A g a t o n C . , U h l e n M . , H o b e r S . : G e n o m e - b a s e d p r o t e o m i c s . E l e c t r o p h o r e s i s 2 5 ( 9 ) : 1 2 8 0 - 8 , 2 0 0 4 .
1 5 . B l a k e J . A . , R i c h a r d s o n J . E . , D a v i s s o n M . T . , E p p i g J . T . a n d t h e M o u s e G e n o m e I n f o r m a t i c s
G r o u p : T h e M o u s e G e n o m e D a t a b a s e ( M G D ) . A c o m p r e h e n s i v e p u b l i c r e s o u r c e o f g e n e t i c ,
p h e n o t y p i c a n d g e n o m i c d a t a . N u c l e i c A c i d s R e s . , 2 5 : 8 5 - 9 1 , 1 9 9 7 .
1 6 . T w i g g e r S . , L u J . , S h i m o y a m a M . , C h e n D . , e t a l . : R a t G e n o m e D a t a b a s e ( R G D ) : m a p p i n g
d i s e a s e o n t o t h e g e n o m e . N u c l e i c A c i d s R e s . 3 0 ( 1 ) : 1 2 5 - 8 , 2 0 0 2 .
1 7 . H u J . , M u n g a l l C . , L a w A . , P a p w o r t h R . , e t a l . : T h e A R K d b : g e n o m e d a t a b a s e s f o r f a r m e d a n d
o t h e r a n i m a l s . N u c l e i c A c i d s R e s . , 2 9 ( 1 ) : 1 0 6 - 1 0 , 2 0 0 1 .
1 8 . W i k i p e d i a - W o l n a E n c y k l o p e d i a , h t t p : / / p l . w i k i p e d i a . o r g /
1 9 . A s h b u r n e r M . , D r y s d a l e R . : F l y B a s e t h e D r o s o p h i l a g e n e t i c d a t a b a s e . D e v e l o p m e n t .
1 2 0 ( 7 ) : 2 0 7 7 - 9 , 1 9 9 4 .
2 0 . C u r w e n V . , E y r a s E . , A n d r e w s T . D . , C l a r k e L . , M o n g i n E . , S e a r l e S . M . , C l a m p M . . : T h e
E n s e m b l a u t o m a t i c g e n e a n n o t a t i o n s y s t e m . G e n o m e R e s . 1 4 ( 5 ) : 9 4 2 - 5 0 , 2 0 0 4 .
2 1 . K r e p p e l L . , F e y P . , G a u d e t P . , J u s t E . , K i b b e W . A . , C h i s h o l m R . L . , K i m m e l A . R . : d i c t y B a s e :
a n e w D i c t y o s t e l i u m d i s c o i d e u m g e n o m e d a t a b a s e . N u c l e i c A c i d s R e s . , 3 2 ( D a t a b a s e i s s u e ) :
D 3 3 2 - 3 , 2 0 0 4 .
2 2 . S t e i n L . , S t e r n b e r g P . , D u r b i n R . , T h i e r r y - M i e g J . , S p i e t h J . : W o r m B a s e : n e t w o r k a c c e s s t o t h e
g e n o m e a n d b i o l o g y o f C a e n o r h a b d i t i s e l e g a n s . N u c l e i c A c i d s R e s . , 2 9 ( 1 ) : 8 2 - 6 , 2 0 0 1 .
2 3 . B e n s o n D . A . , K a r s c h - M i z r a c h i I . , L i p m a n D . J . , O s t e l l J . , W h e e l e r D . L . : G e n B a n k : u p d a t e . N u -
c l e i c A c i d s R e s . , 3 2 ( D a t a b a s e i s s u e ) : D 2 3 - 6 , 2 0 0 4 .
2 4 . K i s s i n g e r J . C . , G a j r i a B . , L i L . , P a u l s e n I . T . , R o o s D . S . : T o x o D B : a c c e s s i n g t h e T o x o p l a s m a
g o n d i i g e n o m e . N u c l e i c A c i d s R e s . , 3 1 ( 1 ) : 2 3 4 - 6 , 2 0 0 3 .
2 5 . M c C a r t h y S . : U S D A ' s P l a n t G e n o m e R e s e a r c h P r o g r a m . B u l l M e d L i b r A s s o c . 8 1 ( 3 ) : 2 7 8 - 8 1 ,
1 9 9 3 .
2 6 . O u y a n g S . , B u e l l C . R . . : T h e T I G R P l a n t R e p e a t D a t a b a s e s : a c o l l e c t i v e r e s o u r c e f o r t h e
i d e n t i f i c a t i o n o f r e p e t i t i v e s e q u e n c e s i n p l a n t s . N u c l e i c A c i d s R e s . , 3 2 ( D a t a b a s e i s s u e ) : D 3 6 0 - 3 ,
2 0 0 4 .
1 1 5
( c ) C o p y r i g h t b y P o l i t e c h n i k a Zl s k a , I n s t y t u t I n f o r m a t y k i , G l i w i c e 2 0 0 6
w w w . b d a s . p l
R o z d z i a B m o n o g r a f i i : ' B a z y D a n y c h : S t r u k t u r y , A l g o r y t m y , M e t o d y ' , K o z i e l s k i S . , M a By s i a k B . , K a s p r o w s k i P . , M r o z e k D . ( r e d . ) , W K A 2 0 0 6
D . M r o z e k , B . M a By s i a k
2 7 . R a t h i n a v e l u R . : I n s i g h t s o n C o f f e e D N A : a D a t a b a s e o f C o f f e e G e n o m i c s , p u b l i k a c j a
i n t e r n e t o w a I n t e r n a t i o n a l C e n t r e f o r S c i e n c e a n d H i g h T e c h n o l o g y i U n i t e d N a t i o n s I n d u s t r i a l
D e v e l o p m e n t O r g a n i z a t i o n . h t t p : / / w w w . i c s . t r i e s t e . i t /
2 8 . M e w e s H . W . , A l b e r m a n n K . , H e u m a n n K . , L i e b l S . , P f e i f f e r F . : M I P S : a d a t a b a s e f o r p r o t e i n s e -
q u e n c e s , h o m o l o g y d a t a a n d y e a s t g e n o m e i n f o r m a t i o n . N u c l e i c A c i d s R e s . , 2 5 ( 1 ) : 2 8 - 3 0 , 1 9 9 7 .
2 9 . A n d r é B . : A n o v e r v i e w o f m e m b r a n e t r a n s p o r t p r o t e i n s i n S a c c h a r o m y c e s c e r e v i s i a e . Y e a s t 1 1 ,
1 5 7 5 - 1 6 1 1 , 1 9 9 5 .
3 0 . N i e r m a n W . C . , M a y G . , K i m H . S . , A n d e r s o n M . J . , C h e n D . , D e n n i n g D . W . : W h a t t h e A s p e r g i l l -
u s g e n o m e s h a v e t o l d u s . M e d M y c o l . , 4 3 S u p p l 1 : S 3 - 5 , 2 0 0 5 .
3 1 . A r n a u d M . B . , C o s t a n z o M . C . , S k r z y p e k M . S . , B i n k l e y G . , L a n e C . , M i y a s a t o S . R . , S h e r l o c k G . :
T h e C a n d i d a G e n o m e D a t a b a s e ( C G D ) , a c o m m u n i t y r e s o u r c e f o r C a n d i d a a l b i c a n s g e n e a n d
p r o t e i n i n f o r m a t i o n . N u c l e i c A c i d s R e s . , 3 3 ( D a t a b a s e i s s u e ) : D 3 5 8 - 6 3 , 2 0 0 5 .
3 2 . K r o e g e r M . a n d W a h l R . : C o m p i l a t i o n o f D N A s e q u e n c e s o f E s c h e r i c h i a c o l i K 1 2 ; d e s c r i p t i o n
o f t h e i n t e r a c t i v e d a t a b a s e s E C D a n d E C D C ( u p d a t e 1 9 9 6 ) N u c l e i c A c i d s R e s . , 2 5 : 3 9 - 4 2 , 1 9 9 7 .
3 3 . B a i r o c h A . , A p w e i l e r R . : T h e S W I S S - P R O T p r o t e i n s e q u e n c e d a t a b a n k a n d i t s n e w s u p p l e m e n t
T R E M B L . N u c l e i c A c i d s R e s . , 2 4 ( 1 ) : 2 1 - 5 , 1 9 9 6 .
3 4 . K o m a g a t a K . : M i c r o b i a l r e s o u r c e c e n t e r s i n J a p a n a n d A s i a . I n S . S u g a w a r a , a n d S . M i y a z a k i
( e d . ) , M i c r o b i a l r e s o u r c e c e n t e r s i n t h e 2 1 s t c e n t u r y : n e w p a r a d i g m s . W F C C - M I R C E N W o r l d
D a t a C e n t r e f o r M i c r o o r g a n i s m s , S h i z u o k a , J a p a n , 1 9 9 9 .
3 5 . K a w a r a b a y a s i Y . , H i n o Y . , H o r i k a w a H . , Y a m a z a k i S . , H a i k a w a Y . , J i n n o K . , e t a l . : C o m p l e t e
g e n o m e s e q u e n c e o f a n a e r o b i c h y p e r - t h e r m o p h i l i c c r e n a r c h a e o n , A e r o p y r u m p e r n i x K 1 . D N A
R e s . , 6 ( 2 ) : 8 3 - 1 0 1 , 1 4 5 - 5 2 , 1 9 9 9 .
3 6 . C o h e n G . , B a r b e V . , F l a m e n t D . , G a l p e r i n M . , e t a l . : A n i n t e g r a t e d a n a l y s i s o f t h e g e n o m e o f t h e
h y p e r t h e r m o p h i l i c a r c h a e o n P y r o c o c c u s a b y s s i . M o l M i c r o b i o l . , 4 7 : 1 4 9 5 - 5 1 2 , 2 0 0 3 .
3 7 . H i g u c h i S . , K a w a s h i m a T . , S u z u k i M . : C o m p a r i s o n o f p a t h w a y s f o r a m i n o a c i d b i o s y n t h e s i s i n
a r c h a e b a c t e r i a u s i n g t h e i r g e n o m i c D N A s e q u e n c e s . P r o c . J a p a n A c a d . , 7 5 B , 2 4 1 - 2 4 5 , 1 9 9 9 .
3 8 . C o m b e t C . , P e n i n F . , G e o u r j o n C . , D e l e a g e G . : H C V D B : h e p a t i t i s C v i r u s s e q u e n c e s d a t a b a s e .
A p p l B i o i n f o r m a t i c s , 3 ( 4 ) : 2 3 7 - 4 0 , 2 0 0 4 .
3 9 . S t o e s s e r G . , S t e r k P . , T u l i M . A . , S t o e h r P . J . , C a m e r o n G . N . . : T h e E M B L N u c l e o t i d e S e q u e n c e
D a t a b a s e . N u c l e i c A c i d s R e s . 2 5 ( 1 ) : 7 - 1 4 , 1 9 9 7 .
4 0 . M y e r s G . , J o s e p h s S . F . , R a b s o n A . B . , S m i t h T . F . : H u m a n R e t r o v i r u s e s a n d A I D S 1 9 8 7 : A
C o m p i l a t i o n a n d A n a l y s i s o f N u c l e i c A c i d a n d A m i n o A c i d S e q u e n c e s . E d s . T h e o r e t i c a l
B i o l o g y a n d B i o p h y s i c s G r o u p , L o s A l a m o s N a t i o n a l L a b o r a t o r y , L o s A l a m o s , N M , 1 9 8 7 .
4 1 . K i n g A . M . Q . , B r o w n F . , C h r i s t i a n P . , e t a l . : P i c o r n a v i r i d a e . I n " V i r u s T a x o n o m y : T h e
C l a s s i f i c a t i o n a n d N o m e n c l a t u r e o f V i r u s e s . T h e S e v e n t h R e p o r t o f t h e I n t e r n a t i o n a l C o m m i t t e e
o n T a x o n o m y o f V i r u s e s " . E d s . V a n R e g e n m o r t e l , M . H . V . , e t a l . , A c a d e m i c P r e s s , S a n D i e g o ,
p p . 6 5 7 - 6 7 3 .
4 2 . K o r a b - L a s k o w s k a M . , R i o u x P . , B r o s s a r d N . , L i t t l e j o h n T . G . , G r a y M . W . , L a n g B . F . , B u r g e r G . :
T h e O r g a n e l l e G e n o m e D a t a b a s e P r o j e c t ( G O B A S E ) . N u c l e i c A c i d s R e s . , 2 6 ( 1 ) : 1 3 8 - 4 4 , 1 9 9 8 .
4 3 . A t t i m o n e l l i M . , A l t a m u r a N . , B e n n e R . , B o y e n C . , e t a l . : M i t B A S E : a c o m p r e h e n s i v e a n d
i n t e g r a t e d m i t o c h o n d r i a l D N A d a t a b a s e . N u c l e i c A c i d s R e s . , 2 7 ( 1 ) : 1 2 8 - 3 3 , 1 9 9 9 .
4 4 . O ' D o n o g h u e S . I . , M e y e r J . E . , S c h a f f e r h a n s A . , F r i e s K . : T h e S R S 3 D m o d u l e : i n t e g r a t i n g
s t r u c t u r e s , s e q u e n c e s a n d f e a t u r e s . B i o i n f o r m a t i c s , 2 0 ( 1 5 ) : 2 4 7 6 - 8 , 2 0 0 4 .
4 5 . S c h u l e r G . D . , E p s t e i n J . A . , O h k a w a H . , K a n s J . A . : E n t r e z : m o l e c u l a r b i o l o g y d a t a b a s e a n d
r e t r i e v a l s y s t e m . M e t h o d s E n z y m o l . , 2 6 6 : 1 4 1 - 6 2 , 1 9 9 6 .
4 6 . A l t s c h u l S . F . , G i s h W . , M i l l e r W . , M y e r s E . W . , L i p m a n D . J . : B a s i c l o c a l a l i g n m e n t s e a r c h t o o l .
J M o l B i o l , 2 1 5 : 4 0 3 - 1 0 , 1 9 9 0 .
4 7 . A p w e i l e r R . , B a i r o c h A . , W u C . H . , B a r k e r W . C . , e t a l . : U n i P r o t : t h e U n i v e r s a l P r o t e i n
k n o w l e d g e b a s e . N u c l e i c A c i d s R e s . 3 2 ( D a t a b a s e i s s u e ) : D 1 1 5 - 9 , 2 0 0 4 .
1 1 6
( c ) C o p y r i g h t b y P o l i t e c h n i k a Zl s k a , I n s t y t u t I n f o r m a t y k i , G l i w i c e 2 0 0 6
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